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Un ninja llamado Roga, perteneciente al Clan Hiruko, roba la piedra del dragón. El héroe Jubei toma la joya y, después de que Roga se lo pida, acepta la tarea de entregársela a Shigure, la sacerdotisa de la luz.

Jubei debe encontrar la manera de entregarle la piedra del dragón a Shigure mientras es perseguido por el Clan Hiruko y el Kimon Shu.

Una historia en el Japón feudal, en donde un joven ninja solitario y viajero, vive en el mundo místico y oculto de los ninjas.

Jubei es emboscado por unas extrañas raíces convocadas por un ninja de Hiruko. Durante la lucha la piedra se parte en dos, quedando una de las mitades en manos del enemigo.

Tras robar la Piedra del Dragón a Shigure, Tsubute conoce a Tatsunosuke, un ladrón fracasado pero con talento que también quiere robar la Piedra del Dragón.

Mientras afuera llueve a cántaros, Jubei es atacado y envenenado. Buscando refugio, el joven se encuentra con un niño y su madre, quienes le curan del veneno.

Todavía en busca de la piedra, la mujer-raíz consigue robar la mitad de Jubei, pero, en el camino, un miembro de Kimon Shu la ataca.

Tras la muerte de su hermano, Rengoku está dispuesta a hacer lo que sea necesario para matar a Jubei, incluso si eso significa perder la cabeza.

Un hombre llamado Zofu salva a Shigure del clan Yagyu y le revela los oscuros secretos del clan Hiruko.

Una historia en el Japón feudal, en donde un joven ninja solitario y viajero, vive en el mundo místico y oculto de los ninjas.

Para salvar a Shigure, Jubei debe tomar un barco y partir a nuevas tierras. En el camino, conoce a Yagyu Renya, un samurái de sangre fría que tiene los mismos objetivos que Jubei.

Jubei salva a Shigure de los Kimon Shu con la ayuda de los Hiruko. A medida que se acercan a las antiguas tierras de Hiruko, se hace evidente que no todo es lo que parece, y los Kimon Shu vuelven a tener la situación a su favor.

Una historia en el Japón feudal, en donde un joven ninja solitario y viajero, vive en el mundo místico y oculto de los ninjas.