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Este episodio comienza 12 años después de la primera miniserie de Dune. El duque Paul Atreides se ha convertido en emperador. Durante un ataque, está cegado pero utiliza sus "visiones del futuro" para ver. Chani, su concubina, le ha dado gemelos: Leto II y Ghanima. Cuando atacan a sus hijos, Paul usa los ojos de Leto para ver y evitar el peligro, pero en el proceso pierde su visión psíquica y se vuelve completamente ciego. De acuerdo con la costumbre Fremen, entra al desierto y deja a sus hijos al cuidado de su hermana, Alia.

A medida que abundan las conspiraciones para obtener poder político, la base de poder de Paul se erosiona desde adentro y su hermana, Alia, que es muy ambiciosa, está ganando terreno político. Nacida de sus recuerdos ancestrales, Alia es considerada una abominación por la Bene Gesserit. Lady Jessica, su madre regresa a Dune (Arrakis) para visitar a sus nietos Leto II y Ghanima. Cuando un antepasado en particular comienza a poseer a Alia, Lady Jessica tiene que refugiarse. Leto II y Ghanima diseñan un plan para la salvación.

Como Alia se vuelve totalmente poseída, ella también tiene que lidiar con los rebeldes Fremen. Ghanima, que sobrevivió a un ataque contra ella por la Casa Corrino, ahora está comprometida con Farad'n Corrino. Inesperadamente, Leto II regresa del desierto creyéndose muerto. Mientras que en el desierto su cuerpo ha absorbido algunas truchas de arena, transformándolo lentamente en un gusano de arena. Alia se resiste a la posesión por el barón, mientras que Irulan rechaza la oferta de Jessica de regresar con ella a Caladan.