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Une jeune fille dotée de mystérieux pouvoirs tente de s’échappe d’un centre de recherches en provoquant un véritable carnage dans sa fuite. Au moment où elle parvient à l’air libre, un garde lui tire une balle dans la tête et la jeune fille tombe à l’eau…

La section spéciale d’assaut a été dépêchée par le centre de recherches avec pour mission de retrouver Lucy, la jeune fille qui s’est échappée. Bandô, l’un des soldats, tombe sur Kôta et Nyu.

Kôta fait de son mieux pour s’occuper de Nyu, sa nouvelle pensionnaire, tout en devant faire face à la jalousie grandissante de Yuka, dont il ne comprend pas bien l’attitude. De son côté, déterminé à retrouver Lucy, Kurama décide de jouer le tout pour tout...

Nana a retrouvé Lucy, et devant le refus de cette dernière de l’accompagner à l’institut, elle est forcée d’engager le combat. Mais malgré son courage et ses aptitudes au combat, elle se retrouve vite dominée par la froide détermination de son adversaire.

Yuka découvre que Mayu a quitté la maison, laissant derrière elle une lettre de remerciement. Elle part immédiatement à sa recherche en compagnie de Kôta. Ils finissent par la retrouver sur la plage et lui proposent de rester avec eux...

Ayant récupéré de ses blessures, Bandô s’échappe de l’hôpital où il était soigné et se met à la recherche de Lucy, bien décidé à se venger… De son côté, rongé par le remords à l’idée d’avoir abandonné Nyu...

Sauvée par Kurama, qui n’a pu se résoudre à l’éliminer, Nana a reçu pour instruction de se fondre dans la foule et de se faire oublier jusqu’à ce que Kurama vienne la rechercher...

A peine arrivée à l’auberge Kaede avec Mayu, Nana aperçoit Nyû et l’attaque violemment. Giflée par Kôta, elle s’enfuit, poursuivie par Mayu qui ne veut pas abandonner sa nouvelle amie...

Alors qu’il passe ses vacances d’été à Kamakura, Kôta, un jeune garçon passionné de peinture, fait la connaissance d’une fillette aux cheveux rouges et à la tête ornée de cornes du nom de Lucy...

Lucy s’est finalement réveillée et elle s’en prend à Mayu. Décidée à protéger sa nouvelle amie, Nana s’interpose et se bat avec elle. Mais Mayu, qui en a assez de toute cette violence, prend Lucy dans ses bras et ses sanglots causent un choc à Lucy...

Décidé à se débarrasser de Lucy une fois pour toutes, l’institut s’apprête à utiliser contre elle le Numéro 35, un diclonius qui est resté enfermé depuis sa naissance et qui possède des capacités supérieures à celles de Lucy...

Malgré tout son courage, Nana ne peut pas grand chose face au Numéro 35, qui joue avec elle comme un chat avec une souris. Elle est momentanément sauvée par l’intervention de Kôta, mais ce dernier subit à son tour les assauts de Numéro 35...

L'affrontement final entre les diclonius a débuté. Le numéro 35, qui a retrouvé ses pouvoirs, s'en prend violemment à Lucy et parvient à lui arracher une corne, la laissant en état de choc...