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En su regreso a su pueblo natal, Kota se encuentra con una misteriosa chica perdida que solo dice "Nyu". Incapaz de dejarla sola, la lleva consigo a su casa sin saber que hombres armados la buscan.

La poca capacidad de entendimiento de una inocente Nyu hace que Kota se enfade con ella y esta se marche corriendo. Es entonces cuando se encontrará con sus perseguidores.

En el laboratorio preparan acciones para recuperar a Nyu, y cuentan con una Diclonius más como ella que podría localizarla. Mientras tanto, una pequeña niña conoce a Kota y al resto de protagonistas.

El enfrentamiento entre Nyu y Número Siete llega a su punto crítico, donde se decidirá el destino de una de las dos.

En este episodio conocemos la historia de Mayu, la niña perdida. A su vez, parece que Kota podría haber descubierto a alguien relacionado con Nyu.

Nyu sigue perdida, y Kota parte a buscarla. ¿De verdad es hija del hermano del profesor como le dijo? Poco a poco la verdad sale a la luz.

Una Nana perdida busca su sitio en el mundo pero se encuentra con el militar al que enfrentó Lucy. Poco después, conocerá a Mayu, con quien entablará amistad.

Nana se encuentra con una Lucy irreconocible y explica a su nueva amiga su condición. Mientras tanto, la caza contra Lucy sigue su curso.

Aunque Kota no lo recuerde, él y Lucy se conocieron en el pasado cuando apenas eran unos niños. En este episodio nos cuentan esa historia.

En este episodio conocemos la historia del padre de Nana y el pasado de la investigación sobre los Diclonius.

Número Treinta y Cinco, la Diclonius más peligrosa, es liberada para acabar con Lucy de una vez por todas. Sin embargo su instinto asesino es complicado de controlar.

Con el ataque a Nana y la aparición de Nyu en escena, Kota recuerda finalmente todo lo ocurrido en su pasado y su relación con Lucy.

Con todas las cartas sobre la mesa, llega el ataque final de Lucy para liberarse de las ataduras del pasado.