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¿Alguna vez tuvo una pesadilla que se sintió tan real que podría haber jurado que no era solo un sueño? Mutou Kazuki estaba en esa predicción, ¡sin embargo! No fue un sueño. Este "sueño" terminó acabando con su vida, pero ... ¿qué? ¿Sigue vivo?

Cuando Kazuki comienza a aprender más sobre su enemigo y la fuente de su poder, decide ayudar a Tokito en la erradicación de los Homonculi en su ciudad. Cuando Tokito comienza a investigar la "fábrica embrujada" de los Homonculi, descubre algo muy inquietante, aparentemente los Homonculi han estado desarrollando una nueva arma, un parásito que convierte a las personas en monstruos devoradores de hombres.

Muto Kazuki y Tsumura Tokiko están investigando quién está detrás de todas las apariciones de homúnculos y actos hostiles. Solo con dos pistas: usa una máscara Papillion y asiste a la escuela secundaria de Kazuki. Con eso en mente, Kazuki y Tokiko hacen una búsqueda exhaustiva de la escuela secundaria, buscando más pistas sobre quién es este misterioso "Creador de Máscaras Papillion". ¡El tiempo es corto debido al Homúnculo unido a Tokiko, que amenaza con tomar el control y transformarla en uno de los Homúnculos en una semana!

Después de buscar la máscara Papillion, finalmente lo encontraron, aunque definitivamente no era lo que esperaban. Supuestamente quería negociar con Kazuki: el antídoto para el Homúnculo unido al cuerpo de Tokiko para su Busou Renkin, pero Kazuki se negó. Con un solo golpe de Kazuki, The Papillon Mask fue noqueada y llevada a ser interrogada. (El "antídoto" era falso.) Tan pronto como terminaron de "hablar", el superpotente Homúnculo vino a salvar al Papillion y así, ¡COMIENZA UNA NUEVA BATALLA!

Kazuki y Tokiko se retiran para formar un plan sobre cómo derrotar al águila Homúnculo, pero no todo sale según lo planeado cuando Tokiko recibe posibles lesiones críticas. Herido pero no a la vista, el águila Homúnculo planea apuntar a Tokiko, pero Kazuki no se enterará y se enfrentarán en un emocionante y explosivo duelo. Kazuki descubre que la razón detrás de la increíble fuerza de este Homúnculo es bastante similar a la fuente de su propia voluntad de luchar. Cuando la batalla se vuelve contra él y todo parece perdido, Kazuki decide irse a la quiebra y desatar un ataque poderoso pero peligroso. Con la vida de Tokiko en juego, ¿Kazuki logrará derrotar al Homúnculo? E incluso si lo hace con solo un día restante, ¿puede esperar salvar la vida de Tokiko?

Kazuki encuentra a Koushaku en el laboratorio de su tatarabuelo e intenta destruir la materia del Homúnculo. Sin embargo, debido a la interferencia del hermano menor de Koushaku, Koushaku puede hacer que la materia del Homúnculo se adhiera a él y se convierte en un Homúnculo. Luego comienza a comer a todos en las cercanías hasta que Kazuki lo mata, quien se desmaya por el agotamiento antes de que pueda entregar la cura a Tokiko. Kazuki se despierta y descubre que Tokiko ha sido curado y que su buso renkin se llamará Sunlight Heart.

El Capitán Bravo, miembro de los Guerreros Alquimistas y quien entregó la cura a Tokiko, le ofrece a Kazuki unirse a su misión de combatir contra el LXE, un grupo formado por homúnculos de tipo humano con sede en la ciudad de Kazuki. Koushaku, después de haber sido resucitado por el líder de LXE que también es su tatarabuelo, el Dr. Butterfly, y ahora se hace llamar Papillon, busca a Kazuki y le declara la guerra. Kazuki, Tokiko y Bravo son atacados por Kinjo, un homúnculo del LXE, pero Bravo lo despacha rápidamente.

Durante la noche, Bravo lleva a Kazuki al bosque para un entrenamiento especial mientras Tokiko protege al kakugane adquirido de la batalla anterior. Más tarde, un Homúnculo llamado Jinnai usa un buso renkin y toma el control de los estudiantes en el dormitorio, ordenándoles que tomen el kakugane de Tokiko. Tokiko puede evitar a sus compañeros de clase y matar a Jinnai, liberándolos de su control. Papillon toma el kakugane del Homúnculo derrotado, declara que derrotará a Kazuki y luego abandona la escena.

Kazuki y Tokiko se hacen amigos de los gemelos Hayasaka, Shusui y Ouka. Sin embargo, los gemelos son en realidad humanos que trabajan con el LXE al que se ordenó matar a los guerreros alquimistas en la escuela. Cuando dos Homúnculos LXE invaden la escuela, Kazuki y Tokiko interceptan las amenazas, lo que hace que los gemelos se den cuenta de quiénes son los Guerreros Alquimistas y que deben matar a sus amigos.

Los cuatro comienzan a luchar y Kazuki finalmente inflige una herida fatal en Shusui. Ouka usa su buso renkin y cura a Shusui mientras al mismo tiempo recibe la herida de Shusui en su propio cuerpo. Debido a esto, Kazuki se da cuenta de que son humanos y no Homúnculos y se pregunta si son enemigos o no. Shusui revela que trabajaron bajo el LXE para que un día los dos puedan convertirse en Homúnculos y vivir juntos por la eternidad.

Tokiko procede a eliminar a los gemelos, pero es detenido por Kazuki quien argumenta que todavía son humanos y merecen vivir. Shusui inflige una herida crítica a Kazuki mientras está distraído. Sin embargo, Ouka usa su buso renkin y absorbe el daño de la herida de Kazuki alegando que Kazuki es alguien en quien pueden confiar. Cuando Ouka comienza a morir, Kazuki, Tokiko y Shusui pueden evitar su muerte con las propiedades curativas de los kakuganes. Al día siguiente, Kazuki y Tokiko visitan a Ouka en el hospital, quien revela que su hermano se había ido a entrenar para deshacerse de la corrupción de LXE.

Kazuki, Tokiko y Bravo se infiltran en la base del LXE solo para descubrir que el Dr. Butterfly y su ejército de Homúnculos están apuntando a la escuela de Kazuki. Mientras Bravo se involucra en la batalla con el Homúnculo en la base llamada Moonface, Kazuki y Tokiko defienden la escuela del Dr. Butterfly y su ejército.

Después de derrotar a los Homúnculos, el matraz que el Dr. Butterfly lleva consigo se activa y comienza a drenar energía de todos los que están dentro de la escuela. Papillon aparece con su propio buso renkin activado y desafía al Dr. Butterfly a una batalla, y finalmente sale victorioso.

Antes de que el Dr. Butterfly muera, explica que un hombre llamado Victor está dentro del matraz y que es un ser muy superior a los humanos y a los homúnculos. Kazuki destruye el matraz e involucra a Víctor en la batalla y aparentemente es asesinado después de que su kakugane sea destruido. Kazuki recupera su kakugane, que se revela como un kakugane negro, lo que hace que se transforme en un ser como Víctor con cabello verde claro brillante, ojos rojos y piel bronceada.

Después de una breve batalla, Victor concluye que tomaría demasiado tiempo derrotar a Kazuki y deja la escuela. Después de reunirse con el Capitán Bravo, Papillon se va a investigar a Victor para convertir a Kazuki en un ser humano. Al día siguiente, deciden ir a la playa donde Tokiko se encuentra con Gouta Nakamura. Él le dice a Tokiko que se reúna con él por la noche para obtener información importante.

Esa noche, Gouta llama a Tokiko y le dice que Kazuki será asesinado. El Capitán Bravo le dice a Kazuki que en seis semanas, Kazuki estará drenando energía pasivamente de quienes lo rodean como Víctor y que a Bravo se le ordenó matar a Kazuki antes de que se complete la transformación. En una batalla corta, Bravo derrota fácilmente a Kazuki y lo deja por muerto arrojando su cuerpo inerte al océano.

Tokiko logra encontrar el cuerpo de Kazuki en el océano y puede revivirlo. Mientras tanto, Gouta se entera de que un equipo dirigido por el jefe de guerreros alquimistas Sekima Hiwatari es enviado para confirmar la muerte de Kazuki. Gouta descubre que planean asesinar a Tokiko e impide su misión antes de escapar y encontrarse con Kazuki y Tokiko. Los tres se preparan para viajar a la escuela donde se encontró el kakugane de Kazuki para encontrar una manera de restaurar su humanidad.

Tokiko explica que una persona misteriosa le dio el kakugane de Kazuki y esa persona puede saber cómo revertir el efecto del kakugane negro. Mientras tanto, Papillon intercepta al equipo en busca de Kazuki y se enfrenta a uno de sus miembros, Genji Ikusabe, en la batalla. En otro lugar, Shusui es reclutado por los Guerreros Alquimistas para la próxima batalla contra Víctor. El equipo de Kazuki es emboscado por el equipo en un cementerio.

El buso renkin de Hiwatari separa a Kazuki de Tokiko y Gouta. Papillon logra derrotar a Ikusabe y se entera del paradero de Kazuki de él. Tokiko y Gouta pueden derrotar al enemigo, Shinobu Negoro, y reanudar la búsqueda de Kazuki. En otro lugar, el otro grupo de Guerreros Alquimistas encuentra a Víctor y lo involucra en la batalla, solo para ser derrotado fácilmente, aunque las habilidades de Shusui los salvan de una muerte segura.

Kazuki se encuentra con el Capitán Bravo, lo involucra en la batalla pero pronto se siente abrumado. A pesar de la información que Tokiko puede transmitir, Bravo le dice que después de matar a Kazuki, se suicidará para arrepentirse de su muerte. Kazuki, enfurecido porque su fracaso resultará en la muerte de Bravo, atraviesa el buso renkin de Bravo y lo hiere. Bravo acepta que Kazuki se ha vuelto fuerte y le permite continuar su búsqueda de una cura. Sin embargo, son interrumpidos por la aparición de Hiwatari.

Hiwatari se enfrenta a los cuatro en la batalla y Bravo está gravemente herido en el proceso. Justo antes de que Kazuki y Hiwatari se acaben, el Alquimista General, Shosei Sakaguchi, los detiene y les explica que el asesinato de Kazuki ha sido suspendido y que la principal prioridad para los Alquimistas es la batalla contra Víctor. Shosei luego restablece a Tokiko y Gouta como Alchemy Warriors y le permite a Kazuki continuar su búsqueda de una cura.

Los Alchemist Warriors encuentran y se enfrentan a Victor en la batalla. Mientras tanto, Kazuki, Tokiko, Gouta y Papillon llegan a la escuela y se encuentran con una figura misteriosa que se presenta como Victoria y los lleva a su cerebro en una tina madre, Alexandria, la creadora del kakugane negro. Alexandria revela su creación, un kakugane blanco, y explica que puede negar los efectos del kakugane negro. Sin embargo, con solo uno en existencia, Kazuki debe decidir si usarlo en él o en Victor.

Kazuki y Tokiko pasan tiempo con sus amigos en el parque de diversiones. Después de pensarlo mucho, Kazuki decide qué hará con el kakugane blanco. Mientras tanto, la batalla entre Alchemist Warriors y Victor continúa.

Kazuki recupera el kakugane blanco de Alejandría y se dirige a donde está teniendo lugar la batalla entre Víctor y los Guerreros Alquimistas. Usando su buso renkin, obliga al kakugane blanco a entrar en Victor; Sin embargo, el kakugane blanco no logra restaurarlo en un ser humano y simplemente lo debilita. Kazuki luego vuela hacia la luna, arrastrando a Víctor con él y salva a la Tierra del reinado de Víctor.

Kazuki se había sacrificado para salvar al mundo y dejó a Tokiko llorando. La vida continúa: el Capitán Bravo transmite la noticia de Kazuki a sus amigos mientras Tokiko es hospitalizado, Chouno se queda recordando en la memoria de Kazuki. Tokiko pasa por una serie de pensamientos y repensos (a su manera) y finalmente llega a la conclusión de que lo último que puede hacer por Kazuki antes de irse es derrotar a Chouno en su lugar. Sus amigos, Gouta, Hayasaka Oka, Oka's Busou Renkin: Gozen Angel y Hayasaka Shuusui la acompañan para derrotar a Papillion / Chouno / butterfly man. ¿Pueden manejarlo? ¿Papillion reconocerá incluso a Tokiko como un oponente formidable, uno tan digno como Mutou Kazuki?

Tokiko ataca a Papillion en un intento de saldar la deuda que Kazuki hizo con él. Papillion no hace ningún movimiento hasta que amenaza el gran matraz detrás, que contiene algo que no desea que sea destruido. Tokiko, pensando que es su arma para destruir el mundo, logra abrir el matraz solo para revelar un kakugane blanco, hecho en un mes desde cero. Mientras todos miran, la luna brilla una luz como el sol, lo que demuestra que Muto Kazuki todavía vive. Usando la ayuda del General y otros, Buster Baron se lanza al espacio para recuperar a Kazuki. Pero a su regreso, Papillion elige esta vez para su duelo. ¿Qué resultado será este duelo entre Papillion y el ahora humano Kazuki? ¿Qué pasará con Víctor? El final de Busou Renkin está aquí.