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Han pasado tres meses desde que Yui salvó a ComNet durante el verano y la niña continuó ayudando al Profesor Inukai y a los ocho Virtualianos a salvaguardar la red.

Una misteriosa segunda "Chica virtual", conocida como Virtual Aiko, comienza a intervenir contra la propagación repentina del virus, llamada Super Bedbug, que, después de haber infectado la red Holiday, está infectando otros sitios.

Frozen, que ha estado trabajando en trabajos a tiempo parcial desde que fue inicializada, está vendiendo granito a Desert Net, cuando un error envía el sitio al caos; La situación es resuelta por Virtual Aiko. Posteriormente, Frozen es abordado por una persona misteriosa que le indica que busque un software que resulta ser la niña con el oso de peluche conocido por Synchro en Holiday Network.

Los clubes de teatro de la escuela Yui y la Academia Back Scroll, la escuela a la que asiste Aiko Shinozaki, deben organizar un espectáculo; Los roles de los protagonistas serán cubiertos por Yui y Aiko. Los ensayos comienzan, pero la colaboración entre las dos chicas está lejos de ser simple debido a la inexperiencia total de Yui como actriz y al personaje difícil de Aiko, gruñón y profundamente introvertido.

Yui decide participar en un concurso para diseñadores de cómics novatos. En los días siguientes trabajó en la historia para presentarla con tanto compromiso que se cansó de cometer una distracción tras otra (como confundir la casa de Aiko con la suya); cuando I.R. la llama en línea para responder a la amenaza de otro virus, Yui no puede evitarlo, pero el malware es lo suficientemente hábil como para moverse por el sitio, escapando repetidamente de la inicialización.

Mientras está en una misión con los virtuales para eliminar un virus, Bug Yui comete una distracción que casi les cuesta la vida a todos; resuelto el problema, Yui toma una rotunda conferencia de Synchro, quien le recuerda que con Virtual Aiko esto no habría sucedido.

Control sospecha que alguien se esconde detrás de la repentina propagación de chinches y le pide a Vision que investigue; Vision acepta y trata de mirar dentro de su propia bola de cristal, pero un insecto la golpea y explota.

Yui, I.R. y Vision intentan averiguar qué es lo que ve Vision "sol" y llegan a la Red de Cuento de Hadas, donde se encuentran con Floppy, que ha venido aquí para ayudarlos. Frozen también está en el sitio, comprometida en la búsqueda de la niña con el oso de peluche. La niña está realmente allí y Frozen logra encontrarla, pero la pequeña, asustada, huye y se encuentra con un programa con la apariencia de un sol.

Yui y los virtuales se enfrentan a un Super Bug que ha infectado el sitio. Planifiquemos una vida pacífica. Durante el choque, Yui es atacada por el núcleo del virus y parece sucumbir, pero se despierta en el mundo real, concluyendo así que ha soñado todo.

Nettie, el dinosaurio que se encarga de mantener limpios los bosques virtuales, desaparece de repente y Echo pide ayuda a los otros virtuales. Yui descubre que el último avistamiento de Nettie ocurrió en la Red Drácula, un sitio que ha estado en desuso desde hace mucho tiempo; Una vez en el lugar, los virtuales se encuentran lidiando con un león, que los ataca y luego desaparece.

Después de ser despedida por enésima vez (que Rescue informa es la decimocuarta), Frozen decide cambiar su vida y volver a la escuela. Desafortunadamente, a Frozen se le niega por completo tanto el estudio como la disciplina, a pesar de que Rescue intenta ayudarla.

Yui tiene serios problemas para escribir con el teclado de la computadora y debe aprender a hacerlo lo antes posible; de ​​lo contrario, no aprobará el examen de procesamiento de texto que tendrá que tomar en la escuela en unos días.

Yui informa a los virtuales que ha descubierto la verdadera identidad de Virtual Aiko y, junto con ellos, investiga para descubrir la verdad; sin embargo, un problema en el sitio de Ball Fight los obliga a dejar de lado temporalmente el asunto.

Los virtuales van a Terme del Girasole, dentro de la red de los spas ocultos, porque Frozen les ha dicho que el agua de esos spas tiene el poder de cancelar las infecciones virales. Una vez en el lugar, descubren que la propia Frozen es la dueña del spa y ha inventado todo para hacer publicidad, pero de todos modos deciden tomarse unas vacaciones.

La escuela Yui organiza un viaje al sitio del Circuito Mundial, donde tendrán la oportunidad de realizar un recorrido global de ochenta días (según la hora de ComNet). La primera parada es Hawai, donde también se encuentran Frozen y la niña con el oso de peluche.

Mientras estudia con Haruna, Yui es convocado por los Virtuales para luchar contra un Super Bug. Todo parece ir bien, pero por alguna extraña razón la inicialización falla y la propia Yui se infecta con el virus, transformándose en piedra.

Gracias a la información de Haruna, los virtuales se dan cuenta de que las apariciones de la niña con el oso de peluche siempre preceden a una infección viral y deciden rastrearla para averiguar qué une a la niña con los Super Bugs. Mientras tanto, Yui literalmente pierde la cabeza por un chico guapo conocido en el sitio de All Sports, Kosuke, que nunca se ha conocido fuera de la red.

El Virtuali se extendió en ComNet para buscar información sobre la niña con el oso de peluche. Frozen recibe un correo electrónico de Jaggy: acaba de ser nombrado director de la biblioteca general de ComNet. Después de probar un plato caliente, Frozen se desmaya y es rescatado por Jaggy.

Yui y Haruna descubren que la madre de Aiko está hospitalizada en la habitación donde Yui encontró el libro que representa a la niña con el oso de peluche. Mientras tanto, el profesor Inukai, Control y rescate va al laboratorio de virus, lo que les explica que Super Bug tiene un componente diferente al de los virus normales.

Yui, para obtener información sobre la niña con el oso de peluche, le revela a Aiko que es una Virtual, pero Aiko no confía. Más tarde, Yui y sus padres ingresan al sitio de lucha 3D para asistir a un combate de lucha en equipo. De repente, un Super Bug ataca la arena; Yui y los Virtuali resuelven el problema, pero esta vez la niña con el oso de peluche no ha aparecido y los Virtuali entienden que este virus debe haber sido propagado por otra persona.

Al interrogar al gerente arrestado en el episodio anterior, los virtuales descubren que el virus le había sido dado por el mismo hombre (el hombre misterioso) que encargó a Frozen que encontrara a la niña con el oso de peluche; el virus tampoco era un Super Bug real, pero había sido falsificado para aparecer como tal.

El profesor Inukai descubre que el oso de peluche no es más que el disco de respaldo de Ai y cobra vida cada vez que el bebé está dormido o inconsciente. Yui, Haruna y Virtuali exploran ComNet en busca de Ai; Siguiendo el consejo de Vision, Yui y Haruna van con sus amigos a visitar el sitio web de Parques de atracciones.

El profesor Inukai, gracias al oso de peluche de Ai, descubre que el bebé es un software de correo electrónico diseñado en el año en que se abrió ComNet. Tan pronto como Ai entró en línea, Ai fue secuestrado por una entidad misteriosa y mantenido encerrado durante años en un sitio lleno de virus informáticos; uno de estos infectados Ai y, en combinación con su programa, se convirtió en el poderoso Super Bug, del cual Ai se convirtió en el anfitrión.

Vision descubre que la pequeña Ai logró escapar de su cautiverio durante un intento de destruir ComNet por aquellos que la habían capturado; el ataque falló, pero en el mundo real causó la explosión de la computadora a la que estaba conectada Azusa Shinozaki, la madre de Aiko, que desde entonces ha sido encarcelada en ComNet.

Los Super Bedbugs se extendieron por ComNet y Virtual decidió dividirse en tres grupos, cada uno encabezado por una chica Virtual diferente: Yui, Haruna y Aiko, quien finalmente acordó colaborar con ellos. Los ataques, sin embargo, son demasiados y masivos y las consecuencias comienzan a sentirse incluso en el mundo real.

Ryo Kurokawa es un científico que colaboró ​​en la creación de ComNet; a diferencia del profesor Inukai y Shintaro Shinozaki, tenía la intención de utilizar la red con fines malvados y, por lo tanto, fue despedido. La intención de Kurokawa es destruir ComNet con virus Super Bedbug y reemplazarlo con una red de su propia creación y para esto había secuestrado a Ai, que solía crear malware