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Rokuro Okajima è un ragazzo giapponese che lavora per l'Asahi Industries. Un giorno, mentre viaggia su una barca, viene rapito dalla Lagoon Company, gruppo di mercenari composto da Dutch, Benny e Revy. Rokuro è in possesso di un disco compromettente per la sua azienda. Quando il suo superiore, Kageyama viene a sapere della faccenda ordina l'uccisione di Rokuro. Un gruppo di killer si mette così sulle tracce della Lagoon Company, che riesce a fuggire. Kageyama telefona a Rokuro e gli comunica che deve morire. Rokuro, sconvolto, si sente male proprio quando un elicottero munito di mitragliatrici si profila all'orizzonte.

Per sottrarsi all'elicottero, l'equipaggio della Lagoon Company raggiunge un vicolo cieco. La situazione sembra essere tragica, ma Rock ha un'intuizione: utilizzare una nave affondata come trampolino per lanciare un paio di siluri contro l'elicottero. Dutch accetta e l'elicottero viene distrutto. L'equipaggio della Lagoon Company consegna così il disco a Balalaika, capo dell'organizzazione mafiosa Hotel Moscow. Questa consegna il disco a Kageyama che propone a Rock di tornare a Tokyo insieme a lui. Ma Rock accetta l'offerta di Revy, che gli propone di cambiare completamente vita e diventare un membro della Lagoon Company.

Dutch viene contattato da Chin, un gangster cinese che gli intima di non lavorare più per Balalaika. Dutch ignora la minaccia e così Chin ingaggia Luak, il capo di una banda di pirati e gli ordina di uccidere tutti i membri della Lagoon Company. La barca della Lagoon Company viene così attaccata e Dutch, Benny, Rock e Revy si salvano eliminando tutti i pirati. Successivamente Balalaika uccide Chin.

La Lagoon Company deve ritrovare un misterioso quadro, intitolato "I dodici cavalieri guidati dal Brunhilda", che si trova in fondo al mare in un sottomarino tedesco risalente alla seconda guerra mondiale. Dutch incarica Revy e Rock della missione di recupero, così i due entrano nel sottomarino ma vengono attaccati da un gruppo di neonazisti.

All'interno del sottomarino, Rock ritrova il quadro ma Revy insiste a cercare medaglie e altri oggetti di valore da rivendere. Questo provoca la disapprovazione di Rock e i due hanno una lunga discussione, nella quale Revy racconta della sua tragica infanzia fatta di furti e violenze. I due vengono aggrediti dai neonazisti e Rock perde il quadro. I neonazisti si ritirano e portano il quadro nella loro barca. Revy tenta di raggiungerli ma deve ritirarsi a causa dell'uso da parte dei neonazisti di mitragliatrici. Revy e Rock tornano così nella barca della Lagoon Company, dove Dutch studia un piano per assalire i neonazisti.

Dutch e Revy lasciano la barca della Lagoon Company e si dirigono verso quella dei neonazisti, che stanno festeggiando ubriachi il ritrovamento del quadro. Revy si scatena e uccide tutti i neonazisti, ma la sua furia sta per colpire anche i membri dell'equipaggio, che sono dei civili. Dutch e Revy riescono a stanare Rachman, il comandante dell'operazione di recupero del quadro. Rachman è al telefono con Sir Alfred, il capo dell'Unione Socialista Ariana. Dutch parla con questi al telefono e scopre che l'uomo ha ordinato la missione di recupero sapendo che anche la Lagoon Company era sulle tracce del quadro. Dopo la conversazione telefonica, Dutch e Revy uccidono Rachman.

Dutch manda Revy e Rock a fare delle commissioni. Revy è molto seccata per questo, perché non sopporta di stare insieme a Rock. I due arrivano alla "Chiesa della violenza" e incontrano Yolanda ed Eda. Dopo un momento di tensione, in cui Revy ed Eda si puntano contro le pistole, Rock riesce a guadagnare il rispetto di Yolanda e a risolvere la situazione grazie alla propria diplomazia. Successivamente Revy e Rock hanno un violento diverbio in un ristorante e solo l'intervento del capo della polizia di Roanapur, Watsup, riesce a risolvere la situazione, facendo entrare i due in una macchina della polizia.

La Lagoon Company viene contattata dal cartello colombiano di Manisarela, per rapire un bambino. Dutch lo affida a Rock e questi apprende che il bambino è Garcia Lovelace, unico erede della famiglia Lovelace, una delle famiglie più ricche del Sud America. Nel frattempo, una misteriosa ragazza vestita da cameriera arriva a Roanapur e inizia a cercare il piccolo Garcia. Arrivata al bar Yellow Flag, la ragazza inizia a sparare, proprio mentre i membri della Lagoon Company e Garcia si trovano lì. Garcia riconosce tra le lacrime Roberta, la sua tata.

Durante la violenta sparatoria tra Roberta e i colombiani, l'equipaggio della Lagoon Company si nasconde, ma Revy inavvertitamente rivela la loro presenza a Roberta, che ritrova così Garcia. Questi però, sconvolto dalla furia distruttrice della ragazza, decide di fuggire con la Lagoon Company. Uno dei membri del cartello identifica Roberta come Rosarita Cisneros detta "il mastino di Florencia", ossia un'ex guerrigliera. Roberta distrugge il bar, quindi ruba una macchina e insegue la Lagoon Company. Balalaika intanto mobilita i suoi soldati per stanare Roberta. Dutch riesce a colpire il motore della macchina nella quale si trova Roberta, e la fa sbandare. La Lagoon Company fugge convinta della morte della ragazza, ma essa è ancora viva e si aggrappa alla loro macchina.

La fuga della Lagoon Company risveglia Revy, che era svenuta durante la battaglia al bar. Arrivati al porto, Revy decide di uccidere personalmente Roberta, e le due iniziano un violento e interminabile scontro a fuoco, che viene interrotto solo dall'arrivo di Balalaika e dei suoi soldati. Le due ragazze però vogliono continuare a combattere, così Balalaika le fa sfidare a pugni, senza armi. La lotta è cruenta, ma termina senza un vincitore. Revy sviene nuovamente, mentre Roberta viene soccorsa da Garcia.

La Lagoon Company viene contattata da Mr. Chang, capo della Triade cinese a Roanapur, per trasportare una valigetta contenente informazioni sul gruppo terroristico "Protectors of the Islam Front". Mentre è in atto l'incontro, Mr. Chang viene attaccato dai terroristi. Revy aiuta Mr. Chang a fuggire, quindi incontra insieme a Rock Masahiro Takenaka, uno dei leader del Fronte. Questi si appropria dei documenti mediante un raggiro, e porta con se Rock. Revy viene salvata dall'intervento di Shenhua, una ragazza thailandese e dal suo autista Leigharch, un ragazzo costantemente sotto l'effetto di droghe. I tre partono quindi alla ricerca di Rock.

Takenaka interroga Rock davanti a Ibraha, l'altro leader del fronte. I due hanno una lunga discussione interamente in lingua giapponese, e questo fa arrabbiare Ibraha che vorrebbe torturare Rock. Takenaka però si oppone. Intanto Revy e Shenhua arrivano al campo dei terroristi e vengono inseguiti da una serie di veicoli con al comando Ibraha. Le due ragazze eliminano gran parte dei terroristi e Ibraha ordina ai suoi uomini di proseguire l'inseguimento. Takenaka vorrebbe invece ritirarsi, e quando Ibraha rifiuta l'ennesimo ordine lo uccide sparandogli. Revy riesce così a consegnare i documenti agli uomini della CIA.

Una serie di omicidi sconvolge Roanapur. I gruppi criminali della città si riuniscono per stanare gli assassini. Si scopre che i colpevoli sono due bambini. Tutta Roanapur dà quindi loro la caccia. Balalaika si informa con Rock sui bambini, facendosi tradurre una strana frase, e questi si rende conto che sono collegati al vampirismo.

Rock dichiara che i bambini provengono dalla Romania, quindi Balalaika convoca Rowan e si fa consegnare tutti i film snuff che ha. Balalaika si incontra con Mr. Chang e rivela il passato dei gemellini, che si chiamano Hänsel e Gretel, fatto di violenze psicologiche e sessuali. Mr. Chang si allea con Balalaika per scovare i bambini, quindi questa mobilita i suoi soldati. Intanto i gemelli uccidono Verrocchio, leader della mafia italiana a Roanapur, e i suoi uomini. Era stato Verrocchio a ordinare gli omicidi, per arrivare sino a Balalaika e divenire il nuovo padrone di Roanapur. Mr. Chang si reca nell'abitazione di Verrocchio e trova i cadaveri. Hänsel e Gretel fuggono ma si ritrovano davanti Revy ed Eda.

Eda e Revy stanno per iniziare una lotta con Hänsel e Gretel, ma vengono interrotte dall'arrivo dei soldati di Balalaika. I gemellini decidono di separarsi, mentre Revy torna a casa lasciando sola Eda, che viene minacciata da Gretel e presa in ostaggio. Intanto Balalaika tende una trappola ad Hänsel e lo attende in un parco. Il bambino arriva e minaccia Balalaika. Il parco però è pieno di cecchini, che sparano a Gretel. Questi si mette a piangere, ma Balalaika non si commuove e ordina ai suoi soldati di finirlo. Sulla barca della Lagoon Company, Gretel racconta il suo tragico passato a Rock. Questi si commuove e si dispera per tutto quello che hanno dovuto passare i due gemellini. Arrivati alla meta, Gretel viene uccisa da un uomo di Balalaika, proprio mentre vede per la prima volta il mare.

Greenback Jane è un'abile contraffatrice di denaro. Un suo collega viene ucciso davanti ai suoi occhi, e la ragazza fugge giungendo alla "Chiesa della violenza", dove viene accolta rocambolescamente da Eda e Revy. La ragazza racconta la sua storia alle due e a Yolanda, quindi la chiesa subisce un duro attacco da parte degli inseguitori di Greenback Jane, e le ragazze rispondono al fuoco con una violenta sparatoria alla quale si aggiunge anche Rico, un giovane apprendista sacerdote. Intanto al Yellow Flag si raduna un gruppo di strani killer, guidati dal cowboy Russell, mentre Eda consiglia a Greenback Jane di rifugiarsi in un hotel.

Gli inseguitori di Greenback arrivano all'hotel dove la ragazza è nascosta, ma non la trovano poiché è riuscita a fuggire. Durante la fuga, Jane incontra Eda e Revy e in cambio di denaro le due le offrono la loro protezione. I killer riescono però ad individuare Jane e attaccano Revy, Rock ed Eda.

Shenhua affronta Eda e Revy e riesce a ferire quest'ultima. Successivamente però cade in una trappola e precipita da una scala a causa di un colpo di pistola sparato da Eda. Intanto Rock e Jane si trovano davanti Sawyer "la pulitrice" armata di una sega elettrica. La ragazza però va in crisi dopo aver perso il suo microfono e inizia a sudare e a tremare, quindi si accuccia su se stessa. Dopo un'esplosione la Lagoon Company fugge con la sua barca, inseguita dai killer. Dutch riesce con manovre evasive a far cadere in mare alcuni killer, mentre Russell si trova faccia a faccia con Eda. Russell si ricorda di aver già visto la donna e non appena le dice di essere in realtà una spia della CIA questa lo uccide. Benny grazie ai suoi computer riesce ad accedere al file di Jane e le salva la vita. Jane per ringraziarlo lo bacia.

Rock si reca in Giappone in veste di traduttore di Balalaika. Con lui parte anche Revy. Una volta giunti in Giappone, Balalaika negozia con il clan Washimine, una famiglia yakuza caduta in disgrazia dopo la morte del capofamiglia Ryuko Washimine. Balalaika accetta di eliminare il clan rivale dei Washimine, il Consiglio Kosa. Dopo la conclusione dell'accordo, Balalaika ordina un'esplosione nella base del Consiglio Kosa. Revy e Rock intanto fanno un giro in città e Revy provoca una rissa con un ambulante. Viene fermata da Ginji Matsuzaki, un enorme ragazzo in compagnia di una ragazza di nome Yukio. Il giorno seguente, Tsugio Bando|Tsugio Bando, boss del clan Washimine, chiede aiuto a Ginji, ricordandogli il suo passato da samurai. Ginji però rifiuta. Intanto Rock decide di far visita ai suoi genitori.

Sconvolto dalla brutalità di Balalaika, Bando organizza un altro incontro con lei, che risponde duramente. Dopo la riunione, Rock viene pestato da Chaki, un arrogante membro del clan Washimine. Revy giura di ucciderlo e ordina a Benny di spedirle le sue amate armi. Rock incontra Yukio e i due instaurano un rapporto d'amicizia. Poco prima di lasciarsi, la ragazza confessa a Rock di chiamarsi Yukio Washimine, e di essere l'unica figlia di Ryuko Washimine. Ginji e Bando discutono del futuro del clan Washimine, arrivando alla conclusione che solo un discendente diretto della famiglia può risollevare le sue sorti. Bando decide di uccidere Balalaika, ma la donna lo uccide. Dopo questo tragico fatto Yukio accetta la sua sorte e diventa così il boss del clan Washimine. Ginji giura fedeltà alla ragazza.

Come nuovo boss del clan Washimine, Yukio ordina un attacco all'Hotel Moscow. Quando la ragazza torna a casa, viene rapita da Chaki e dai suoi uomini. Ginji scopre il rapimento e Rock lo convince ad aiutare lui e Revy a cercare Yukio.

Revy e Rock scoprono dove è nascosta Yukio, grazie all'aiuto di Ginji. Chaki tenta di sfidare Revy, ma la ragazza lo conduce davanti a Ginji. Chaki tenta di sparargli, ma Ginji lo fa a pezzi con la sua katana, quindi lo lascia annegare in una piscina. Il giorno seguente, Balalaika ordina la distruzione totale del clan Washimine.

I soldati di Balalaika eliminano gran parte del clan Washimine, e Yukio ordina ai superstiti di ritirarsi. Revy e Rock incontrano Balalaika, e Rock le chiede di porre fine all'attacco contro il clan Washimine. Balalaika lo aggredisce e gli punta contro la pistola. Dopo un momento di tensione la donna lascia andare Rock, sorridendo.

Rock chiede a Balalaika di portare a termine la distruzione del clan Washimine, per permettere a Yukio di vivere una vita normale. Revy inizia un combattimento contro Ginji, mentre Rock tenta di spiegarsi con Yukio. La ragazza ammette di voler vivere una vita normale e questo blocca per un attimo Ginji, consentendo a Revy di sparargli e ucciderlo. Dopo la morte di Ginji e l'eliminazione del suo clan, Yukio si suicida facendo harakiri utilizzando la katana di Ginji.