Todos os episódios

Depois de descobrir que o homem que ela conhecia como Michael Vaughn está sendo investigado por suspeita de ser um agente duplo, Sydney começa a questionar se o relacionamento deles durante todo este tempo foi uma mentira. Quando ela descobre que está grávida de Vaughn, decide descobrir a verdade sobre ele. Enquanto isso, por culpa da traição de Jack por Irina, ele passa a se preocupar que sua filha tenha o mesmo destino que ele.

Sydney se une com Renée – um fugitivo que está na lista dos mais procurados da CIA – para encontrar o assassino de um amigo próximo antes que ele aja novamente. Enquanto isso, Jack seleciona um novo agente, Thomas Grace, e Weiss sofre para decidir se aceita ou não a promoção que lhe obrigaria a deixar os colegas.

Sydney é obrigada a dividir uma missão com o novo agente da APO, Thomas Grace. Eles descobrem que Rachel Gibson – uma espiã suspeita de estar envolvida em atividades contra os Estados Unidos – tem algo em comum com Sydney. Enquanto isso, Dixon precisa acompanhar Sloane, que recebeu o direito de ficar 48 horas fora da prisão para procurar a possível cura para sua filha, Nadia.

Enquanto Sloane espera a divulgação de sua sentença, a vida de Sydney é colocada em perigo quando Gordon Dean descobre que Rachel ainda está viva.

Syd e Tom descobrem que Renée roubou um container, e logo se encontram sob o cerco de um grupo de mercenários que querem o conteúdo do container. Enquanto isso, Sloane assume um problema com as próprias mãos para poder voltar para a APO e continua procurando algo que cure Nadia.

Rachel recebe uma pequena ajuda de Syd para sua primeira missão solo.

Sydney e a APO tentam descobrir para quem Gordon Dean está trabalhando e qual é a jogada final deles. Enquanto isso, quando o grupo implora pela cura de Nadia, Sloane tenta manter o controle.

Rachel e Sydney uniram força com Julian Sark para evitar que uma bomba mortal exploda nas mãos de um perigoso mercenário.

Sydney se une com Vaughn depois de ser sequestrada e colocada em estado hipnótico. O que Sydney não sabe é que o sequestrador é uma pessoa muito familiar com um interesse obscuro no filho que ela está esperando.

Todo o grupo da APO fica preso dentro os escritórios da CIA e Weiss os salva. No entanto, Weiss não irá voltar para a APO, ele só irá ajudar aos outros em uma missão para obter informações sobre Sydney.

Irina surge na casa de Sydney e vai junto com Sydney e Jack à Vancouver para recuperar The Horizon.

No 100º episódio da série, a licença-maternidade de Sydney é interrompida quando ela descobre que Will foi seqüestrado por sua inimiga, Anna Espinosa. E Sloane descobre que está à um passo de conseguir a cura para sua filha Nadia.

Enquanto os membros da gangue começam a aprender mais sobre o Prophet 5, Sloane acaba descobrindo que a cura para Nadia é exatamente a mesma que pode matá-la. Enquanto isso, Devlin retorna, a procura por Anna Espinosa continua, a profética página 47 do Rambaldi ressurge, e Sydney oferece um trabalho para Renée na APO.

A rixa de Sydney com Anna toma novo rumo quando um estranho chip de computador é encontrado dentro de Renee; a associação de Sloane com a Prophet Five começa a ter um preço.

Sydney continua a se passar por Anna para descobrir as metas dos Cinco Profetas. Ela e Sark são levados para uma prisão pela página 47. Enquanto isso, Rachel descobre o segredo de Tom.

Na primeira parte do final de Alias, Sloane faz Marshall e Rachel reféns para descobrir uma pista crucial para a última jogada do Rambaldi, conforme Sydney, Vaughn e APO correm para impedí-lo.

Na segunda parte do episódio final, Sydney e Jack precisam encontrar um jeito de impedir Sloane e Irina de colocarem seu plano em ação.