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La organización Hellsing es llamada a un pequeño poblado llamado Cheddar, lugar donde los muertos están volviendo a la vida. Un pequeño grupo de policías es arrasado por ellos y solo sobrevive una joven oficial llamada Seras Victoria, la cual se encuentra en graves aprietos al llegar a la iglesia local. Alucard un poderoso vampiro, se desliza en las sombras para acabar con la plaga.

Una pareja de jóvenes vampiros esta armando alboroto y asesinando a gente inocente con el fin de volverse mas poderosos. Seras Victoria, ahora miembro de Hellsing, a tenido varios fracasos tratando de aniquilar al blanco y entiende que esta es su única oportunidad para redimirse.

Un joven muere en los brazos de su amante, que también se convierte en vampiro. Él vuelve a la vida buscando a su compañero, pero es rápidamente exterminado por la Organización Hellsing. La Organización Iscariote envía a uno de sus sacerdotes, El Paladín Alexander Anderson, para hacer frente al vampiro, pero después de llegar demasiado tarde comienza a luchar contra Alucard, lo que genera una rivalidad entre los dos

La Internet se inunda con vídeos de ejecuciones en vivo. Los medios de comunicación empiezan a transmitirlos, porque es lo que la gente quiere ver. La Organización Hellsing decide investigar el sitio de los asesinatos. Alucard es finalmente enviado a hacer frente al Ghoul responsable de los asesinatos.

Dos vampiros conocidos como los Hermanos de Valentine han decidido luchar en contra de Hellsing y comienzan un ataque por sorpresa a Hellsing HQ. Al mismo tiempo, Sir Integra se reúne con los Caballeros de la Mesa Redonda, mientras ellos discuten como enfrentar al hombre que crear los vampiros baratos, todo es arrasado por los hermanos.

El asalto a la sede de la Organización Hellsing continúa, con Jan liderando el Ejército Ghoul hacia la Mesa Redonda, habitación donde se encuentra Sir Integra. Walter y Seras tratan de ponerle fin al plan de Jan. Mientras tanto, Lucas se dirige hacia la habitación donde Alucard espera pacientemente para él.

Alucard tiene otro encuentro con el Paladín Alexander Anderson, que termina en forma similar. De regreso a la base de Hellsing, la Organización se esta recuperando del reciente asalto en su sede. Integra busca venganza, mientras que Seras es desplegada con su unidad en un intento de encontrar quién fue el responsable del ataque.

Una fábrica china es destruida junto con las pruebas en el interior, por lo que Integra despliega varias unidades para encontrar cualquier información acerca de los chips de computadora que están haciendo Vampiros falsos. Seras se encuentra en su viejo apartamento donde los recuerdos de una familia regresan a ella. Helena una vieja y sabia vampiro con apariencia de niño, decide ayudar a Seras con su búsqueda.

La Organización Hellsing esta el medio de una incursión a un castillo cuando, de repente, se les dice se retiren y dejen que un grupo de miembros de SAS maneje la situación. Seras siente que algo hay más en el castillo, pero no tiene tiempo para encontrarlo. De vuelta en el cuartel general de Hellsing, la hermana de Integra, Laura, llega de forma inesperada. Las cosas se ponen aún más confusas cuando un nuevo enemigo poderoso emerge. . .

En un intento desesperado para evitar que ella se convierta en un Ghoul, Integra se corta la garganta. Varios médicos intentan una operación muy delicada para salvar su vida. Seras tristemente observa la operación desde el lado, mientras Alucard muestra sus primeras emociones y sentimientos verdaderos hacia Integra. Ocurren varios flashbacks que muestran cómo Integra se reunió y revivió a Alucard, y los acontecimientos que condujeron a que ella se convirtiera en la líder de la Organización Hellsing.

Los Caballeros Reales de la Mesa Redonda deben decidir donde será la celebración de una conferencia debido a los recientes intentos de matar a la reina. Integra está decepcionada porque no puede asistir debido que todavía se está recuperando de su operación. Poco después, Integra recibe la noticia de que la reina va a venir a la sede de la Hellsing a celebrar una ceremonia secreta. Seras está fuera tratando de averiguar por que está viendo visiones extrañas. Ella visita a Helena, pero Incognito se muestra para evitar que Seras obtenga alguna respuesta.

Después de que la Reina cancelara la ceremonia en la sede de Hellsing, Integra oye que sus soldados están teniendo problemas para combatir en la Torre de Londres, incluyendo Seras. Poco después, los militares británicos nombran a la Organización Hellsing como un grupo terrorista y empiezan los intentos de poner fin a sus operaciones. Alucard encabeza el asalto a la Torre de Londres para ayudar a las unidades de Hellsing y enfrentarse con Incognito, cara a cara.

Alucard e Incognito, se enfrentan en una batalla épica. Integra y Walter se dirigen a la Torre de Londres para ver qué es exactamente lo que está pasando, pero reciben un ataque sorpresa de los militares británicos. Integra se sorprende cuando se da cuenta de lo que todo lo sucedido fue planeado por Incognito. Alucard es la única esperanza que le queda a este mundo.