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Tras darse cuenta de que el hombre que conoce como Michael Vaughn está siendo investigado, Sydney cree que toda su vida viene siendo una mentira. Cuando se da cuenta de que está embarazada de Vaughn, decide no revelar la verdad. Mientras, tras descubrir el pasado de Jack, Sydney tiene miedo de que su hija sufra el mismo mal que sufrió su padre.

Sydney se asocia con Renée (una fugitiva buscada por la CIA) para descubrir al asesino de un viejo amigo y evitar que ataque de nuevo. Mientras, Jack recluta a un nuevo agente, Thomas Grace, y Weiss deberá decidir si acepta o no un ascenso que le separará de sus compañeros.

Sydney se ve obligada a trabajar con el nuevo agente, Thomas Grace. Descubrirán que Rachel Gibson (una espía sospechosa de estar involucrada en actividades en contra de U.S. ) tiene algo en común con Sydney. Mientras, Dixon tiene que acompañar a Sloane ya que tiene un permiso de 48 horas para intentar adquirir una cura para su hija Nadia.

Mientras Sloane espera su sentencia, Sydney se verá en peligro cuando Gordon Dean descubra que Rachel está viva.

Sydney y Tom descubren que Renée ha robado los contenedores, y pronto descubrirán que un grupo de mercenarios andan detrás de ellos porque también quieren los contenedores.Mientras, Sloane sigue intentando descubrir una cura para Nadia.

Rachel recibirá una pequeña ayuda por parte de Sydney en su primera misión sola.

Sydney intenta averiguar para quién trabaja Gordon Dean. Por otro lado, parece que han encontrado una cura para Nadia.

Rachel y Sydney deberán unirse a Julien Sark para evitar que una bomba caiga en manos inadecuadas.

Sydney se alía con Vaughn tras haber sido secuestrada e hipnotizada. Lo que Sydney no sabe es que el secuestrador tiene un rostro muy familiar y obscuros intereses en el bebe que aún no ha nacido.

Todo el equipo se queda atrapado en las oficinas de la CIA y Weiss les salva. Sin embargo, Weiss ayudará a otros en una misión para obtener una información que tiene que ver con Sydney.

Irina aparece en casa de Sydney y junto con Jack, se van a Vancouver para recuperar El Horizonte.

Hace un mes que ha nacido el bebé y Sydney se encuentra de baja maternal.Will será el que la vuelva a poner en acción. Sus enemigos se darán cuenta de que la mejor manera de hacer daño a Sydney es atacando a sus amigos.

Comienzan a saber más acerca de Profeta Cinco cuando Sloane descubre que la cura de Nadia puede también matarla. Sydney le ofrece un trabajo en el equipo a Renée mientras que la profecía de Rambaldi reaparece.

La disputa entre Sydney y Anna toma un nuevo rumbo cuando descubren un chip dentro de Renée. Mientras, la unión de Sloane a Profeta Cinco comienza a pasarle factura.

Sydney continúa haciéndose pasar por Anna para descubrir el objetivo de Profecía Cinco. Mientras, Rachel descubrirá el secreto de Tom.

Sloane secuestra a Rachel y a Marshall con intención de descubrir una pista crucial de Rambaldi mientras que Sydney y Vaughn intentan detenerle.

Sydney y Jack intentarán detener a Irina y Sloane para que no lleven a cabo su maléfico plan.