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Conan vive solo en una isla junto a su abuelo hasta que cierto día, una pequeña aparece sorpresivamente en la playa.

Tras ser secuestrada por soldados de Industria, Conan construye un bote y se embarca en la búsqueda de su amiga.

Conan deja su isla natal para ir a Industria a rescatar a Lana; sin embargo, no se da cuenta de las enormes distancias entre las distintas tierras y justo cuando está al final de sus fuerzas, aterriza en una isla donde finalmente puede beber agua fresca y en donde también hará un nuevo amigo.

Conan y Jimsy suben a bordo del Barracuda en secreto, pero Jimsy se emborracha y alerta al capitán de su presencia. Después de que los chicos son atrapados, el Capitán Dyce deja que se queden en el barco, pero no sin antes recibir un castigo.

Lana es interrogada, pero no revela nada de su abuelo: sabe que si el secreto de la tecnología de la energía solar cae en manos de Industria, se utilizaría para destruir lo que queda de la humanidad.

Conan logra liberar a Lana, pero después de un breve escape, los dos niños son capturados nuevamente. Lepka amenaza con lastimar a Conan si Lana no le dice dónde está su abuelo, pero se niega. Al presenciar la crueldad de Lepka, Dyce toma una importante decisión.

Dyce escapa en la niebla. Lepka obtiene permiso para usar más energía y así perseguir a Dyce. Jimsy le informa a Lana que es amigo de Conan.

Conan logra nadar hasta el Barracuda y sube a bordo. Mientras tanto, Lana se libera y junto Conan logra escapar en un bote salvavidas.

Después de cruzar el desierto, Lana y Conan son descubiertos por un hombre llamado Patch, quien trabaja en una plataforma industrial donde un barco de pasajeros está a punto de ser levantado desde el lecho marino.

Un fuerte terremoto golpea la isla y la plataforma se remece; Patch queda atrapado debajo del barco y Conan acude en su ayuda.

Al regresar a la isla, Conan, Lana y el Dr. Rao recuperan la máquina voladora que Rao usó para escapar de Industria, pero necesitan regresar allí para arreglarla por completo.

Lana y Rao descienden al Bloque Central para recuperar las piezas de repuesto necesarias para reparar la máquina voladora.

Rao desciende al núcleo de Industria donde tiene la certeza de que los terremotos que se suceden son una señal de que algo terrible está por ocurrir.

Conan y Jimsy recorren la isla. Conan, que persigue un pez a través de una cueva submarina, encuentra un submarino volador, previamente oculto por el Dr. Rao.

Jimsy y Conan deciden visitar a Uro para convencerlo de que ellos son los únicos culpables tras la desaparición del cerdo y que no es justo que todo el pueblo pague las consecuencias.

Lana tiene una premonición sobre un ataque de Industria en Isla Paraíso, un mensaje que está segura de que fue enviado por su abuelo.

El ejército de Industria ataca y bombardea el pueblo. Mientras tanto, Uro mediante engaños, toma el control y se lo entrega al ejército de Industria.

Industria ocupa Isla Paraíso, Orlo es nombrado gobernador temporal. El pueblo es subyugado y Lana es capturada.

Habiendo perdido su barco, Monsry quiere recuperar el "Barracuda" para regresar a Industria. Distante de su ciudad, se detiene a meditar sobre sus acciones. Lana tiene la sensación de que algo terrible viene del mar.

Conan desea regresar a Industria para encontrar al Dr. Rao y ver qué pasó en la ciudad después del tsunami.

Al llegar a Industria, Jimsy, Lana y Dyce se dirigen al distrito subterráneo de la ciudad en busca del Dr. Rao.

Conan desciende a la zona residencial para rescatar a Lana. Después de escuchar las intenciones de Lepka de inundar las cavernas, intentará desactivar las bombas utilizadas para crear la inundación.

Conan continúa subiendo por la torre para enfrentarse a Lepka, quien intenta huir a través de una máquina voladora, con Lana como su rehén.

A medida que los continuos terremotos comienzan a anunciar la destrucción inminente de Industria, Lepka, que ha sobrevivido al accidente, canaliza en secreto algo de energía solar bajo tierra para cargar al Gigante, un antiguo avión de guerra oculto en las entrañas de la ciudad.

Evadiendo los intentos de Lepka de eliminarlos, Conan, Jimsy y Dyce comienzan a infligir daño crítico al Gigante.

De camino a Isla Paraíso, un barco rescata a Conan, Dyce y Jimsy del mar. Algún tiempo después, los viejos y nuevos habitantes de la isla, realizan una doble celebración.