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El equipo Scorpion debe trabajar con su viejo némesis Mark Collins para evitar la extinción de la humanidad. Además, Walter y Paige viven dificultades en su relación en el estreno de la cuarta temporada.

El equipo Scorpion continúa trabajando con su némesis, Mark Collins, para evitar un evento de extinción que podría acabar con la humanidad. Además, la decisión de último minuto de Cabe mientras está en el caso lleva al posible fin de su carrera.

Cuando unos cazadores furtivos casi matan a una cierva preñada en peligro de extinción, el equipo Scorpion recrea el vientre del animal para intentar salvar su vida y la de su cría. Además, Happy y Toby discuten sobre el futuro de su familia.

Al desmantelar un viejo misil nuclear, un accidente hace que el equipo Scorpion se exponga a vapores tóxicos mientras intenta evitar que la bomba explote. Además, Paige le reprocha a Happy que la acompañe constantemente con Walter.

Mientras asiste a una convención tecnológica, el equipo Scorpion es tomado como rehén por un grupo que intenta cometer un atraco virtual.

En Halloween, el equipo Scorpion investiga un caso para probar la existencia de fantasmas en el Queen Mary, pero se encuentra con un desastre muy real cuando localiza un "barco fantasma" en rumbo de colisión mortal.

Walter aprende los matices de escuchar y no dar consejos a Paige mientras rastrea un dispositivo que puede evitar una fusión nuclear en las alcantarillas de Los Ángeles.

Para el cumpleaños de Sylvester, el equipo Scorpion visita un festival renacentista, pero el festejo se interrumpe cuando un grupo intenta robar un armario de pruebas de la policía.

En Acción de Gracias, la nueva vecina del equipo Scorpion, Florence, se embarca con ellos en una misión para destruir una isla flotante de basura, pero su contribución los deja a ella, a Walter y a Happy varados en la isla que se disuelve.

Un caso se complica cuando el equipo ayuda a un padre y a su hija cuyo avión se estrelló, mientras que el juicio de Cabe se acerca. Además, Paige ayuda a Walter a lidiar con sus sentimientos sobre el posible futuro de Cabe en prisión.

Mientras el equipo Scorpion espera ansiosamente el veredicto del juicio de Cabe, que podría enviarlo a prisión, concentra su energía en intentar salvar a un perro atascado en una cisterna.

En Nochebuena, cuando Walter prefiere trabajar a pasar tiempo con sus amigos, cae por las escaleras y se golpea la cabeza. Mientras yace inconsciente, entra en un mundo de ensueño en el que el equipo Scorpion nunca existió.

El equipo Scorpion debe trabajar con el némesis de Toby, Quincy Berkstead, y su esposa, Amy, la exprometida de Toby, cuando son encerrados en un búnker inteligente diseñado para matarlos.

Una tormenta solar deja sin electricidad a Los Ángeles y el equipo Scorpion debe ayudar a un piloto adolescente y a su novia, perdidos en el Pacífico sin navegación ni contacto por radio.

El equipo Scorpion debe evitar que un tsunami golpee una central nuclear vulnerable, y Toby ayuda en secreto a su exprometida a recuperar su identidad robada.

El día de San Valentín, el equipo Scorpion debe dejar de lado sus planes románticos para ayudar a un médico y a un piloto atrapados en el interior de un helicóptero que se estrelló en lo alto de un rascacielos.

Los genios del equipo Scorpion se vuelven tontos y Paige debe simplificarles los conceptos científicos cuando sus facultades mentales se ven mermadas durante un esfuerzo por evitar la creación de un agujero negro.

El equipo Scorpion irrumpe sin querer en el atraco a un banco y es tomado como rehén. Además, crecen los sentimientos de Sylvester por Florence.

El equipo Scorpion se dirige al pantano para localizar a un caimán con el fin de detener un virus mortal transmitido por mosquitos, y Paige enseña a Walter el concepto de "mentira piadosa".

El director de Seguridad desafía al equipo Scorpion y éste debe usar su gran inteligencia para ganar un partido de sóftbol en el que están en juego sus contratos del Gobierno. Además, la noche secreta de Walter con Florence tensa a Toby y Happy.

El lado maternal de Paige se dispara cuando el equipo Scorpion debe salvar a un niño inconsciente e hipotérmico atrapado en el compartimento de las ruedas de su avión.

El equipo Scorpion se dirige al noreste de África, donde debe atravesar con cuidado un campo de minas para salvar la vida de los aldeanos locales.