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Al fine di provare la sua innocenza nell'omicidio di JD, Jordan si reca a Washington. La dottoressa tenta di saperne di più sulla storia che il giornalista stava scrivendo poco prima di essere assassinato; in questo modo spera di riuscire a venire a capo di quanto è accaduto la notte dell'omicidio. Lu decide di chiedere la consulenza di una patologa indipendente al fine di dimostrare le accuse contro Jordan. Intanto, il dottor Macy vola a Washington per rintracciare quest'ultima, mentre il resto del team dell'obitorio analizza ogni indizio che possa scagionare la collega. Jordan e Garrett scoprono il coinvolgimento di un giudice corrotto nell'assoluzione di un uomo accusato dell'omicidio dell'unico testimone sopravvissuto al crollo di una miniera nel quale sono morte più di 80 persone. I due colleghi si convincono che qualcuno della società mineraria ha ucciso JD per impedirgli di rendere pubblico il complotto.

Lu e Jordan collaborano insieme al suicidio di un adolescente. Una nota lasciata dal ragazzo sembra indicare che questi in passato aveva subito delle molestie. Woody indaga sul caso di una donna che è stata colpita più volte da una serie di auto in corsa su di un'autostrada. Grazie all'aiuto degli uomini dell'obitorio scopre che la vittima era già morta poco prima dell'incidente multiplo. Le indagini conducono il detective ad indagare sugli occupanti di una limousine. Un investigatore della Procura di nome William Ivers si presenta in obitorio ed inizia a rivedere i vecchi casi. Macy offre a Jordan una serie di consigli, mentre Lily comunica prima a Nigel e poi a Bug di avere appena scoperto di essere incinta. Ivers rivela a Jordan di trovarsi all'obitorio per indagare sulla condotta di Macy.

Dopo che un gruppo di poliziotti ha sparato per ben 33 volte contro un bambino di 8 anni, la città di Boston affronta una crisi che potrebbe ben presto sfociare in una vera e propria rivolta. Dopo aver testimoniato di fronte alla commissione disciplinare della Polizia, Jordan ed il resto della squadra dell'obitorio decidono di indagare più a fondo sulla sparatoria. Viene così alla luce che i poliziotti potrebbero aver simulato il conflitto a fuoco per occultare un loro errore. Nigel e Switzer rimangono a piedi nel bel mezzo della rivolta. Macy e Bug si occupano dei feriti trasportati all'obitorio. Woody e Lu si recano sulla scena del crimine per recuperare una prova. Lu viene colpita da una pallottola vagante e muore per un'emorragia interna.

Danny e Delinda, due vecchie conoscenze di Jordan, entrambi impiegati del "Montecito Resort & Casinò" di Las Vegas, si trovano a Boston per trascorrere alcuni giorni di vacanza. Ben presto il loro periodo di riposo si trasforma nella caccia ad un assassino insieme a Jordan e Woody. I quattro tentano di venire a capo della morte di un pugile rinvenuto cadavere poco dopo una importante vittoria sul ring. Nel frattempo, Bug indaga sul ritrovamento dello scheletro di una donna rimasto sotto alle acque di un fiume fin dagli Anni Ottanta. Nel frattempo, una Lily in piena gravidanza torna all'obitorio e comunica a Jeffrey la novità.

William Ivers, l'ispettore inviato per controllare l'obitorio, continua a ficcare il naso dovunque. L'uomo osserva tutti i componenti dello staff ed il modo con il quale essi svolgono le loro mansioni. Jordan e Lily sono chiamate al recupero di un cadavere, ma quando l'incarico produce la sparizione del corpo senza vita di un nano gli eventi assumo un contorno più bizzarro e complicato. Woody indaga sulla morte di un giovane ragazzo di 16 anni. Nel caso sembra essere coinvolto un poliziotto della Sezione Narcotici che sta lavorando insieme al procuratore Brandau. Quest'ultimo riceve da Lily alcune notizie su come la gravidanza condizionerà il loro prossimo futuro.

L'ennesima sparatoria produce tre cadaveri, due dei quali appartengono ad un uomo appena scagionato da un'accusa di omicidio e al suo spregiudicato avvocato difensore. Quest'ultimo è però stato dichiarato morto per errore ed il suo corpo spedito in obitorio per l'autopsia. Incapace di parlare o di muoversi a causa di una paralisi, all'uomo non resta che osservare con orrore i dottori che si stanno preparando ad effettuare l'esame autoptico sul suo corpo ancora in vita.

Un assassino psicopatico che agisce grazie al supporto di Internet è la causa dell'ultima crisi di panico che sembra attanagliare gli abitanti di Boston. L'uomo ha iniziato una vera e propria scia di sangue. Woody si rivolge a Nigel dopo che il serial killer ha iniziato a lasciare una serie di criptici messaggi sul blog personale del patologo. I due arrivano ad arrestare un sospetto, ma questo viene rilasciato a causa dell'inconsistenza delle prove. Ora, la vita di una coppia potrebbe essere in serio pericolo. Nel frattempo, su ordine di Ivers, Jordan sottopone a verifica una serie di vecchie autopsie e scopre che Bug potrebbe aver fatto condannare un innocente per errore.

Jordan decide di eseguire un'autopsia su di un cadavere, contravvenendo ad un preciso ordine di William Ivers che le aveva intimato di non farlo. Così facendo, la patologa scopre un agente contaminante che potrebbe mettere a rischio la salute dell'intera città. Jordan lavora alacremente per ottenere i risultati su alcuni test; la donna teme inoltre di essere stata contagiata. Nel frattempo, Bug è preoccupato per la salute di Lily, la quale è entrata in contatto con il misterioso virus e, in quanto incinta, non è intenzionata ad assumere alcun farmaco. Gli uomini di Macy trovano il responsabile del contagio, mentre Jordan scopre di avere un serio problema di salute che non ha niente a che vedere con il virus.

Il team lavora al caso inerente il ritrovamento del corpo senza vita di una ragazza di 16 anni. Mentre tutti procedono alle analisi di rito, viene alla luce che la vittima aveva un sito web grazie al quale adescava uomini di una certa età per fare sesso. Nel bel mezzo delle indagini, Jordan inizia a manifestare alcuni problemi di salute ed è così costretta a raccontare la verità al dottor Macy. La dottoressa Switzer si occupa delle analisi sul corpo mummificato di un'antica principessa egizia. Bug e Woody la seguono in ogni passo. Gli interrogativi si trasformano in sorpresa quando la mummia si rivela essere molto più "moderna" del previsto.

Woody e Jordan uniscono le loro forze nel drammatico caso riguardante l'omicidio di una donna incinta. Il feto che quest'ultima aveva in grembo è scomparso, perciò è essenziale ritrovarlo nel più breve tempo possibile. Nigel individua un errore commesso da Jordan che potrebbe compromettere l'intera indagine. Nel frattempo, Macy accompagna un gruppo di ragazzi che debbono essere seriamente messi in guardia sulla loro vita in un giro completo dell'obitorio.

Una scuolabus pieno di studenti è stato preso in ostaggio ed ora sembra essere scomparso nel nulla. Jordan e Woody lottano contro il tempo. Quando l'automezzo viene rinvenuto, la patologa deve analizzare i pochi indizi rimasti sulla scena per ritrovare i bambini, ma l'impresa si rivela più difficile del previsto. Come se non bastasse, la Polizia deve anche indagare sulla scomparsa dell'insegnante dei piccoli, alla quale i rapitori hanno sparato e che poi hanno scaricato durante il loro tragitto. La dottoressa Switzer e Nigel debbono eseguire l'autopsia sul cadavere di un uomo vestito da Babbo Natale trovato all'interno di una canna fumaria. Tutti i membri della squadra sono esterrefatti quando il segreto che Jordan ha mantenuto per tutto questo tempo diventa di dominio pubblico.

Il dottor Macy accompagna Jordan all'ospedale, dove la donna sarà sottoposta ad un delicato intervento chirurgico al cervello al fine di rimuovere il meningioma. Mentre Garrett attende di avere notizie circa le condizioni di salute della collega, il resto del team tenta di proseguire nel lavoro. Woody prova a tenere occupata la sua mente in un caso di omicidio. Il testimone oculare di una vera e propria esecuzione è stato ucciso insieme al poliziotto che lo stava proteggendo. Woody scopre che anche la figlia della vittima ha assistito al medesimo fatto di sangue e potrebbe fornire la testimonianza necessaria. Ma la donna si rifiuta. Il detective rivolge così la sua attenzione ai probabili complici dell'assassino. Jordan supera l'intervento e si risveglia.

Jordan si sta lentamente riprendendo dal delicato intervento chirurgico al quale è stata sottoposta. Ora però sembra soffrire di alcune allucinazioni che tenta di nascondere ai suoi colleghi. Questi ultimi decidono a turno di prendersi cura di lei. Quando Bug non si presenta in orario, l'ira dei suoi amici si trasforma ben presto in timore nel momento in cui viene alla luce che il patologo è stato preso in custodia dagli uomini della Sicurezza Nazionale. Il team lotta per chiarire la posizione del loro collega, ma deve affrontare ostilità e resistenze di ogni tipo. Nel frattempo, un detective sollecita l'esecuzione di un'autopsia su di un cadavere, ma tutti sembrano essere concentrati solo ed esclusivamente sui problemi di Jordan e Bug.

Jordan sembra essersi ripresa alla grande ed ora è pronta per ritornare al lavoro. Pur se con qualche riserva, il dottor Macy le permette di riprendere le sue mansioni all'obitorio. Bug cerca in tutti i modi di dimenticare la traumatica esperienza subita mentre si trovava in custodia degli uomini della Sicurezza Nazionale. Per questo motivo si rifiuta categoricamente di parlarne. Nigel, Woody e Kate si occupano della morte di uno sposo, avvenuta nel giorno del matrimonio di quest'ultimo. La lista dei sospetti comprende il futuro suocero, la damigella d'onore della sposa ed infine il fratello della vittima.

Il cadavere di una donna diventa l'occasione per Jordan e Ivers di lavorare ancora insieme. Il caso è alquanto complicato, in quanto la vittima era stata data per deceduta alcuni anni prima ed il marito processato da Ivers con l'accusa di omicidio. Lily e Jeffrey chiedono aiuto ad uno psichiatra, ma quest'ultimo muore nel bel mezzo di una seduta. Woody sospetta di omicidio nientemeno che la madre di Jeffrey. Ad aumentare lo stress della giornata ci si mette anche il fatto di Lily che entra in travaglio. Per sua fortuna, tutti intorno a lei sono pronti per consentire alla sua bambina di venire al mondo.

Woody e Jordan si occupano del caso di un uomo in procinto di morire per avvelenamento. Prima del decesso, l'uomo vorrebbe tanto poter incontrare la figlia scomparsa. Ma quest'ultima risulta essere stata in passato coinvolta in una rapina. Nigel e Kate collaborano all'autopsia da eseguire sui corpi senza vita di due colleghi maghi. E finiscono puntualmente con lo scontrarsi a proposito della dinamica degli eventi ed al movente che ha scatenato la furia dei due. Vedendo l'amica in difficoltà, Bug chiede a Lily di trasferirsi con Madeleine a casa sua.

La dottoressa Kate Switzer mette insieme una squadra di coroner esperti per indagare su che cosa ha decimato l'intero equipaggio di una nave che si trovava al largo del Mar di Norvegia. Sul volo di ritorno per Boston, l'aeroplano del gruppo rimane intrappolato in una improvvisa tempesta ed il velivolo precipita sulle montagne. Mentre Woody e Bug decidono di raggiungere il punto più alto della catena montuosa per lanciare una richiesta di aiuto con la radio, Jordan, Macy, Kate e Nigel decidono di effettuare alcune autopsie. Mentre scoprono la verità sulle morti che si sono verificate sulla nave, al tempo stesso tutti cominciano a domandarsi se saranno soccorsi o meno.