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Light Yagami, un estudiante de preparatoria brillante pero aburrido, obtiene de pronto el poder de decidir sobre la vida y la muerte al encontrar la Death Note. Decide librar al mundo del mal asesinando criminales uno por uno. Cuando las muertes comienzan a acumularse, el brillante detective L inicia la investigación y comienza una épica batalla de ingenio.

Mientras los criminales de todo el mundo siguen muriendo misteriosamente, L se reúne por computadora con representantes de varias naciones. Les pide que formen un grupo especial de investigación en Japón, dirigido nada menos que por Soichiro Yagami, el padre de Light.

Ryuk, el shinigami o dios de la muerte que dejó caer la Death Note en el mundo humano, le advierte a Light que alguien lo está siguiendo. Light se preocupa porque no logra descubrir la identidad de su perseguidor, así que Ryuk le propone un trato extraordinario...

Light, conocido por el mundo como Kira, pone a prueba la Death Note para comprender el alcance de sus poderes. Para ello, asesina a seis convictos de distintas maneras y confirma que puede controlar las acciones de sus víctimas antes de que mueran.

Soichiro Yagami exige reunirse personalmente con L al descubrir que este introdujo agentes del FBI en Japón en secreto. Mientras tanto, Light encuentra la manera de sacar definitivamente del caso a esos mismos agentes...

Light se encuentra con una mujer en el Departamento de Policía que trae un mensaje urgente para el equipo de investigación de Kira. Como hijo del jefe de la investigación, Light escucha su historia y se sorprende al descubrir que ella podría tener información capaz de provocar su arresto.

Light utiliza la Death Note para intentar deshacerse de la mujer que podría lograr que lo capturen, pero queda desconcertado cuando su plan falla. Al darse cuenta de que ella debió darle un nombre falso, dispone de apenas unos minutos para descubrir su verdadera identidad antes de que revele su historia al equipo de investigación.

L insiste en instalar micrófonos y cámaras en las casas del jefe Yagami y del subdirector Kitamura, a quienes Raye Penber estaba siguiendo. Sin embargo, Light vuelve a adelantarse: sabe que lo están vigilando.

Los asesinatos continúan y L comienza a sospechar del comportamiento demasiado perfecto de Light, por lo que decide investigarlo por su cuenta. Para acercarse a él, L se inscribe en la misma universidad y revela su identidad.

Las sospechas de L sobre Light aumentan, por lo que decide invitarlo a participar en la investigación. Sin embargo, una llamada telefónica les informa que Soichiro Yagami ha sufrido un infarto.

Tal como se había anunciado en las cintas enviadas a Sakura TV, los presentadores y comentaristas que expresaron dudas sobre Kira comienzan a morir uno tras otro. Tras investigar los hechos, L concluye que este Kira no es el original: ¡existe un segundo Kira!

Con un segundo Kira suelto, L le pide a Light que se una al equipo de investigación y se haga pasar por el verdadero Kira para atrapar al impostor. Light acepta con la esperanza de desviar las sospechas sobre sí mismo. Sin embargo, para su sorpresa, este nuevo Kira posee una habilidad especial que ni siquiera Light tiene...

Light va a Aoyama para descubrir la identidad del segundo Kira antes de que L sospeche aún más de él. Sin embargo, Misa Amane, la nueva Kira, utiliza su extraordinaria habilidad para encontrar a Light antes de que él la encuentre a ella.

Light y Misa se muestran mutuamente sus Death Notes. Light le pide a Misa que ordene a su shinigami, Rem, deshacerse de L. Pero Misa también le pide algo a cambio: ¡que se enamore de ella!

Aparecen pruebas que apuntan a Misa Amane como la segunda Kira. Para protegerla, Rem la obliga a renunciar a la propiedad de la Death Note.

Misa permanece bajo confinamiento y ha perdido por completo sus recuerdos relacionados con la Death Note. Cuando Light también es confinado, los asesinatos se detienen y las sospechas sobre él aumentan. Entonces, de repente, los asesinatos se reanudan.

Después de cincuenta días de confinamiento, los asesinatos continúan y Light y Misa son liberados. Sin embargo, L ha ideado un plan para impedir que ocurran más muertes y hace que Soichiro, el padre de Light, lleve a ambos a dar un paseo que podría ser el último.

Aunque L sigue desconfiando de él, Light y Misa regresan al cuartel general con sus recuerdos de cuando eran Kira completamente borrados. Allí, Light descubre una extraña conexión entre los asesinatos recientes de Kira y el Grupo Yotsuba.

Matsuda, el integrante del equipo encargado de vigilar a Misa, está ansioso por demostrar su valía. Mientras trabaja con ella, decide investigar por su cuenta las oficinas centrales del Grupo Yotsuba en Tokio.

El equipo de L descubre que los integrantes del Grupo Yotsuba se reúnen en secreto para hablar sobre la eliminación de personas que representan un problema para su empresa. El equipo concluye que Kira debe ser uno de los ocho ejecutivos. ¿Podrá Light, haciéndose pasar por L, descubrir quién es el verdadero culpable?

El equipo de investigación utiliza a Misa para acercarse al Grupo Yotsuba. Sin embargo, la situación se complica cuando Rem intenta comunicarse con ella.

Gracias a Misa, el equipo de investigación descubre la identidad del nuevo Kira. Entonces, L planea una elaborada estrategia para obligarlo a salir de su escondite.

L, Light y Misa observan desde el edificio del equipo de investigación y se preguntan con quién está hablando Higuchi. L sospecha que podría estar hablando con un shinigami. Rem convence a Higuchi de que vaya a la estación, aunque ella tiene sus propios motivos egoístas para hacerlo.

Finalmente, Higuchi es capturado y Light recupera accidentalmente sus recuerdos de cuando era Kira.

Con sus recuerdos recuperados, Light ordena a Misa que reanude los asesinatos después de la muerte de Higuchi. El shinigami Rem se da cuenta de que todo está saliendo según los planes de Light y que L arrestará a Misa por ser Kira, a menos que ella actúe rápidamente.

Light se ha deshecho de todos los que se interponían en su camino y está cada vez más cerca de hacer realidad su mundo perfecto.

Un nuevo investigador entra en escena: Near, una figura clave de la SPK, una organización que intenta atrapar a Kira sin depender de L. Near conoce la existencia de las Death Notes y quiere hacerse con una de ellas.

Light, haciéndose pasar por L, le revela a Near que alguien ha secuestrado a su hermana Sayu para intercambiarla por la Death Note. Near descubre que el intercambio tendrá lugar en Los Ángeles y promete ayudar, aunque en secreto planea robar la Death Note y capturar a Kira.

Avergonzado por haber permitido que la Death Note cayera en manos de Mello para salvar a su hija, Soichiro se pone en peligro para recuperarla.

Mello irrumpe en la sede de la SPK para recuperar una fotografía suya y asegurarse de que Kira no lo mate. A cambio de que Near le entregue la fotografía, Mello le revela una pista importante sobre las Death Notes: algunas de sus reglas son falsas.

Near se comunica con el equipo de investigación japonés y determina que Kira se encuentra entre sus integrantes. Solicita información interna y Aizawa, que comienza a dudar de Light, accede a proporcionársela. Near sospecha que el nuevo L es en realidad Light Yagami y que Light es Kira.

La famosa presentadora Kiyomi Takada se convierte en la portavoz de Kira ante el mundo después de que Mikami elimina a Demegawa. Por casualidad, Takada había sido novia de Light durante la universidad. Mientras tanto, las sospechas de Aizawa sobre Light aumentan.

Near viaja a Japón, supuestamente para servir de señuelo para Kira. Siguiendo las instrucciones de Light, Takada le pide a Mikami que le envíe cinco páginas de la Death Note. Le explica que continuará con su labor utilizando un libro falso diseñado para parecerse al original.

Aizawa descubre lo que está ocurriendo y se lo comunica a Near, quien ya conoce la existencia de las Death Notes. Near le pide a Aizawa que continúe vigilando a Light y pone en marcha un plan para separar a Misa de él.

Light y Near acuerdan un lugar para reunirse y celebrar su confrontación final. Uno de los personajes clave es secuestrado y el desenlace resulta impactante.

El 28 de enero, el equipo de investigación japonés y la SPK finalmente se reúnen en el almacén YellowBox. Sin embargo, alguien más también ha acudido al lugar por órdenes de Kira, con la misión de matar a todos los presentes.

Aunque Mikami ha escrito los nombres de todos los investigadores en la Death Note, pasa un minuto y todos siguen con vida. Near se apodera de la Death Note de Mikami y, finalmente, todo queda al descubierto.