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Cinco pilotos y sus Gundams son enviados a la Tierra para comenzar la Operación Meteoro. Cuatro de ellos aterrizan sin problemas, pero uno, Heero Yuy, es interceptado.

Relena se niega a creer que Heero sea tan malo como aparenta. Duo Maxwell y su Gundam aparecen entonces en escena.

Zechs Merchise y las fuerzas de Oz han confirmado el aterrizaje de cinco Gundams y han dado comienzo a ataques terroristas en instalaciones miltares.

Zechs llega a la base de Oz en Victoria para inspeccionar las tropas. La base pronto estará bajo ataque de uno de los Gundams.

Relena y su padre viajan a las colonias para invnetar evitar una guerra, pero cuando su padre es asesinado, ella descubre su verdadera identidad.

Mientras enfrenta su nuevo e incierto destino, Relena asiste a una fiesta escolar al volver a la Tierra y descubre que Heero se transferirá. Ahora que sabe su secreto, Relena deduce que la transferencia tiene que ver con una misión. Los asesinos de OZ van tras Relena y Heero decide protegerla.

Los líderes del Ejército Aliado se reúnen para discutir una reducción de armamento en New Edwards, donde Treize Khushrenada, el líder de OZ, tiende una trampa para atraer a los pilotos de Gundam. Los Gundams arrollan al Ejército Aliado, y la trampa de Treize desata una nueva era de matanza.

Treize toma las riendas del futuro. Tras acabar con Septem, Lady Une fija a los Gundams como su nuevo objetivo. Heero, Duo y Quatre intentan evitar que estalle la base de New Edwards. A su vez, Wu Fei y Trowa van tras Treize, hasta que Wu Fei lo acorrala con su espada.

Con el colapso de la Alianza, el mundo se sume en el caos. Heero y Duo siguen enfrentando a OZ, los responsables de todo. Zechs parte con su Tallgeese al reino de Sanc para reclamar la patria de los Peacecraft. Sin embargo, este resulta ser un Mobile Suit muy peligroso.

Si solo se arriesgan vidas cuando se cometen errores, ¿qué significado tiene la muerte de Otto? Lady Une anuncia que enviará unidades espaciales Taurus a la base de Siberia, pero no es más que otro plan para acabar con los Gundams. En su batalla contra Zechs, Heero toma una decisión final.

Los Gundams perdieron. Con las colonias como rehenes, no tienen opción. Enfrentan la humillación de no poder pelear. Y nadie puede confirmar si Heero está vivo o muerto. Mientras tanto, Relena parte sola hacia Moscú tras oír que Lady Une está allí. Relena alza su pistola contra la asesina de su padre.

Wu Fei encuentra a Sally en un combate lleno de contrasentidos. Según él, los débiles no deberían pelear. En esas palabras, Sally ve reflejado a un guerrero acorralado. Perdido en sus emociones, Wu Fei retoma su Gundam Shenlong.

Muchos oficiales de OZ son jóvenes e implacables. Su gran poderío militar se sale de control y genera masacres innecesarias. OZ comienza a expandirse al espacio. Para salvar a las colonias, Trowa inicia su batalla final. Pero Catherine detiene al joven que se precipita a su muerte.

Heero intenta enmendar el error que cometió al matar a Noventa, el pacifista de la antigua Alianza. En una zona de guerra gestada por OZ Heero encuentra a Sylvia, la nieta de Noventa. A su vez, Zechs recibe órdenes de la Fundación Romefeller.

Heero deja su vida en manos de la esposa de Noventa, y Zechs anhela una batalla decisiva entre guerreros. Noin invita a Heero a la Antártida, donde lo espera Zechs, pero el inspector Acht los persigue con su escuadrón. El renacer del Gundam está por encender una nueva llama.

Zechs espera en el Polo sur con el Gundam Wing terminado. Heero lo reta a un duelo con el Heavyarms de Trowa. Mientras pelean en medio del viento gélido, Zechs intenta encontrar algo más allá del combate. Y Noin también. Entonces, llega Relena.

La guerra se expande al espacio. OZ por fin se dispone a acabar con la Alianza y a reconciliarse con las colonias. Quatre y Duo van al espacio para advertirles sobre la farsa de OZ. Pero las colonias, que habían sido sus hogares, se declaran enemigas de los Gundams.

La batalla entre el Tallgeese y el Gundam cierra un capítulo de la guerra. Por otro lado, casi moribundo, Quatre intenta convocar a sus compañeros. Luego, Zechs se niega a pelear como caballero de Romefeller, por lo que Treize le ordena que muera como un héroe.

No hay gloria alguna para los pilotos de Gundam que vuelven a las colonias. El Gundam Deathscythe enfrenta a los Tauros en el espacio, pero Duo es derrotado y tomado prisionero por OZ. Para mantener sus secretos, Heero busca a Duo para matarlo.

Los cinco científicos de los Gundam comienzan a desarrollar las nuevas unidades de OZ: el Mercurius y el Vayeate. Con la intención de asesinarlos para impedirlo, Heero se infiltra en la base lunar. Pero quien aparece para detenerlo es el mismísimo Trowa.

Un mobile suit blanco se acerca a la colonia y Une ordena que sea derribado. Mientras tanto, Quatre regresa a casa.

Las colonias comienzan a armarse para la guerra. Une se opone a las órdenes de la Fundación Romfeller.

En un intento por detener la producción en masa de las nuevas máquinas de Oz, Duo se dirige a la luna a destruir la Base Lunar.

Un mobile suit que parece un Gundam está atacando las colonias. Trowa y Heero parten a detenerlo.

Quatre y Heero se enfrentan. Durante la batalla, Trowa es expulsado de su suit y vaga por el espacio.

Tras el confinamiento de Treize, la autodenominada "Facción de Treize" nace en OZ para oponerse a Romefeller. Los Mobile Dolls Virgo enviados a la Tierra poseen un tremendo poder de asalto. Romefeller ve a los Gundams y a sus aliados como un símbolo de oposición, y ordena la ejecución de Heero y Quatre.

El auge y caída de los victoriosos se repite. La guerra no deja de sacudir a las personas. Los pilotos de Gundam vagan sin rumbo entre las ardientes llamas de la guerra. ¿Qué han perdido? ¿Qué han ganado? ¿Qué palabras tendrá para ellos Relena después de haberlos visto?

Mientra haya humanos en el mundo, siempre habrá conflictos. Y condenar la guerra nunca llevará a la paz. Treize Khushrenada abandonó el centro del escenario de la historia para poner en marcha nuevos planes.

El espacio se precipita hacia una era de conflicto. Heero y Quatre llegan a la Tierra y son blanco del plan de Romefeller de ejecutar a los pilotos de Gundam. Sin tiempo para descansar y mientras reúne información para su próximo combate, Heero oye del reino de Sanc, la tierra natal de Relena.

El poder militar de Romefeller crece conforme atacan áreas de disputa. Heero se abalanza al combate imprudentemente como mercenario de la Facción de Treize. Quatre se cuestiona el heroísmo de hallar respuestas en el combate, y descubre que existe una nación que promueve el pacifismo absoluto.

Heero y Quatre deciden quedarse con Relena en Sanc, pero ante el incremento de países pacifistas, la Fundación Romefeller, furiosa, los ataca. Heero, Quatre y Noin libran una batalla para proteger a Relena.

OZ persigue a Duo, que contraataca desde las sombras. El Wing Zero desafía al Deathscythe incompleto de Duo y, durante el combate, Duo empieza a tener ciertas dudas sobre las capacidades del Wing Zero.

Zechs Marquise retoma su máscara y destruye los Mobile Dolls de Romefeller. Dermail llama resentido a Relena para preguntarle si Zechs es en realidad Milliardo Peacecraft o no. Al ver que Romefeller acabará con la Facción de Treize, Heero parte él solo a un combate con ínfimas probabilidades de supervivencia.

Zechs logra apoderarse del Gundam Wing Zero. A la vez, Heero entra a un castillo en Luxemburgo y recibe un nuevo Gundam de parte de Treize. Pero es un Mobile Suit peligroso, como el Zero.

Con ánimos de unir fuerzas con los pilotos de Gundam, Zechs busca a Wu Fei, que volvió a su colonia. Sin embargo, tras ser elegido para pilotear al Gundam Altron terminado, Wu Fei ve a Zechs como su enemigo y lo ataca.

Duo encuentra a Trowa en el espacio. En la Tierra, Romefeller se dispone a invadir el reino de Sanc. Tras reunirse con el Maganac, Quatre parte al frente con su Sandrock. En nombre de la paz, Relena se rinde ante Romefeller para detener lo que ella considera una batalla sin sentido.

El ideal de la paz mundial cayó sin dificultad por la fuerza bruta. Y ahora, Romefeller le ofrece a una afligida Relena otra cruel opción. Mientras tanto, Heero y Zechs pelean sobre las ruinas del reino de Sanc.

Colonos armados que se hacen llamar Colmillo Blanco se apoderan de las bases estratégicas de OZ una tras otra. Quatre y Noin viajan al espacio en busca de los demás pilotos de Gundam. Romefeller, con el mundo en sus garras, presenta a Relena como su representante por su espíritu unificador.

En su lucha contra Romefeller para ganar la independencia, Quinze, líder del movimiento colono, le pide a Zechs que lleve su Gundam al espacio, pues es un símbolo de rebelión. Mientras tanto, el transbordador de Quatre es atacado en el espacio. Y aunque aún padece amnesia, Trowa parte a luchar con un Taurus.

Heero planea asesinar a la cabeza de Romefeller. Relena, que no deja de ganar adeptos, está por dar su primer paso hacia la paz verdadera. Sin embargo, el nuevo líder de Colmillo Blanco, Milliardo Peacecraft, no comprende a la Tierra y ordena su destrucción.

Treize despoja a la reina Relena de su cargo como representante de Romefeller. En el espacio se desata una batalla por la fortaleza espacial Barge, y por la supremacía. Con su abrumador número de tropas, Colmillo Blanco aplasta los Mobile Doll de OZ.

Wu Fei seguía su lucha solitaria, pero el Wing Zero le muestra su camino. Los subordinados de Treize que huyeron de Barge regresan a la Tierra. Entre ellos está Lady Une, aún inconsciente. Ya terminado, el acorazado Libra parte a la Tierra por órdenes de Zechs.

Zechs trabaja con Colmillo Blanco para ponerle fin al historial bélico de la humanidad, pero con intenciones ocultas. Noin, Relena, Heero y el resto de los pilotos de Gundam ven con horror un último acto de fe que solo puede interpretarse como locura.

Colmillo Blanco desarrolla un programa de batalla basado en el sistema del Epyon. Los Mobile Dolls cargados con dicho programa superan las capacidades de los pilotos de Gundam. Heero le dice a Quatre que se redima con la gente de las colonias dominando el sistema ZERO.

Hilde se infiltra en el Libra y roba información importante, pero Mobile Dolls del Mercurius y Vayeate intentan evitar su huida. Además, las unidades tienen instaladas los datos de Heero y Trowa. Colmillo Blanco se prepara para atacar la Tierra combatiendo a los Gundams.

Heero se infiltra en el Libra y va a ver a Zechs junto a Relena. Treize lidera una fuerza de miles de Mobile Suits acorazados. Este desea decidir el combate con un duelo, pero Zechs, como Milliardo de Colmillo Blanco, rechaza el desafío propuesto por Treize.

Cinco jóvenes parten al combate. ¿Les esperará un campo de batalla tan bello como triste, o una simple masacre sangrienta? El Libra sigue su rumbo hacia la Tierra y el Peacemillion intenta detenerlo. La colisión entre ambos solo dará lugar a más tragedia.

Wu Fei tiene un duelo, Quatre encara su tristeza, Trowa desafía su destino, Duo ayuda en una expiación y Heero parte a su batalla final con Zechs. Los pensamientos de los guerreros en el caótico espacio vacilan entre afirmación y negación.

Las personas inician las guerras y alcanzan la paz combatiendo. Pero ¿cuántas vidas se pierden en el proceso? ¿Por qué estrellar el Peacemillion y el Libra contra la Tierra? En la fase final de la batalla, dos Gundams marcan el presagio de una nueva era.