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L'Astraeus atterra su un pianeta sconosciuto che si rivela essere la vecchia Terra. Sono passati quattro anni e ora a comandare sono le macchine, rappresentate da molteplici copie di Andy. Ma sarà vero? Prima TV Italia 2 gennaio 2013

Il Senatore Wen arresta il gruppo di ricerche e Kevin costruisce un dispositivo in grado di localizzare la scia dell'astronave Astraeus che è ancora mancante dopo quattro mesi. Purtroppo la messa a punto del progetto si ferma quando Andy e Carter sono arrestati per aver rubato un componente essenziale alla macchina. Prima TV Italia 9 gennaio 2013

L’equipaggio vive in una realtà virtuale, prodotta dalla Matrice e nella quale sono indotti a fare nuove scoperte scientifiche di cui Beverly e soci potranno approfittare. Nell’Eureka reale, intanto Henry e Carter si danno da fare per scoprire dove sia finito l’Astraeus. Prima TV Italia 2 gennaio 2013

In questa puntata un fuoco che non brucia crea scompiglio ad Eureka. Mentre Fargo lotta con la sua elaborazione del lutto, Allison e Carter, Jo e Zane, Henry e Grace, vivono un conflitto per non sapere cosa sia successo realmente nella Matrice. Prima TV Italia 16 gennaio 2013

Jack inizia a passare da un corpo all'altro ed è coinvolto in una serie di bizzarre situazioni. Warren Hughes torna alla Global Dynamics per testare le capacità dell'equipaggio dell'Astraeus ed il loro rendimento sul lavoro dopo il rapimento. Prima TV Italia 13 gennaio 2013

Alla Global Dynamics, le persone vengono messe di fronte ad una prova in caso di disastro. Tuttavia, il computer che gestisce la simulazione trasforma la stessa in realtà. Fargo rischia la vita per interferire nella matrice e provare le scoperte di Zane. Prima TV Italia 13 gennaio 2013

Fargo è convinto che Holly si trovi ancora nel computer Matrix ma il Dipartimento della Difesa è determinato a cancellare il disco rigido eliminando per sempre la possibilità di salvare la dottoressa Marten. Henry chiede aiuto a Carter per un esperimento sul cervello umano. Prima TV Italia 23 gennaio 2013

Lo sceriffo organizza una cena a lume di candela per Allison nel sottomarino con cui lei deve fare degli esperimenti ma precipitano in una fossa profondissima rischiando di finire schiacciati dalla pressione. Prima TV Italia 27 gennaio 2013

Mentre si trova sotto l'influenza di un potente farmaco, Carter diventa intelligente come tutte le altre persone della città ed inizia a modificare le leggi della fisica. Presto, la sua condizione mette in pericolo tutte le persone di Eureka, incluso il fratello di Allison che è appena giunto in città per conoscere il futuro cognato. Prima TV Italia 23 gennaio 2013

Carter porta Allison a passare la luna di miele in una baita dove trovano una cassaforte con all’interno dei vecchi file dell’ex-sceriffo e scoprono che stava indagando su una rete di spionaggio ad Eureka. Prima TV Italia 30 gennaio 2013

Una polvere per invertire i cambiamenti climatici viene rilasciata nel cielo di Eureka. Tutti i mezzi di comunicazione vanno in tilt . L' esperimento andato male isola Eureka dal resto del mondo e minaccia di uccidere tutti gli abitanti della città, a meno che Carter non scopra il sabotatore, Holly che ha fabbricato cloni degli abitanti per attuare la supremazia delle macchine. prima che sia troppo tardi. Prima TV Italia 6 febbraio 2013

Gli abitanti di Eureka vengono rapiti e sostituiti da doppioni. Allison, Fargo e Zane cercano di capire cosa sta succedendo prima di essere rapiti a loro volta. Anche il clone di Carter contribuisce alla cattura degli individui ma Zane riesce ad approntare una macchina che spegne i cloni, annientando l’ultimo attacco della Matrice. Prima TV Italia 6 febbraio 2013

- Episodio conclusivo della serie - Alcuni buchi neri iniziano a materializzarsi per caso intorno alla città. Il Dipartimento della Difesa considera la possibilità di chiudere Eureka. Tutti sono alle prese con i preparativi per la chiusura e l’abbandono di Eureka. Uno dei macchinari, rimasto acceso, crea un tunnel spazio-temporale che attraversa Eureka. Quando tutto sembra perduto, Grant, diventato ricchissimo, decide di comprare Eureka. Prima TV Italia 13 febbraio 2013