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L’unité Scorpion doit collaborer avec leur ancien ennemi juré, Mark Collins, afin d’empêcher l’extinction de l’humanité. Parallèlement, Walter et Paige apprivoisent leur nouvelle relation.

L'équipe continue de travailler avec Collins pour éviter l'extinction de l'humanité. Cabe prend une décision de dernière minute qui pourrait mettre en danger sa carrière.

Scorpion est appelé pour aider à arrêter des braconniers qui sévissent en Afrique. Sur place ils trouvent une biche enceinte et extrêmement rare sur le point de mourir. Scorpion va devoir sauver cette biche malgré les braconniers violents à leurs trousses.

Scorpion intervient sur un site militaire vétuste renfermant un silo à missile nucléaire. Contrariée par Paige, Happy fait une erreur qui provoque la libération d'émanations toxiques et risque de déclencher le lancement d'un missile pouvant causer la mort de millions de personnes…

Walter, Paige et Cabe sont à un salon de nouvelles technologies lorsque des braqueurs prennent en otage les personnes présentes dans le bâtiment. La vie de Walter, de Paige, de Richard Elia (qui présente un nouveau projet) et d'autres personnes sont entre les mains du reste de l'équipe (Cabe étant caché lors de la prise d'otages). Pendant ce temps, Sylvester passe le barreau pour pouvoir défendre Cabe.

Un homme voulant tourner un film avec des fantômes demande à Scorpion de mettre en place un système de surveillance sur un vieux bateau de luxe en ruine appelé Queen Mary et qui a la réputation d'être hanté. Toute l'équipe fait le déplacement, mis à part Walter qui ne cesse de répéter que les fantômes n'existent pas. Mais ce travail va vite se transformer en mission de sauvetage de milliers de personnes.

Un appareil pouvant empêcher une fusion nucléaire est perdu dans les égouts de Los Angeles et c'est à l'équipe Scorpion de le retrouver, tout en rencontrant la nouvelle locataire d'à côté.

L'équipe va à un festival de la Renaissance mais la fête est de courte durée puisqu'un groupe essaie de voler un dépôt de preuves de la police. Paige en a marre que Walter fasse remarquer tous les anachronismes du festival.

Le jour de Thanksgiving, Scorpion doit détruire une île de plastique flottante avec l'aide de leur nouvelle voisine.

L'équipe Scorpion tente d'aider un père et sa fille victimes d'un accident d'avion. L'équipe essaie d'aider Cabe à préparer son procès. Paige aide Walter à faire face à ses sentiments vis-à-vis du possible emprisonnement de Cabe.

C'est le procès de Cabe et l'équipe est inquiète de connaître le résultat. Ils concentrent leur énergie sur le sauvetage d'un chien coincé dans une citerne.

Walter s'évanouit le soir de Noël et rêve d'un monde où l'équipe Scorpion n'a jamais existé. Walter doit rassembler l'équipe à nouveau.

L'équipe Scorpion est enfermée dans un bunker avec une intelligence artificielle voulant à tout prix les tuer.

Un orage solaire élimine tout le courant à Los Angeles. L'équipe Scorpion doit aider un pilote adolescent et sa petite amie, perdus au-dessus du Pacifique, à arriver vivant sur la terre ferme sans navigation ou contact radio.

L'équipe Scorpion doit empêcher un tsunami de détruire une centrale nucléaire vulnérable. Toby aide son ex-fiancée à récupérer son identité volée.

C'est la Saint-Valentin, une tempête fait rage. L'équipe Scorpion doit secourir une chirurgienne coincée dans un hélicoptère, qui s'est encastré dans un gratte-ciel. Celle-ci doit effectuer une opération urgente et révolutionnaire sur un jeune homme entre la vie et la mort.

Les génies de l'équipe Scorpion deviennent débiles et Paige doit simplifier la science pour eux, quand ils perdent leurs facultés mentales pendant un travail visant à empêcher la création d'un trou noir. Florence et Sylvester deviennent très amis quand elle l'aide avec un projet spécial.

L'équipe Scorpion est prise en otage après avoir empêché par inadvertance le braquage d'une banque.

L'équipe se dirige vers le bayou pour localiser un alligator et arrêter une épidémie de maladies transmises par les moustiques. Paige apprend à Walter le concept d'un petit mensonge sans conséquence. Toby doit sauver la vie de Cabe après qu'il a été touché par un tranquillisant lancé par Walter. Sylvester et Ralph aident Patty à s'occuper des méchantes filles de son école.

L'équipe doit utiliser son QI pour gagner une partie de softball proposée par le directeur de la Sécurité intérieure avec tous les futurs contrats en jeu.

Dans l'avion pour Hawaï, l'équipe remarque une fréquence thermique suspecte. Il s'agit d'un enfant de 11 ans, endormi dans la roue de l'avion. Scorpion devra mettre tout en œuvre pour le sauver.

L'équipe Scorpion se dirige dans le Nord-Est de l'Afrique où ils doivent prudemment se frayer un chemin à travers un champ de mines pour sauver les vies des villageois locaux. La relation entre Paige et Walter prend un tournant choquant, et Toby et Happy prennent une importante décision.