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ポールが統治する砂の惑星デューン＝アラキスで、コリノ家のウェンシアが復権を狙い、陰謀をめぐらせていた。ハルコネン男爵も亡霊なり、ポールの妹アリアを操り暗殺をくわだてる。その一方で、一部のフレメン族が砂漠での生活を取り戻そうと反乱を企てていた。襲われたポールは視力を失ってしまうが、スパイスの力で将来を予知し、自分に息子が生まれることを予期する。彼は息子にアラキスの運命を託すことにし、自分は砂漠へと旅にでる。

ポールが去った後、妹アリアが摂政としてアラキスを統治する。が、重圧からスパイスに依存するようになった彼女は過剰に能力を開花させ、別人格が目覚めてしまう。そしてアリアはハルコネンの潜在意識に憑りつかれ、母ジェシカを殺そうとする。ポールの双子の子供レト二世とガニマは叔母アリアそして継母イルランによって育てられる。成長したレト二世は自分が皇帝以上の重要な存在となる運命だと知る。しかしイルランの姉ウェンシシアはレト二世とガニマを暗殺しようと刺客をさしむける。

レト二世とガニマは辛くも暗殺の手を逃れ、レト二世は自分の命運をまっとうすべく旅立った。一方、身の危険からアラキスを逃れたジェシカは、ウェンシシアの息子ファラドゥンに奥義を伝授することを条件に自分の身の安全を約束させる。母の陰謀に異を唱える彼に、ガニマと結婚してコリノ家とアトレイデス家の同盟を結ぶと提案がなされる。アラキスで摂政アリアと接見したファラドゥンは、全てが母ウェンシシアの陰謀である事を告げた。そこに、砂漠の力で身体も能力も進化したレト二世が現れる。