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大変動から20年後、孤島“のこされ島”には、おじいと呼ばれる老人と大変動の後に生まれた少年コナンが住んでいた。コナンはこの島で生まれた自然児で、大鮫のハナジロをたった一人でしとめるほどのたくましい少年に育っていた。ハナジロをしとめたその帰り、コナンは砂浜に打ち上げられている少女・ラナを発見する。自分たち以外に人間が生きていたことを知り感激するおじい。 　翌朝、目覚めたラナはコナンの案内で島を巡るうち、コナンの心遣いに触れしだいに心を開いていく。 　だが、ラナを捜しにきたインダストリアの飛行艇の出現で事態は一変する。おじいは彼らが銃を持っているのを見て、ミサイルチューブを持ち出し彼らを追い返そうとするが、クズウからの銃撃がミサイルに当り暴発。ミサイルはラナのいた岩陰を襲い、ラナは発見され、捕えられてしまう。「あの子を守ってやれ」と言うおじいの言葉に、コナンは飛び出そうとしていたファルコの翼にとりついていく・・・。

ラナを取り戻すためファルコに飛びついたコナンは、なんとかしようと翼の上で暴れまくる。コナンをピストルで撃ち落とそうとするモンスリー。しかし、ラナの必死の抵抗ﾅその機会を失い、パイロットのドゥーケのピストルもモリではね飛ばされてしまう。だが、風圧に押されたコナンは翼から海に滑り落ちてしまうのだった。 　失意の中、島に戻ったコナンはおじいの元へと駆けつけた。おじいは爆発のショックで重症を負っていた。心配するコナンに、おじいは自分たちが地球を脱出しようとし、結局この島にたどり着きコナンが生まれるまでのさまざまな記憶を伝え、「仲間を捜せ」と言い残し息を引き取る。 　おじいの死にショックをうけ、泣きながら岩を叩きつけるコナン。一方、連れ去られたラナもコナンの身を案じていた。 　悲しみから立ち上がったコナンは、おじいの言葉通り仲間を捜し、インダストリアからラナを救い出すため、筏を作り朝日の中一人旅立っていくのだった。

龍巻の荒れ狂う海を乗り越え、ようやくコナンがたどり着いたのは小さな島であった。島の中の人気のない廃墟でコナンは一人の少年と出会う。お互い自然児である二人は自慢大会を繰り広げ、さんざん競争したのち友だちとなるのだった。少年の名前はジムシーといった。 　この島はプラスチップ島と呼ばれ、島の岩壁付近は昔のゴミ捨て場の跡だった。バラクーダ号と呼ばれる船が、その崖から出て来るプラスチップを回収するために交易をかねてやってきているのである。ジムシーもイモやカエルと交換にタバタバを仕入れていた。その現場でロボノイドに興味を持ったコナンはひと騒動を起こしてしまうが、ジムシーの協力によってなんとか逃げおおせるのだった。だが、船がインダストリアから来ていることをジムシーから聞いたコナンは、バラクーダ号に密航することを決意する。ジムシーも船への興味が手伝って同行するのだった。

コナンとジムシーは夜に乗じて艦内に忍び込むことに成功する。だが、調理室に忍び込んだジムシーが酒に酔っぱらって騒ぎを起こしたことによって発覚。酔ったジムシーをかついで逃げるコナンであったが、ダイス船長の操縦するロボノイドによって捕まってしまう。暴れ海を乗り切ってきたというコナンに興味を持ったダイスは、コナンたちに尻叩きの刑２０回に耐えられたら船員にしてやるといい、コナンは気絶したジムシーの分も含めて４０回の刑を受け、笑ったまま気絶していった。 　ジムシーは自分はインダストリアに行く気などないとふてくされるが、コナンが自分の分まで尻叩きを受けたことを聞き、コナンにつき合ってバラクーダ号の船員として働くことを仕方なく納得するのだった。プラスチップを満載したバラクーダ号はインダストリアに向けて出発した。 　コナンは仲間を一人見つけたと夜空のおじいに向けて語るのだった。

ようやくインダストリアに到着するバラクーダ号。寂れたコンビナート街の中に点在するインダストリアの風景を眺めたコナンとジムシーは、その殺風景な有様に愕然とする。コナンは港でファルコを見つけ、ラナがいることを確認した。こっそりと上陸しようとするコナンであったが、ラナをさらっていった女士官のモンスリーがやってきたのを見て思わず飛びかかり、ダイスに連れ戻されてしまう。 　一方、三角塔の中ではインダストリアの委員会が、ラナに太陽エネルギー復活のためにラナの祖父であるラオ博士を探して欲しいと協力を求めていた。だが、ラナはかたくなにうつむいたままだった。手ぬるい委員会のやり方に反発をおぼえる行政局のレプカは、蔭でラナをいれずみ銃で脅かすがそれも効果はなかった。一人部屋に監禁されるラナ。 　そのラナの元に、逃げ出したコナンが塔の外をつたって現れ、二人はガラス越しにようやく再会するのであった。

見回りを倒しラナを独房から救い出したコナンは、三角塔内部を逃げまわる。三角塔の地下にある迷路のような地下街を逃げる二人は、そこで巨大な毒蛾のような爆撃機〈ギガント〉を発見する。レプカはこの爆撃機を再生して、この世界を武力で手中に納めようとしているのだ。二人は結局、レプカに発見され捕まってしまう。ラオ博士の居所をラナに問いつめるレプカ。だが、ラナは答えることを毅然として拒否するのだった。横で暴れようとするコナンだが、磁力による拘束具によって身動きがとれない。二人は別々の部屋に幽閉されてしまう。 　そのころ、レプカのやり口に嫌気のさしたダイスは、ラナを人質にインダストリアからの逃亡を計ろうとしていた。ロボノイドに乗ったまま変装したダイスは三角塔内に潜入し、ラナをさらって脱出する。だがラナはコナンがまだ牢の中であることを知り、コナンの名を叫ぶのだった。

ラナを手中に納めたダイスはバラクーダ号で逃亡を開始した。即座に追跡するレプカだったが、霧に包まれた港では思うままに追跡もできず、霧の晴れるのを待つしかなかった。レプカはモンスリーにファルコで空中からバラクーダ号の捜索を命じ、ガンボートも一緒に向かわせるのだった。一方、牢屋から逃げ出したコナンは、ファルコの機体に忍び込む。 　バラクーダ号の中ではダイスがなんとかラナの気を引こうとするが、ラナはダイスをなじるばかり。その拍子に灯火管制していたバラクーダ号の窓から明りが漏れ、バラクーダ号はファルコに発見されてしまう。報告を受け近づくガンボート。 　一方、コナンもバラクーダ号に乗り移るためファルコから飛び降りて脱出する。だが、モンスリーはコナンの手足に取り付けられた拘束具のスイッチを入れ、コナンの目前をガンボートから逃げるバラクーダ号が過ぎ去っていく。絶体絶命のコナン！

ガンボートの追跡から必死になって逃げるバラクーダ号。だが、ダイスは最後の切り札とばかりにラナを船首のポールにくくりつけ船首をガンボートに向けて反転する。これを見たレプカが攻撃を締めるのを狙ってのことだった。だが、ラナはコナンが海上に漂っているのを発見し、自力でロープを切ってバラクーダ号の上陸艇を奪取、コナンを救助し逃げてしまう。 　一方、ラナが乗っているとは知らないレプカの命令によって艇にガンボートからの砲弾が命中。艇は藻屑と化し、コナンは残骸につなぎ止められたまま海底に沈んでしまう。ラナの必死の救助を受けて、危機を脱することに成功するコナン。二人はなんとか海岸にたどりつき助かるのだった。二人は海底で心が通じ合ったことを確認する。海岸の横には砂漠が広がっており、コナンとラナは朽ちた戦車が並ぶ廃墟で、探索にきたファルコの目を逃れて体を休める。 　翌朝、ラナをおぶったコナンは元気一杯に砂漠を駆けていくのだった。

広大な砂漠を歩き続けるコナンとラナ。ついに力尽きて気絶していた二人を救ったのは、サルベージ船の親玉であるパッチと呼ばれる隻眼の男だった。ここでは海底に沈む観光船を引き上げるべく、労働者たちを使って作業が進んでいた。パッチは二人を表に連れだし、コナンになにか能力があるのかどうかをテストする。海中に投げられたスパナを拾って来るように命ぜられたコナンは、スパナと共に沈んでいる船の中から荷物を持って来る。パッチは命令以外のことをやったコナンを殴りつけるが、テストには合格したようだった。 　パッチの部下であるテリットは執ようにコナンたちの正体を探ろうとする。パッチはなにも聞こうとはしなかったが、二人を厳しく使い、モンスリーたちのファルコがコナンの捜索に来てもパッチは二人を隠し続けるのだった。テリットはインダストリアに報告するために気が付かれないようにファルコに乗り込んでいた。一方、ラナはパッチの態度に何かを感じていた。

インダストリアでは、ジムシーたちが牢屋に入れられたままだった。ダイスは死んだふりをして脱出を計るのだが、レプカに見破られてしまう。一方、二人の存在を報告していたテリットをサルベージ船に送る帰り、モンスリーたちは大量の蛾が海を渡るのを目撃する。パッチも砂漠でダンゴ虫たちが活発な活動をしているのを発見していた。 　翌朝、パッチの号令で集合した皆は、周囲が異様に静かなことに気が付く。海鳥が一羽もおらず、海に波さえない状態なのだ。異変の原因を探るためパッチは海底に潜るが、そのときおこった地震によって、パッチは船の下敷になってしまう。海底からパッチの声がラナの心に響く。コナンは救助のため海底に潜り、身動きのとれないパッチを救い出した。「おじいさん」パッチに抱きつくラナ。呆然とする一同の前でパッチは自分がラオ博士であることを明かし、さらなる異変が迫っていることを警告して二人をつれ脱出していく。

サルベージ船に到着したファルコは、ラオ博士たちが脱出したのを知りただちに捜索に飛び出していく。一方、コナンたちはラオ博士が砂漠に隠したフライング・マシンによって砂漠を渡ろうとしていた。フライング・マシンは集積回路が故障しているため漂う程度にしか飛べず、インダストリアに部品を取りに行かねばならなかったのだ。砂漠を渡る途中、日干し刑にさらされていたダイスを救っているところをファルコに発見され、攻撃される。ファルコに飛び移ったコナンは暴れまくり、ファルコは自分で自分の翼を撃ち抜き墜落してしまう。ラオ博士は地割れの様子を見てモンスリーたちにインダストリアが海に沈むことを予言するのだった。 　インダストリアに着いたコナンとダイスは、ロボノイドで一暴れするとジムシーたちを助けだし、バラクーダへと向かう。その騒ぎを隠れ蓑に、ラオ博士とラナは三角塔の地下深くへと向かうが、その行動はすでにレプカに探知されていた・・・。

三角塔の地下深く侵入していくフライング・マシン。危険ではあったが、集積回路の寿命も尽きかけており、脱出するためにはどうしてもコアブロックに降りてパーツを探す必要があった。その動きを知ったレプカも委員会の命令を無視して戦闘員を率いてコアブロックへと向かう。一方、コナンとジムシーもルーケたち解放運動の面々を牢から解放し、彼らの手助けを受け博士たちを追ってコアブロックへ向かった。 　コアブロックに到着したラオ博士とラナは集積回路を見つけるが、すでに周ﾍを戦闘員に囲まれていた。博士はラナを逃がすためおとりになるが、その行為もむなしくラナも発見されてしまう。だが、戦闘員に追い込まれたラナをコナンとジムシーが救った。さらに、レプカの手に落ちたラオ博士を救い、ルーケたちの案内する秘密の通路から無事逃げ出すことﾉ成功するのだった。大海原へ出たフライング・マシンはバラクーダ号と共にハイハーバーへと向かっていく。

バラクーダ号の甲板に降り立ったフライング・マシン。お互いの無事を喜ぶ一同に、ラオ博士はインダストリアの人々を救うため、単身戻ることを告げる。その覚悟に引き留めることも出来ず、コナンたちはただ黙って見送るのだった。 　テキィたちの出迎えを受け、ハイハーバーに到着するバラクーダ号。だが、ラナをさらった悪党の船が戻ってきたと勘違いしたガル爺さんの爆弾によって、バラクーダ号は船腹に穴を開けられ海岸に頓挫してしまうのだった。 　ラナに引き連れられハイハーバーに上陸したコナン、ジムシーはその緑豊かな大地に驚嘆の声を上げる。二人にとっては見るものすべてが珍しかった。本村に入ったラナは村の女性陣の歓迎を受け、叔父のシャンとメイザルの夫婦に再会する。その夜、コナンたちは、村人たちに大歓迎を受け、ご馳走責めにあうなど、生まれて初めての体験に驚きながらも、ひさびさにぐっすりと眠りに就くのだった。

ハイハーバーでの平和な朝、コナンとジムシーは食事を済ませると、ラナに村を案内してもらうことになった。ラナの働いていた風車村では、機械織りの少女たちに歓迎を受け驚く二人。タルコスに村の中を案内されると、なんとそこでバラクーダ号の船員たちが働いているのを知る。自分たちも何か働こうというコナンの提案にジムシーも賛同し、コナンは海に、ジムシーは山に向かう。海に潜ったコナンはそこでガル爺さんのイケスを発見し、それがきっかけでガル爺さんのもとで働くことになる。 　一方、ジムシーは山の中で巨大な豚と格闘し何とかしとめることに成功する。だが、その豚は村の厄介者であるオーロたちの飼っていた豚で、村長のオイトンは豚がいないと駆け込んできたオーロに、もし村の者の仕業であったら麦５０袋を与える約束をしていたのだ。自分たちのせいで村の人に迷惑をかけたと知った二人は、夜半オーロたちに話をつけるため出かけていくのだった。

山向こうの荒地のオーロの村に向かった二人は、突然馬に乗った不気味な一団によって捕まってしまう。彼らはオーロの仲間たちだった。豚の件は村人には関係ないと言う二人に、オーロたちは同じくらいの豚を捕まえることができたら許してやるという。オーロたちの見る中、見事な連携プレーで豚を捕まえる二人。仲ﾔにならないかと誘うオーロに、コナンは断わるが、ジムシーは興味を示し残ろうとする。そんなジムシーをほおって置けずコナンもついて行くことになる。 　丘の上の向こうではチートたちが自分たちの牧場を作って暮らしていた。働くことがいやなオーロたちは、勝手に幹部と称して働くのを拒否していたのだ。それを知ってジムシーもオーロの仲間になるのを断わるのだった。帰り際、豚の問題をむしかえすオーロの挑発に乗りかけたコナンを、追ってきたラナが頬を叩いてとどめた。ラナは母の形見の首飾りをオーロに渡し、この一件に決着をつけるのだった。

ある朝、ラナはラオ博士の乗るフライング・マシンが炎に包まれる夢を見る。岬に立って思いに沈むラナ。そんなラナを発見して、コナンはチートたちとの交易に向かうガルの船にラナを乗せて行く。チートの村ではジムシーが養豚を習っていた。一方、オーロたちの住居では、ダイスが自分と組まないかと持ちかけていた。オーロたちを丸め込んで、バラクーダ号の引き上げを手伝わせようという魂胆なのだ。 　コナンはラナをジムシーと作った二人の小屋に案内する。そこでコナンはいつか自分はのこされ島に帰るつもりだと打ち明け、そのときラナに一緒に来て欲しいと語る。それにうなずき答えるラナ。その夜、ロボノイドの威力を知ったオーロたちはそれを使って、コナンたちの小屋を焼討ちすることにする。ジムシーは好意をよせるオーロの妹・テラの知らせによって、ラナは小屋に駆けつけるが、すでに小屋は燃え上がっていた。さらに、ガンボートが来襲して来ていた。

オーロの村の側に上陸したインダストリアの戦闘員は、迎え撃つオーロたちをあっさりと撃退してしまう。早朝、集まった村人たちは村を守るために戦う決意をし、峠の入口を固めるのだった。一方、捕えられたオーロはモンスリーに対して、島の支配権を条件に協力してもよいと話を持ちかける。そして、峠の村人たちの前に逃げ込んで来たオーロは、村に潜入していく。 　海を見張りにいったコナンは、ガンボートが浜に向かっているのを発見する。ガルは爆弾で沈めようとするが、返り打ちにあって負傷してしまう。浜に入ったガンボートは艦砲射撃を開始。スキを見てオーロが女だけの村を簡単に占領してしまう。村に白旗が上がるのを見て呆然とするオイトンたち。その前に、モンスリーが降伏の勧告に現れた。 　そのころ麦畑では砲撃によって気絶したラナに戦闘員が近付いていた。そこへコナンのモリが宙を切り、戦闘員の手を退けた。

駆けつけたコナンは、戦闘員をけちらしラナを抱えて逃げていく。そのコナンを追いかけるハンドミサイル。次々と追って来るミサイルをなんとかよけていたものの、最後の一弾の爆発に巻き込まれコナンは気絶してしまう。そのコナンをかばうためラナはおとりとなって捕まるのだった。 　夜になってコナンはガルに助け出されるが、村はすでに兵士たちに占領されていた。ガンボートを沈めるため、コナンはガル特製の爆弾をスクリューにしかけ、ラナにまもなくこの船は沈むが自分を信じて待っていて欲しいと伝える。コナンが爆弾のことを知らせると、戦闘員は甲板に爆弾を引き上げ、蓋を開けるとまもなく爆発した。ガンボートは誘爆を起こして沈み、コナンはラナの待つ船室へと向かい、手を取り合って船内から脱出。朝日の中、ガルの待つ島へと泳いで行くのだった。

ガンボート沈没の知らせはインダストリアの戦闘員に大きな衝撃を与えた。だが、モンスリーは動ずることもなく、部下に次の作戦を指示してゆく。部下の去った後、一人で庭にたたずむモンスリーはふと自分の過去に思いを巡らせるのだった。 　ガルは、インダストリア兵が次はバラクーダ号を利用しようとしているのを知り、バラクーダ号を爆破しようとする。だが、爆弾を仕掛けに行く途中、コナンは異変に気がつく。海の水が引いているのだ。ラナも異変に気が付き、コナンにテレパシーを送る。それを感じたコナンはマストのてっぺんに登り、津波が近づいていることを知る。引き上げるために浜辺に集められた村人たちに急いで避難するように叫ぶコナン。初めは疑っていたモンスリーだったが、コナンの真剣な眼差しに事の真実を悟るのだった。 　大津波の後、すでにインダストリア兵たちは人々に囲まれ無力と化していた。

大津波の翌朝、ハイハーバーの村人はインダストリアの戦闘員を村の一員として迎え入れることにした。この決定に兵士たちは驚きつつも同意するのだった。一人頑固に村人とﾌ会話を拒んでいたモンスリーも、村の女たちに戦闘服から普段着へと着替えさせられてしまう。一方、コナンは大津波がインダストリアの異変の影響であると感じ、ラオ博士や住民たちを案じて、インダストリアに戻ることを決意する。 　イケスに隠されたフライング・マシンを動かすためにモンスリーに協力を求めるコナン。モンスリーはあっけにとられつつ、協力することにする。最初は反対していた大人たちも、結局はコナンたちに希望をかけ送り出すことになった。だが、祖父の身を案ずるラナを同行させないつもりであったコナンも、一人見送るラナの姿を見て、結局同乗させてしまうのだった。 　ようやくたどり着いたインダストリアの付近の上空でファルコに遭遇、空中戦が始まってしまい、一同は危機に陥る。

ラナ、ダイス、ジムシーを下ろすことはできたものの、フライング・マシンは銃撃を受け、バラック街に墜落してしまう。コナンはモンスリーをかついで脱出するが、爆発に巻き込まれ気絶したところを捕えられてしまう。ラナたちはルーケに救われ、地下の住民たちと合流するのだった。 　いまや委員会を幽閉したレプカはインダストリアの独裁者と化していた。ラオ博士もレプカの手中に落ちていた。そのレプカの姿を見て、モンスリーは武器を捨て、インダストリアから脱出することを進言するが、レプカはモンスリーを裏切り者として処刑を命ずるのだった。連行されるモンスリーは最後にコナンの部屋に向かう。そこで監禁されていたコナンはあいかわらずの馬鹿力と、モンスリーの助けによって脱出に成功。ラオ博士の救出に向かおうとする。だが、局員の放った銃弾がモンスリーを捉えた。撃たれつつもコナンを逃がそうとするモンスリーを後に、コナンは塔の外へと。

脱出したコナンは追い込まれ、地下街へと降りて行く。途中でレプカが地下街を水没させようとしていることを知ったコナンは、地下街に向かい爆破を食い止めようとする。が、時すでに遅く、一斉爆破と共に地下街に海水がなだれ込んでいく。地下住民は海水に追われ上へと逃げるが、地上への出口は装甲シャッターによって塞がれていた。レプカは住民の命と引き換えにラナの身柄を要求するが、ラナが出てくるとレプカは平然と約束を破り、シャッターを再び締めてしまう。 　コナンたちは地上でラナが捕えられたことを知り、水中の亀裂の中を遡って脱出を試みる。コナンたちが出たところはいましもモンスリーが処刑されようとしているところだった。モンスリーを救った三人は三角塔へと向かう。三角塔ではレプカがラナを塔の外のアンテナの上に立たせ、協力を強制するのだった。さすがにラナも意識を失いかけるが、そこに駆けつけたコナンの叫びが響く！

地下の住民も解放され、三角塔が反乱を起こした地下住民の手に渡るのも時間の問題だった。レプカはラナを人質に、屋上からフライング・マシンで脱出を計るが、コナンの攻撃によってマシンは火を吹き、ラナを奪回したコナンは脱出。マシンはレプカを乗せたまま砂漠の向こうで爆発した。かくして、インダストリアは人々によって解放された。 　そしてインダストリアを脱出する準備のために太陽エネルギーが取り出され、三角塔にはエネルギーが満ちあふれた。その中で老委員会たちは過去の遺産に頼ろうとした自分たちを反省し、ラオ博士も太陽エネルギーひいては超磁力兵器を生み出してしまった科学者としての自分の責任を告白するのだった。ラオ博士はコナンたちに塔の未来の設備を見せにいく。驚くコナンたち。だが、ラオ博士は人間が生きて行くために必要なものはこのようなテクノロジーではなく、自然の恵みなのだということをコナンたちに説いていく。

次第に地震が多発するなど異変の近いことが観じられるインダストリアでは、脱出の準備が着々と進んでいた。だが、その地下では死んだはずのレプカが生きており、ギガントを復活させ、武力で世界を我が物にせん企んでいた。レプカは完全武装の行政局員と共にコントロールルームを占拠。ギガントにエネルギー注入を開始する。その行動を察知したラナとモンスリーは、ファルコでサンベージ船で作業するコナンたちの元へ。コナン、ジムシー、ダイスはサルベージに成功した喜びに湧き立つひまもなくファルコに同乗して飛び立っていく。しかし、ファルコがインダストリアに到着したとき、ギガントは発進しつつあった。飛び立ったギガントは三角塔に一撃を加えると高度を上げて行く。コナンたちはファルコで追い攻撃を加えるがこたえるはずもなく、コナン、ジムシー、ダイスの三人が内部からダメージを与えてギガントの攻撃を阻止しようと翼に乗り移っていった。

ギガントに乗り移ったコナンたちは砲塔を占拠、ギガント自身に対して砲撃を加えていく。が、その砲塔も吹き飛ばされ、しかたなくコナンたちは翼の上を走って胴体の部分に侵入。内部を次々と破壊していく。ギガントのメインエンジンは火を吹き、切り放さざるを得なくなっていた。さらに、垂直尾翼上の砲塔に侵入したダイスとジムシーはギガントの背をレーザー砲で砲撃していく。次々と機体の各部が火を吹き、もはやギガントは航行不能だった。そのとき尾翼が切り放され、ダイスらは海に落ちてしまう。残されたコナンは機首の脱出艇で逃げようとするレプカを追うが、逆にコナンだけが艇に残り、ギガントはレプカたちを乗せたまま海中に墜落し大爆発を起こした。 　インダストリアでは何とか脱出の準備が整い、老委員たちを残し船は出航していく。そして、その直後、インダストリアは炎を吹き上げ海の底に没していくのだった。

ハイハーバーへ向かう航海の途中、尾翼の上で生きていたダイスとジムシーが救助された。だが、コナンの行方は分からず、ラナもその心が感じられず不安を感じていた。だが、ラオ博士の言葉によって心を解放したラナはテキィと共に空を飛び、洋上で漂流するコナンを発見。無事救い上げるのだった。大喜びの一同。そして、ラオ博士は使命を終えたかのごとく息を引き取っていくのだった。 　そして時は流れ・・・ハイハーバーではバラクーダ号の進水式と同時にダイスとモンスリーの結婚式が行なわれようとしていた。盛大な拍手の中、新郎新婦の手によりロープに斧が入り、バラクーダ号は新天地に向かって船出を開始した。楽しい航海の末、のこされ島のあった場所に到着するが、そこには異変の影響で隆起した巨大な島が、そして、その頂上にはまぎれもないロケット小屋が。コナンたちの新天地での希望に輝く生活が始まろうとしていた。