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Le capitaine Zechs intercepte un étrange objet en route vers la Terre… qui contient une nouvelle arme envoyée dans le cadre de l’Opération Météore. Son pilote, Heero Yuy, se révèle redoutable, et la nouvelle arme est en réalité un Gundam…

Heero intègre l’école de Relena. Son statut d’écolier lui sert de couverture sur Terre, mais il est pressé par le temps : son Mobile Suit doit être détruit avant qu’OZ s’en empare.

Relena amène Heero dans un hôpital militaire de l’Alliance. Intrigués par le jeune homme, les responsables lui font quelques examens et constatent qu’il est hors du commun. Pendant ce temps, les autres Gundam se mettent en mouvement…

Les pilotes des Gundam réparent leurs machines. De son côté, Zechs se rend sur la base de Victoria pour y faire réparer le Tallgeese, son nouveau MS. Il y croisera une vieille connaissance de l’école militaire, Noin, qui forme des pilotes spatiaux d’élite…

Relena accompagne son père sur les colonies. Le ministre des Affaires étrangères y a rendez-vous avec les dirigeants politiques colons pour éclaircir la situation des Gundam envoyés sur Terre, mais OZ entend mettre un terme à cette entrevue… et à la vie du ministre Darlian.

L’école de Relena et Heero organise une soirée, à laquelle ils sont censés participer. La jeune femme a cependant vu quelque chose qu’elle n’aurait pas dû voir sur les colonies, et OZ est bien décidée à l’empêcher d’en parler. Heero profitera-t-il de cette occasion inespérée de la voir morte ?

Les hauts gradés de l’Alliance se réunissent à New Edwards pour discuter d’un traité de paix avec les colonies. Treize Khushrenada tire cependant les ficelles dans l’ombre, et l’arrivée des Gundam vient compromettre le projet…

Les Gundam sont tombés dans le piège du chef d’OZ, Treize Khushrenada. Pour tenter de s’en débarrasser une fois pour toutes, Lady Une amorce l’autodestruction des missiles situés dans la base de New Edwards.

La tentative d’assassinat de Treize par Wufei est un lamentable échec. De son côté, Zechs, aux commandes du Tallgeese, tente de reprendre le royaume de Sanc à l’Alliance.

Lady Une ne digère pas ses échecs successifs face aux Gundam. Elle imagine un plan qui lui permettra de les mettre hors d’état de nuire une bonne fois pour toutes, malgré des pertes civiles inéluctables.

Relena s’invite à une soirée moscovite où Lady Une sera également présente. De son côté, Quatre rejoint sa base arrière au Moyen-Orient, mais le village qui la cache fait l’objet de la surveillance d’OZ…

Dans une région reculée de l’ancien territoire chinois, Wufei sauve des guérilleros attaqués par OZ et tombe nez à nez avec Sally.

Zechs est réquisitionné par deux loubards d’OZ afin d’attaquer l’un des derniers bastions de l’Alliance. Dans le même temps, Trowa réserve une petite surprise aux soldats qui viennent assister à son spectacle de cirque.

La Fondation Romefeller, qui soutient financièrement OZ, se méfie de Zechs. Elle lui intime de détruire le Wing Gundam et envoie un inspecteur pour s’assurer du déroulement de l’opération.

L’inspecteur de la Fondation Romefeller compte bien pincer Zechs. Il suit le lieutenant Noin, envoyée par ce dernier pour récupérer Heero, le pilote du Wing Gundam.

Zechs et Heero vont enfin mettre un terme au duel qui avait commencé en Sibérie. Les deux combattants ont un handicap : le bras gauche du Tallgeese est hors service, Heero combat dans le MS de Trowa.

Les colonies négocient une trêve avec OZ. Les pilotes de Gundam ne l’entendent pas de cette oreille et veulent montrer au monde qu’il faut encore compter sur eux.

Devant le refus de Zechs de servir les intérêts de la Fondation Romefeller, Treize lui demande de mourir pour OZ. Pendant ce temps, Lady Une souhaite que les ingénieurs des Gundam lui construisent un nouveau MS.

Duo est détenu sur la forteresse spatiale Barge, une base d’OZ. Heero s’y introduit, mais est-ce vraiment pour libérer son ami ?

Pour éviter que les anciens concepteurs des Gundam ne construisent de nouveaux MS pour OZ, Heero ne voit qu’une solution : les assassiner.

Quatre, blessé, rentre sur sa colonie natale. Il y retrouve son père, qui désapprouve ses actions belliqueuses. Celui-ci est cependant confronté à des problèmes plus urgents, notamment la prise de contrôle de sa colonie par OZ.

Milliardo Peacecraft vient dans l’espace pour rendre compte des intentions des colons au royaume de Sanc. Pendant ce temps, la Fondation Romefeller trame un sombre projet pour éradiquer les conflits sur Terre…

Duo se fait passer pour un soldat d’OZ afin de s’introduire dans la base lunaire. Il est cependant démasqué par Hilde, une volontaire des colonies qui s’est engagée dans l’armée.

Un nouveau Gundam détruit colonie après colonie. OZ envoie Trowa et Heero en reconnaissance. Ils feront face à un ancien ami.

Heero, qui pilote le Mercurius, affronte Quatre, à bord du Gundam Zéro. La machine du jeune Winner est cependant bien supérieure, et le combat tourne vite à son avantage. Pendant ce temps, la Fondation Romefeller accélère son projet Mobile Doll.

La Fondation Romefeller exécute l’opération Nova. Des Mobile Dolls attaquent les soldats d’OZ qui restent fidèles à leur commandant en chef, la faction de Treize.

Relena et Heero reviennent sur les événements passés dans la série. Tous deux sont déterminés à accomplir ce qui leur semble juste.

C’est au tour de Treize Khushrenada de faire son introspection et de raconter sa vision des événements et des conflits passés… comme futurs.

Relena prône le pacifisme total. Pour étudier ses idéaux, la Fondation Romefeller envoie une étudiante, Dorothy Catalonia. Le royaume de Sanc n’est cependant pas aussi blanc que l’espérerait Relena, et Lucrezia Noin n’hésite pas à utiliser la force pour assurer sa protection.

Heero s’engage aux côtés de la Faction de Treize pour montrer à la Fondation Romefeller qu’il est toujours vivant. Quatre désapprouve ce choix, qui les mène dans un village perdu, théâtre d’affrontements entre les deux camps. Pendant ce temps, Dorothy et Relena débattent de la nature de la guerre et de son rapport à l’homme.

Heero et Quatre arrivent au royaume de Sanc et y intègrent l’école dirigée par Relena. Cette dernière est cependant confrontée à d’autres problèmes, notamment un groupe de la Faction de Treize qui passe la frontière en cherchant à fuir OZ.

L’escarmouche entre OZ et la Faction de Treize conduit Relena à accepter la formation d’une force d’autodéfense. Dans l’espace, le capitaine Trant est persuadé que le Wing Zéro est la clé du succès militaire d’OZ. Pour obtenir plus de données, il retrouve Duo et le force à participer à des tests…

La Fondation Romefeller invite Relena à Brême, pour assister à une réunion sur le pacifisme. Là-bas, le marquis de Dermail tente de la faire plier en l’informant que Zechs Merquise croise régulièrement le fer avec OZ, mais la jeune dirigeante tient bon. Heero, de son côté, s’envole pour défendre le Luxembourg, pris d’assaut par OZ.

OZ tente de détruire le Wing Zéro, mais Zechs surgit à cet instant précis et une bataille s’ensuit. De son côté, Heero s’infiltre au Luxembourg pour assassiner Treize, mais sa détermination vacille au dernier moment. L’ancien commandant en chef d’OZ lui fait alors cadeau d’un nouveau MS, l’Epyon.

Wufei s’entraîne sur une colonie aux côtés de Maître Long. Ayant repéré la présence d’un Gundam, OZ attaque cependant la colonie, forçant le pilote de Gundam à se défendre. Quatre, lui, part récupérer le Sandrock pour défendre le royaume de Sanc.

Duo retrouve Trowa dans le cirque qu’il fréquentait autrefois. Sur Terre, les choses se compliquent pour le royaume de Sanc, sur le point d’être pris d’assaut par la Fondation Romefeller. Quatre reviendra-t-il à temps ? Les forces de défense de Sanc suffiront-elles à préserver le pays ?

Relena s’est rendue à la Fondation, qui la place devant un choix cornélien. Dans les ruines du royaume de Sanc s’affrontent Zechs Merquise et Heero Yuy, aux commandes des deux MS les plus dangereux de leur époque.

Relena devient officiellement la représentante de la Fondation Romefeller, qu’elle tentera d’emmener sur le chemin du pacifisme. Pendant ce temps, Noin recherche les pilotes de Gundam et Duo rencontre Quatre sur la colonie de la famille Winner.

Depuis que Relena est montée sur le trône, l’autorité du marquis de Dermail est contestée au sein de la Fondation. Trowa rejoint Noin et Quatre de sa propre volonté, mais les trois compagnons sont attaqués par OZ, qui prend leur navette pour un vaisseau des White Fang.

Relena change petit à petit la Fondation et lui fait prendre le chemin du pacifisme. Heero, pour qui il s’agit d’une utopie, est déterminé à l’assassiner. Suivra-t-il ses convictions jusqu’au bout ?

Milliardo Peacecraft a pris la tête des White Fang et jure qu’il détruira la Terre, responsable de tous les maux des colonies. Afin d’affermir leur position dans l’espace, les révolutionnaires prennent d’assaut la forteresse spatiale de Barge.

Relena a été renversée par Treize Khushrenada. Elle décide donc de rejoindre l’espace pour convaincre son frère d’arrêter la guerre. Alors que les White Fang achèvent la construction du Libra, les pilotes de Gundam font cause commune contre Treize et Zechs.

OZ investit une colonie et prend les civils en otage dans l’espoir que les White Fang céderont le Libra en échange de la vie des prisonniers. Milliardo ne l’entend pas de cette oreille et ordonne un changement de cap : direction la colonie C-421. Cependant, seuls Heero et Wufei ne semblent pas se fourvoyer sur ses véritables intentions…

Les White Fang changent de stratégie contre les pilotes de Gundam, qui ont du mal à tenir cette guerre d’usure. Heero tente le tout pour le tout et demande à Howard d’installer le Système Zéro dans le Sandrock de Quatre, pour qu’il guide les autres au combat.

Hilde s’infiltre dans le Libra afin de voler ses données et de les transmettre au Peacemillion. En parallèle, les White Fang envoient un énième escadron de Mobile Doll contre le QG des pilotes de Gundam.

Heero se rend sur le Libra afin de secourir Relena et de discuter une dernière fois avec Zechs. Treize propose au chef des White Fang de régler le conflit par un duel, prévu dans le code de chevalerie d’OZ, mais celui-ci refuse en raison des espoirs que les colons portent en lui.

Dans l’espace, les deux camps croisent le fer. L’armée humaine de la Terre affronte les pantins sans âme des White Fang. Au milieu des deux factions se trouvent le Peacemillion et les pilotes de Gundam, qui tentent tant bien que mal de faire cesser ce conflit stérile.

Wufei affronte Treize Khushrenada, en guise de revanche. En même temps, alors que Duo emmène les créateurs des Gundam sur le Peacemillion pour qu’ils paient leur dette à l’humanité, Quatre affronte Dorothy qui désapprouve sa vision de gentillesse et de la guerre.

Le Peacemillion et le Libra font route vers la Terre. Pour que l’humanité comprenne la nécessité de la paix, Zechs compte lui faire ressentir une tristesse sans pareille. Heero affronte ce dernier dans un duel au sommet, alors que plus personne ne peut les interrompre.