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Light Yagami, un brillant lycéen de 17 ans, découvre un livre : le Death Note. Il appartient en fait à Ryuk, un dieu de la mort qui s'ennuie dans le monde des shinigamis. Il l'a laissé tomber sur Terre. Le Death Note est un cahier qui tue tous ceux dont on écrit le nom à l'intérieur.

Interpol commence à s'inquiéter du nombre de morts qui surviennent dans le milieu criminel. L'organisation décide donc de faire appel à L, un mystérieux détective. En quelques heures, il peut déjà affirmer que "Kira" (pseudonyme donné par les internautes à Light) se trouve dans la région du Kanto, au Japon.

Le père de Light travaille dans la police ce qui permet à Kira d'obtenir toutes les avancées de l'enquête et ainsi contourner toutes les théories de L. Ryuk averti alors Light que quelqu'un le surveille, il lui précise également que s'il le souhaite il peux obtenir des yeux de shinigami ce qui lui permettrait de connaître aussitôt le nom de chaque personne qu'il verra. En échange, son espérance de vie diminuera de moitié.

Light provoque une prise d'otage dans un bus par le biais d'une nouvelle victime, le tout sous les yeux de Ray Penbar.

Ray Penbar est devenu un témoin gênant pour Light. Ce dernier décide alors de l'éliminer et lui avoue qu'il est Kira juste avant sa mort.

L'équipe de police chargée de l'enquête "Kira" découvre enfin le vrai visage du célèbre détective L. De son côté, Light fait la rencontre de la fiancée de Ray Penbar ; elle semble en savoir un peu trop sur Kira...

La fiancée de Ray Penbar est éliminée à son tour après avoir été dupée par Light.

L décide de s'intéresser aux personnes surveillées par Ray Penbar avant son assassinat. Il fait donc placer des caméra chez les familles Kitamura et Yagami.

Raito devient étudiant à Todai. Là-bas il rencontre un certain Hideki Ryuuga qui n'est autre que L. Ce dernier avoue à Light qu'il est L et souhaite qu'il fasse partie de l'enquête "Kira".

Light soupçonne Hideki d'utiliser un pseudonyme pour éviter que Kira puisse le tuer ce qui le rend fou de rage d'être pris de vitesse. De son côté, L pense qu'il y a 5% de chances que Raito soit Kira et tente de le percer à jour.

Des messages sont envoyés par Kira sur Sakura TV où il annonce la mort en direct de deux présentateurs. Les procédés étant différents de d'habitude, L déduit qu'il s'agit d'un faux Kira.

L demande à Raito de se faire passer pour Kira afin d'adresser un message au faux Kira qui est en fait Misa une célèbre mannequin. Accompagnée de Remu, son Shinigami, elle tente d'entrer en contact avec Kira.

Grâce à ses yeux de Shinigami, Misa identifie Raito. Elle décide d'aller à sa rencontre et lui promet de faire tout ce qu'il lui dira en remerciement pour avoir tué l'assassin de ses parents.

Raito aimerait que Remu tue L pour lui et il se rend compte à quel point le fait d'être vu avec Misa pourrait être dangereux.

est persuadé que Misa est le 2ème Kira, il s'arrange alors pour la faire capturer. Remu qui ne supporte pas de la voir souffrir, lui propose de renoncer à sa Death Note afin qu'elle oublie les meurtres qu'elle a commis.

Light décide de dire à L qu'il a peut-être été Kira et il se retrouve ainsi enfermé. Cette manœuvre prouvera si oui ou non Light EST Kira. Cependant, Light renonce à son tour à sa Death Note et jure qu'il n'a jamais pu être Kira. De plus, les crimes qui s'étaient arrêtés reprennent de plus belle.

Le père de Raito veut absolument faire libérer son fils, L lui demande alors de le tuer. Ayant passé le test, Raito et Misa sont autorisés à sortir mais seront surveillés en permanence. D'ailleurs, L va jusqu'à s'attacher avec Raito car il continue à croire en sa double personnalité.

L'équipe s'installe dans un nouveau QG et grâce aux crimes commis pas Kira, ils s'intéressent aux activités de la société Yostuba. L engage Aiber et Weddy, un escroc et une voleuse, pour les aider.

Le jeune inspecteur Matsuda se sentant inutile pour l'enquête décide d'aller espioner la société Yotsuba tout seul

L'équipe réussit à enregistrer une réunion secrète de Yotsuba. L veut attendre avant d'agir ce que le reste de l'équipe n'approuve pas, il se sert alors de Misa pour forcer la main à Raito.

Misa retrouve la mémoire grâce à Remu qui lui fait toucher une feuille de sa Death Note. Elle obtient rapidement un rendez-vous avec Higuchi qui s'avère être le nouveau Kira.

L décide de piéger Higuchi pour le capturer en toute sécurité. Il demande alors à Matsuda de participer à une émission où le vrai nom de Kira sera révélé à la fin.

Higuchi tente par tous les moyens de trouver le véritable nom de Matsuda, sans succès. Aidée de la police, l'équipe de L se lance alors dans une course-poursuite pour neutraliser l'homme.

En arrêtant Higuchi, les enquêteurs manipulent tous la Death Note et Remu apparaît alors. Quand Raito touche la Death Note à son tour, tous les souvenirs de Kira lui reviennent et il tue aussitôt Higuchi sous le nez de L. À présent, c'est au tour de ce dernier de mourir et Raito demande à Misa de l'aider à nouveau pour avoir son vrai nom. La jeune femme ayant perdu ses yeux de shinigami demande à Ryuuku de faire le pacte une deuxième fois.

Grâce à une règle écrite dans la Death Note, qui stipule que si son utilisateur ne s'en sert pas pendant plus 13 jours meurt, Raito et Misa sont innocentés. Malgré sa liberté, Raito reste auprès de L et comme les meurtres continuent, le détective continue à soupçonner Misa. Pour la protéger, Remu décide alors de se sacrifier en tuant Watari et L.

L est enterré en secret et l'équipe décide de faire de Raito son successeur. Kira peut à nouveau tuer librement. On arrive ainsi en 2012, Raito a 23 ans et a rejoint les forces de police, tout lui sourit ; pourtant de nouveaux obstacles vont bientôt se dresser.

Near et Mello, deux garçons qui avaient été choisis par L, décident de retrouver Kira chacun de leur côté. Near est intégré au SPK (Secret Povision for Kira) composé d'agents de la CIA et du FBI. Sayu, la sœur de Raito, se fait alors enlever par un groupe qui désire obtenir la Death Note en échange.

Near donne les pleins pouvoirs à Raito pour organiser la libération de Sayu. Raito envoie donc son père pour échanger Sayu contre le Death Note... Mais l'opération échoue ; Sayu est sauvée mais le Death Note est volé par une organisation dirigé par Mello. Mello tue alors la plupart des membres du SPK.

Le père de Raito conclue le pacte avec Ryūku. Grace à ses yeux de Shinigami il parvient à découvrir le vrai nom de Mello, mais il meurt sans avoir écrit le nom sur le Death Note et sans avoir communiqué le nom à son fils.

Near suspecte Raito d'être Kira et la régle des 13 jours d'être fausse. Demegawa, un présentateur télé, se proclame porte-parole de Kira et organise une émeute contre le QG de Near.

Mello vient à la rencontre de Near. Aizawa suspecte Raito et Misa et décide de fouiller leurs chambres. Misa renonce à son Death Note. Un nouveau Kira apparait ; sa manière de penser est identique à celle de Raito. Il tue Demegawa, comme Raito l'espérait.

Mikami Teru prend la relève. Il choisi un nouveau porte-parole : Takada Kiyomi, une ex-amie d'université de Raito.

Near arrive au Japon et son équipe commence à enquêter sur Mikami.

Mikami est suspecté par Near d'être X-Kira. Aizawa, ayant toujours des doutes sur Raito, inspecte la chambre d'hôtel après une rencontre entre Raito et Takada et découvre que ceux-ci communiquent par écrit. Aizawa décide alors d'aller rencontrer Near qui lui dévoile une partie de son plan. Par la suite, Near et le SPK enlèvent Mogi et Misa dans le but de piéger Mikami et Raito.

Near veut rencontrer Raito. Mello enlève Takada Kiyomi avec l'aide d'un complice, abattu plus tard par les gardes du corps de la journaliste. Celle-ci utilise un morceau du Death Note pour tuer Mello. Takada est tuée plus tard par Raito, ou du moins c'est ce qu'il croit...

Raito et Near se rencontrent enfin. Raito savoure déjà sa victoire...

Grâce à un indice laissé par Mello, et à cause d'une erreur commise par Mikami, Near réussi à piéger Raito. Ce dernier, pris de panique, tente désespérément de se servir d'une feuille du Death Note, mais est mortellement touché par des balles de Matsuda. Ryūku inscrit alors Yagami Raito dans son propre Death Note. C'est ainsi que meurt le premier Kira.