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某日放学，柯南与侦探团前往侦探事务所观看《假面超人》。此时事务所内一位少女和她的母亲前来委托小五郎，二人称基德发来预告函称要偷取家中的宝刀，希望其可以帮忙保护宝刀，于是一行人来到少女家中。 夜晚，基德与在少女家居住的少年铁刃发生争斗，宝刀会落入谁手？另一方面，柯南始终感觉今天众人与平常有不同寻常之处……

某个秋日，庆祝白鸟警部新居建成的派对上，熟人齐聚一堂。本次派对的焦点是白鸟警部秘藏的红酒——拉图古堡，后来发现的时候却被打碎了。围绕红酒展开的事件，嫌疑人共有16名？！

某个春日，江户川柯南和毛利兰应服部平次、远山和叶的邀请，又一次来到大阪。原本纯粹的观光旅游中，众人遇到了和少年侦探团很相似的茧美、干彦和健太，他们委托高中生侦探服部平次帮他们寻找失踪的朋友小智。追随线索寻找小智的途中，未解决的案件也同步推理进行。

夜色中，日本引以为傲的皇家快车正向着目的地大阪疾驰。和往常不一样的是，这一天车上载有一位贵宾，她就是英格拉姆公国女王瑟丽沙白。 众所周知，瑟丽沙白总是随身佩戴英格拉姆公国的宝物——欧洲最大的黄宝石“水晶之母”，基德自然也不会放过这个机会。然而，瑟丽沙白提前把身上的水晶之母调换成赝品，让基德的第一次行动扑了空。 应和叶的邀请，柯南和小兰乘坐列车去大阪，柯南在上列车前，看到中森和他的部下在列车旁部署警力，柯南怀疑基德也在这班列车准备偷走宝石。 距离列车到达大阪还有两个半小时，基德也就是快斗必须要在这段时间内找出并盗取真正的水晶之母。他一和青子进入瑟丽沙白所在的沙龙车厢，便对着瑟丽沙白及其周围四处观察，思考真正的宝石藏匿在何处。瑟丽沙白的儿子菲利普也多次到豪华车厢串门，却反常地被瑟丽沙白赶出了车厢，他迫切地想知道母亲性情大变的原因。赶出车厢的菲利普在车厢内遇见了柯南，柯南告诉了菲利普宝石所在地和基德的行动，这时柯南发现门外有偷听者。 距离列车到达大阪还有十分钟，瑟丽沙白满脸自信，认为自己胜券在握。殊不知除了基德，还有其他不速之客盯上了水晶之母……

帝丹小学1年B班班主任为学生布置了小组作业，要求学生分组对商铺进行采访调查并汇报。少年侦探团五人组成的小组中，光彦想到对侦探团未来发展大有益处的调研对象——毛利小五郎。 五人跟踪工作中的小五郎，没想到众人眼前却发生了绑架事件。绑架事件与课程汇报的结果究竟如何？

柯南接到错打到毛利侦探事务所的恐吓电话，察觉到对方的声音与平次十分相像，便特意将平次从大阪找来。 平次挨个拨打了柯南整理出的与毛利侦探事务所类似的电话号码，终于通过对方的反应找到了那个被恐吓的接听者，并在他的家中遇到前来查案的中森警官。由此牵涉出的宝石诈骗案，盯上宝石的另一个人究竟是谁？

阿笠博士邀请少年侦探团周日上午到他的家中，希望众人解开他留下的3个谜题，从而找出被“绑架”的博士。 然而，当侦探团准备到达谜题暗示的最后一个地点时，博士真的被卷入了绑架事件。根据侦探徽章传来的地点提示，大家能否救出博士？

《周刊NEWS》杂志社社长兼主编遇害，现场留下了死亡信息，嫌疑人锁定为4名员工，推理女王铃木园子在华丽的声光效果中登场……原来这是帝丹高中二年级准备在教会进行的慈善演出中，铃木园子负责撰写的剧本。但是，园子的剧本还缺少关键推理过程，因此想借助大家的智慧。毛利侦探、少年侦探团、工藤新一分别提出了推理过程的提案，最终依靠新一的提议完美“解决”了案件。不过，演出当日，作为主演的园子却因为感冒发不出声……

某日，柯南因重感冒无法上学。在毛利侦探事务所睡觉的他接到了灰原的电话，前去博士家试用最新的APTX4869解毒剂试验品。知道这条消息后，柯南立刻前往博士家服用解药。 柯南服下解药变回本来的身体后，发现现在的自己其实是长大到17岁的柯南，少年侦探团创办了侦探社，平次在通天阁对面开设了侦探事务所，而小兰要和新出医生结婚？ 之后新一开始在东京都内四处寻找小兰，最后在自己家的书房内找到了小兰，新一正要和小兰说明情况时，此时药效突然失效；柯南醒来后，发现这次经历的一切只是一场梦。

基德发出预告函，将偷取距东京1000km海中小岛上的宝石“阿尔忒弥斯之泪”。柯南参加岛上酒店开业一周年的纪念宴会偶然遇到了基德。 盗走宝石并脱身后的基德遇到了蹲守在野外的少年侦探团，并被他们的胡椒战斗机击中落在林中。脱去基德套装的快斗被侦探团错认成新一，将错就错地与侦探团一起追捕基德。 他们在岛上遇到了蛇、野猪、鳄鱼，以及各种各样的危急状况。另一方面，柯南也在暗中调查事件的真相……

在《福尔摩斯的默示录》系列里，柯南和博士前往英国的这段时间中，灰原在步美家暂住。在家的光彦看到了与灰原长相酷似的格蕾丝•艾哈拉的相关报道，就在此时柯南致电光彦要求他阻止灰原靠近博士家。 灰原和步美化妆后前往车站对面的超市买花生酱和蓝莓酱，灰原感受到了有人在跟踪她们。同时，光彦也推理出了灰原的“真实身份”，与元太一起在暗中保护灰原和步美。

阿笠博士和他的棒球教练朋友为了让9号队员美苗获得自信，想让她拔出传说中的棒球棒，毛利小五郎、少年侦探团、千叶和高木刑警先后来拔棒球棒，一只喜欢网球的狗也来到球棒附近，都被柯南拦住了。球棒、网球与宝石的故事，美苗能拔出球棒重获自信吗？

印有“东都塔”图案的新版一万日元纸币正式发行，一时间引发社会热议。柯南与少年侦探团、阿笠博士、小兰、园子一同前往日本纸币印刷局长野工厂参观。与此同时，警视厅召集了黑田管理官、目暮、佐藤、高木等搜查一课警员，以及风见裕也等公安部人员。文书鉴定技官里见透子判定，佐藤与高木侦办的杀人案中查获的新版一万日元纸币为假钞，警方随即成立搜查本部。由于这是日本境内发现的第30种伪造纸币，本案被通称为“30号事件”，这批假钞也被命名为“Ultra 30”。新版纸币出现假钞流通——这一史无前例的消息曝光后引发全社会混乱，柯南与平次动身前往疑似印制这批假钞的大阪工厂—— 　　另一边，调查触角也延伸至大阪以外的其他纸币工厂。 　　静冈与神奈川县交界处的纸币工厂，由静冈县警横沟参悟、神奈川县警横沟重悟负责；而小兰等人所在的长野与群马县交界的纸币工厂，则集结了长野县警大和敢助、诸伏高明、上原由衣，以及群马县警山村操。 　　面对这场由新版纸币伪造案引发的国家危机，柯南史上最大规模全明星阵容，全力迎战！