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Rorschach investiga la muerte del Comediante, formulando la teoría del "asesino de la máscara", y desencadenando una investigación que reúne a muchos de los antiguos aliados superhéroes del Comediante, que ahora tienen prohibido llevar a cabo cualquier acto de "justicia".

El Comediante es enterrado y su historia se revela a través de una serie de flashbacks.

La relación entre Laurie Juspeczyk y el Dr. Manhattan se erosiona y este ultimo descubre que muchos de sus colegas han contraído un cáncer terminal, y se exilia a Marte.

En Marte, el Dr. Manhattan contempla su historia, que se revela a través de una serie de flashbacks.

Rorschach continúa con su teoría del "asesino de la máscara", centrándose en Moloch. Pero una pista lo lleva al departamento de un supervillano retirado.

Bajo custodia policial, Rorschach es entrevistado por el Dr. Malcolm Long, un psiquiatra. Se revelan su historia e identidad.

Silk Spectre continúa con Nite Owl y se involucran románticamente. Nite Owl y Silk Spectre salvan a la gente de un incendio en un edificio y deciden sacar a Rorschach de la cárcel.

Laurie y Dan empiezan a unir las piezas de una conspiración que les lleva a la decisión de ir a sacar a Rorschach de la cárcel. Cuando todos regresan al departamento de Dan, el Dr. Manhattan vuelve de su autoexilio en Marte y se lleva a Laurie para que puedan discutir su situación.

El Dr. Manhattan lleva a Laurie a Marte, y se embarca en un viaje en el tiempo, reviviendo los eventos del pasado de Laurie para encontrar pistas sobre la naturaleza de la humanidad y cómo podría ser capaz de afectar a la confusión que está ahogando al mundo. Tras muchas revalorizaciones, el Dr. Manhattan decide lo que debe hacer.

Mientras los tanques rusos se amontonan a lo largo de la frontera de Alemania Oriental, el presidente Nixon y el vicepresidente Ford se dirigen al interior de un búnker de emergencia del gobierno. Antes de continuar su investigación, Rorschach y Nite-Owl se dirigen al departamento de Rorschach para recoger su traje de repuesto y su diario.

Mientras Rorschach y Nite-Owl se acercan al refugio antártico de Veidt, discuten si su antiguo compañero de lucha contra el crimen querría realmente que se destruyera el mundo.

Medianoche, 2 de noviembre de 1985. La mayor parte de la ciudad de Nueva York ha sido devastada por el trauma psíquico causado por la muerte instantánea del "alien" teletransportado de Ozymandias. El Dr. Manhattan y Laurie, muy angustiada, recorren la devastación. Después de haber visto lo suficiente, los dos se teletransportan al Polo Sur, para seguir un rastro de partículas de taquión que el Dr. Manhattan intuye que les llevará al origen de la perturbación.