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La ciudad se une para un último intento de localizar a la desaparecida nave Astraeus antes de que sea demasiado tarde.

Beverly Barlowe necesita la ayuda de Carter para liberar a la tripulación del Astraeus. El plan de rescate llevará a Carter al mundo virtual.

La tripulación del Astraeus trata de recuperarse de su experiencia, mientras Fargo también se enfrenta a la muerte de Holly.

La tripulación trata de sobrellevar el calvario vivido, pero la visita de Warren no hace más que aumentar la presión de todos ellos.

Douglas le ordena al equipo cerrar el sistema principal de Matrix. Entre tanto, Warren, que ha llegado para las evaluaciones, conoce a Jack y a Allison.

Henry trata de reiniciar el reactor principal, pero éste no responde. Mientras, Jack es informado de que Eureka está siendo atacada por un desconocido.

Fargo está convencido de que Holly aún se encuentra dentro del ordenador Matrix y trata de impedir que reformateen el disco duro provocando su desaparición.

La sorpresa que Carter le ha preparado a Allison resulta letal cuando ambos se ven atrapados en un laboratorio marino en el que desaparece el oxígeno a gran velocidad.

Tras consumir una droga inteligente, Carter comienza a reescribir las leyes de la física, lo que pone en peligro a sus amigos y a la ciudad entera.

La luna de miel perfecta que Jack ha organizado para Allison y él mismo se ve interrumpida cuando se descubre que alguien ha estado saboteando Eureka. En otra parte, la doctora Holly Marten se enfrentará a otro obstáculo en forma de dificultades técnicas que pueden ocasionar que su vida corra peligro.

Eureka está aislada del mundo por un experimento que ha funcionado mal y que amenaza con erradicar a la población de la ciudad.

Uno a uno, los habitantes de Eureka van siendo secuestrados y reemplazados por dobles. Varios de ellos tratan de evitar ser capturados.

Los agujeros de gusano alrededor de Eureka demuestran que el Departamento de Defensa está dispuesto a hacer todo lo que esté en sus manos para intentar cerrar el centro de la ciudad.