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Afin d’éviter à son peuple de vivre éternellement dans l’obscurité, Ryoga, jeune ninja du clan Hiruko, s’empare du précieux trésor de son village : la Pierre du Dragon. Poursuivi par les siens et par le clan ninja rival Kimon, il tombe nez à nez avec un étrange ninja solitaire du nom de Jubei Kibagami…

A travers leur parcours, Jubei et Shigure sont séparés. Cette dernière décide de poursuivre son chemin à la recherche de son passé aux côtés de Dakuan et d’un jeune ninja plein de vie nommé Tsubute. Jubei est poursuivi par les démons ninjas qui cherchent à lui voler la Pierre du Dragon…

Dakuan souhaite retrouver Jubei et s’octroyer ses services pour la protection de la princesse Shigure contre les attaques incessantes des ninjas d’Hiruko et de Kimon. Au moment où le groupe de Shigure est assailli par les ninjas des deux clans, Jubei fait son apparition…

Tsubute profite de la nuit pour tenter de voler la Pierre du Dragon mais il est tout de suite appréhendé par Dakuan et Jubei. Ce dernier demande au vieux ninja de lui révéler la véritable identité de Shigure, mais Dakuan élude la question. Survient alors une attaque du démon Azami à l’encontre de Jubei, qui vise à lui dérober la pierre. À la fin du combat, le Hougyoku est brisé en deux, et Jubei n’est en possession que d’une des deux parties.

Profitant d’une attaque ennemie, Tsubute dérobe la moitié de la Pierre du Dragon et s’échappe, mais il est rattrapé par Shinosuke qui la lui dérobe à son tour. Petit à petit, une amitié naît entre ces deux jeunes ninja, mais Aisen du clan Kimon soudoie Shinosuke et lui propose de rejoindre le clan des Kimon.

Empoisonné lors de son dernier combat, Jubei arrive tant bien que mal dans la demeure d’un ancien samouraï où il est soigné par la veuve et le fils de ce dernier. Cependant Jubei va apprendre à ses dépends qu’il est venu s’abriter dans la famille d’une de ses victimes…

Azami, se sentant coupable de n’avoir pas réussi à récupérer la première moitié de la Pierre du Dragon, tente à nouveau de s’attaquer au groupe de Shigure. Mais elle est démasquée et poursuivie par Jubei. Dakuan qui veille à la protection de Shigure et de la Pierre, révèle un peu de ses véritables motivations…

Dans le château de Kimon, Anden, chef des ninja, offre la première moitié du trésor à Yamikubou, général de l’armée de l’ombre. Pendant ce temps, Rengoku, une kunoichi Kimon, cherche à venger son frère exécuté par Jubei et affronte ce dernier avec toute la rage de son désespoir.

Shigure en apprend un peu plus sur son identité en rencontrant un habitant du village de Yagyu mais celui-ci tente de l’éliminer. Elle est sauvée et en même temps capturée par Zofu, un ninja du clan Hiruko qui abrite dans son ventre un dragon. Il provoque Jubei en combat singulier afin de tester sa force et lui demande de le débarrasser de ce dragon...

Sur la route des montagnes, Shigure et Jubei sont attaqués par des sbires de Kimon obéissant aux ordres de Hien. Anden profite de la situation pour enlever la jeune fille malgré la présence de Rokai, un étrange ninja Hiruko, qui se prétend être le protecteur de la princesse.

Shigure est emmenée sur le navire du clan Kimon, mais ce dernier est pris en chasse par Jubei et ses deux compagnons. C'est à ce moment qu'apparaît un groupe dirigé par un mystérieux samouraï, réclamant la deuxième moitié de la Pierre du Dragon...

Jubei affronte Anden et parvient à récupérer la moitié de la Pierre du Dragon qui était aux mains des Kimon. Il la rend à Shigure pour qu'enfin les deux morceaux de la Pierre ne fassent plus qu'une. Sur le flanc du grand volcan qui abrite les anciens rois de la dynastie, Jubei prend connaissance de la destinée du clan Hiruko de la bouche de Mufu...

Shigure retrouve la mémoire et accepte d'incarner la prêtresse de la lumière. Tel un automate, elle active la Pierre du Dragon pour révéler une cave secrète conduisant aux tombes des anciens rois. Face à son devoir, pourra-t-elle sauver le monde de sa terrible destinée?