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Tras el asesinato de J.D., Jordan ha viajado a la capital del país para demostrar su inocencia. Sigue la pista de la noticia en la que trabajaba J.D. para averiguar qué ocurrió la noche en que fue asesinado. Lu decide traer a un médico forense independiente, para probar su caso contra Jordan. El Dr. Macy viaja a D.C. para encontrar a Jordan mientras el resto del equipo trabaja para demostrar su inocencia.

Lu y Jordan trabajan juntos en el suicidio de un adolescente. Una nota dejada por el adolescente sugiere que había sido abusado. Una mujer ha sido atropellada por varios coches en una autopista, Woody está investigando. Más tarde aparece un investigador y empieza a indagar. El Dr. Macy ofrece un consejo a Jordan; Lily recibe una noticia sorprendente.

Los agentes de policía han disparado a un niño de 8 años la friolera de 33 veces, lo que provoca disturbios en la ciudad de Boston. Jordan y el resto del equipo investigan el tiroteo, sin embargo, uno de los suyos podría estar perdido.

Episodio cruzado con Las Vegas; Danny y Delinda, de la serie Las Vegas, están de vacaciones en Boston. Sus vacaciones no tardan en convertirse en un viaje para resolver crímenes mientras ayudan a Jordan y Woody a seguir la pista de un asesino. Por otra parte, Bug está trabajando en el caso de una mujer encontrada en el río Charles... su tumba de agua desde la década de 1980. Además, una Lily embarazada regresa a la morgue e identifica al padre del bebé.

William Ivers sigue husmeando en la morgue, investigando al personal y cómo manejan las cosas. Jordan y Lily son enviados a recuperar un cadáver, pero cuando el cuerpo desaparece, las cosas se complican. Woody investiga la muerte de un chico de 16 años.

Se ha producido un tiroteo y tres personas han muerto, entre ellas un presunto asesino y su serpiente de abogado defensor. Para sorpresa de una de las víctimas, ha sido declarado muerto por error y enviado a la morgue para una autopsia. Incapaz de hablar o moverse, sólo puede ver cómo los médicos se preparan para hacerle la autopsia.

Un psicópata de Internet siembra el caos en Boston y se lanza a una sangrienta matanza dejando cadáveres a su paso. Woody y Nigel se unen para detener a este asesino en serie, que deja mensajes crípticos en el blog de Nigel. Por otro lado, Jordan audita las autopsias y descubre que Bug podría haber puesto entre rejas a un hombre inocente.

Cuando Jordan realiza la autopsia de un cadáver que William Ivers le ordena no hacer, descubre inesperadamente un peligro biológico que pone en peligro a toda la ciudad. Jordan suda para obtener los resultados de las pruebas cuando sospecha que ella también está infectada. Mientras, Bug se preocupa por una Lily embarazada que ha entrado en contacto con el misterioso virus... y no puede tomar medicamentos.

Una chica de 16 años aparece asesinada y, mientras trabajan para resolver el caso, descubren muchos secretos en la vida de la joven víctima. A medida que avanza la investigación, Jordan empieza a tener problemas de salud que preocupan al Dr. Macy. Por otra parte, se encuentra una momia que hace que el Dr. Switzer, Bug y Woody se hagan muchas preguntas. Imagínense su sorpresa cuando resulta que es más moderna de lo que creían.

Woody y Jordan forman equipo en este desgarrador caso de una mujer embarazada asesinada. Con el feto desaparecido de su vientre, el tiempo apremia. Woody descubre un error de Jordan que podría afectar al caso. Mientras tanto, el Dr. Macy da una vuelta por la morgue a unos menores que necesitan ser asustados.

Un autobús escolar lleno de niños es secuestrado y se desvanece en el aire. Jordan y Woody deben correr contrarreloj para encontrarlos. Al tener pocas pistas que seguir, encontrar a los niños después de localizar el autobús será más difícil de lo esperado. Por otra parte, el Dr. Switzer y Nigel encuentran a "Santa" en la morgue. Todos se preocupan cuando se desvela el secreto que guarda Jordan.

El Dr. Macy acompaña a Jordan al hospital donde será sometida a una operación cerebral que, con suerte, la salvará. Mientras el Dr. Macy espera noticias sobre la operación de Jordan, todos los demás se lanzan a trabajar. Woody se propone mantener la mente ocupada investigando un asesinato con un testigo que está a punto de declarar.

Jordan se recupera de su operación cerebral pero sufre alucinaciones que intenta ocultar. Sus amigos se turnan para cuidarla. Cuando Bug no se presenta a su turno, el enfado se convierte rápidamente en miedo al descubrir que está bajo custodia de Seguridad Nacional. El equipo lucha por exculpar a Bug, pero se topa con hostilidad y resistencia. Mientras tanto, un persistente detective intenta que se realice una autopsia, pero todo el mundo está centrado en Jordan y Bug.

La recuperación de Jordan ha ido bien y está lista para volver al trabajo, el Dr. Macy está de acuerdo en permitir su regreso si no se excede. Bug está luchando con su experiencia con Seguridad Nacional y se niega a hablar de ello. El asesinato de un novio el día de su boda tiene ocupados a Nigel, Woody y la Dra. Switzer.

Una mujer muerta reúne a Jordan e Ivers para un caso. Lily y Jeffrey buscan la ayuda de un psiquiatra, que muere en mitad de la sesión. Para aumentar el estrés, Lily se pone de parto de repente; por suerte para ella, todos están allí para ayudarla a traer a su hijo al mundo.

Agotada, Lily sale del ascensor para visitar la morgue con la pequeña Madeleine, que no para de chillar. Al ver el último intento de decoración de Woody, Jordan le dice que necesita una esposa, cuando el desaliñado Shawn Curaco irrumpe para informar de un asesinato. Le entrega un informe de laboratorio: alguien ha sido envenenado con tetracloruro de carbono, del que no hay recuperación. Cuando Woody pregunta por la localización del cadáver, Shawn admite que es él.

Tras recoger 18 cadáveres sin causa visible de muerte de un carguero, el Mys Venezia, toda la pandilla se encuentra a bordo de un 737, volando hacia una tormenta. Nigel cree que son extraterrestres o piratas los causantes de las muertes, pero todas las especulaciones terminan cuando el copiloto Dave Rosso les dice a todos que se abrochen los cinturones, porque tienen que volar hacia la tormenta. Cuando los motores estallan, la escotilla salta por los aires y el avión empieza a caer en picado, Dave dice a todos que se preparen para el inevitable accidente.