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Secuestrado por piratas y declarado muerto por su empresa, el ejecutivo Rokuro Okajima se une a sus secuestradores en su barco: el Black Lagoon.

Rock urde un plan para destruir el helicóptero de combate que parece haber atrapado al Black Lagoon. Mientras, la Compañía Lagoon acepta a Rock como nuevo miembro.

Un gánster llamado Chin lures Dutch y la tripulación del Black Lagoon libran una batalla en el mar contra Luak, el líder de los piratas rivales.

En plena misión para recuperar una valiosa pintura de un submarino hundido, el Black Lagoon es asediado con misiles por unos neonazis.

Tras encontrar la pintura, Rock y Revy discuten sobre si deben seguir buscando más tesoros mientras que los submarinistas neonazis se acercan al botín.

El violento ataque de Dutch y Revy al barco neonazi sacará a la luz sorprendentes revelaciones sobre Revy y la misión del Black Lagoon de recuperar la pintura.

La actitud de Revy por la misión encomendada junto a Rock puede que cambie cuando controle una posible difícil situación con un traficante.

La tripulación del Black Lagoon debe entregar a un joven rehén a un cártel colombiano, pero Dutch siente cargo de conciencia cuando descubre la identidad del chico.

La tripulación del Black Lagoon descubre demasiado tarde que Roberta es una formidable y valiosa adversaria, mientras intentan huir con García.

Rock descubre la verdad sobre las tropas de Balalaika cuando intervienen en una lucha sin cuartel entre Revy y Roberta.

Mientras transportan información sobre una organización terrorista a la CIA, la tripulación del Black Lagoon es atacada por los terroristas.

Rock descubre la verdad sobre Takenaka durante el interrogatorio y aún se sorprende más cuando Revy y Shenhua la rescatan.

Una serie de asesinatos de miembros del Hotel Moscú provoca una reunión de los principales señores del crimen organizado; las sospechas recaen sobre unos mellizos.

Rock y Chang le siguen la pista a los mellizos hasta Rumanía donde se verán envueltos en un juego letal de caza con los despiadados jovencitos.

Gretel toma a Eda de rehén, exigiendo un barco para huir ella y su hermano. Mientras, Hansel derrota él solo a todo el equipo de Balalaika.

La mafia de Florida junto a varios cazadores de recompensas atacan a la Iglesia de la Violencia en busca del falsificador Greenback Jane, que quiere unirse.

Eda trata de ayudar a Jane a dar esquinazo a los cazadores de recompensas, pero sus planes, incluida la huida del Black Lagoon, se truncan a cada paso.

Dutch y Benny intentan rescatar a Jane y al resto; tras la persecución por parte de los cazadores de recompensas, serán muchos los secretos que se desvelen.

Rock y Revy acompañan a Balalaika a Japón, donde aceptan la peligrosa tarea de eliminar a una banda de la yakuza a instancias de otra.

Los enfrentamientos comienzan entre Balalaika y el grupo Washimine. Rock hace un sorprendente descubrimiento sobre Yukio, la chica que conoció en el festival.

A Yukio la secuestran el día que asume el control del grupo Washimine y Rock le pide a Ginji que les permita a él y a Revy ayudar en el rescate.

Revy y Ginji intentan rescatar a Yukio durante una batalla con Chaka y sus hombres. Más tarde, reprenderá a Rock por intentar rescatarla de la mala vida.

Balalaika ha acabado con la mayor parte del grupo Washimine, pero Yukio ha aprendido algo sobre la técnica del Hotel Moscú y lo utilizará en su propio beneficio.

Rock intenta que Yukio deje la mala vida, pero los eventos que se sucederán y que no podrá controlar, puede que den al traste con sus planes.