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Akiyuki vivía una vida pacífica junto con sus amigos y familiares en la isla Sentan. Esta paz se vio interrumpida cuando estalló una guerra repentina y una fuerza extraña tomó el control de su cuerpo.

Transformado en Xam'd, Akiyuki se enfrenta a la invasión enemiga para proteger a su amigo Haru. Luego, la misteriosa Nakiami lo recupera y lo lleva al dirigible postal Zanbani, donde ella vive.

Nakiami realiza un tratamiento especial para contener el poder de Xam'd en el brazo derecho de Akiyuki. Al mismo tiempo su familia y amigos buscan su paradero.

Mientras se acostumbra a su nuevo entorno, Akiyuki comienza el entrenamiento distintivo para controlar sus poderes.

Nakiami se encuentra con algunos viejos conocidos suyos, y el resto de la tripulación se pregunta si dejará el barco para unirse a ellos. Mientras tanto, una compañera de clase de Haru y Furuichi que perdió a toda su familia se entrega a la desesperación.

Haru finalmente recibió noticias de Akiyuki, pero justo después de que ella y Furuichi se unieron al ejército, se les asigna que se enfrenten a un rebelde Xam'd que escapó de un laboratorio de investigación.

Akiyuki recibe las cartas de Haru y, después de enterarse de que ella lo estará esperando en el Paso Tsumebara, se va con Roppa para encontrarse con ella. Sin embargo, se encuentra con más personas que se convierten en formas humanas en el camino.

Akiyuki y Haru se reencuentran en el paso de Tsumebara, pero su reunión se ve interrumpida por un Furuichi enojado que lo confronta después de descubrir que se convirtió en un Xam'd.

Raigyo, un Xam'd como Akiyuki, regresa a Zanbani después de dos años de ausencia. Todos los miembros de la tripulación parecen estar felices de volver a encontrarse con él, pero Akiyuki de alguna manera no comparte el mismo sentimiento.

Raigyo le pide a la tripulación que se tomen una foto juntos mientras Haru decide seguir con su carrera militar.

La tripulación del Zanbani debe defenderse de un asalto de Humanforms de las fuerzas del Norte.

Después del incidente en Zanbani, Nakiami decide regresar a su tierra natal y Akiyuki pide ir con ella. Mientras tanto, Haru visita a Furuichi, que se ha encerrado.

Akiyuki notifica a Haru sobre su regreso a la isla Sentan, pero al hacerlo también alerta a los militares sobre su presencia. Después de una breve visita a su padre, Akiyuki se encuentra con Haru solo para que un Furuichi interrumpa su reunión y esté ansioso por usar su nuevo poder.

Furuichi pierde el control de sus poderes y se vuelve loco, pero después de ser derrotado por Akiyuki, vuelve a la normalidad. El ejército interviene y arresta a Haru y Furuichi, mientras que Akiyuki cubre a Nakiami para que escape tomando como rehén al comandante Kakisu.

Akiyuki pierde el sentido de sí mismo y, con su máscara Xam'd colocada de forma permanente, es capturado por un traficante de esclavos. Mientras tanto, Nakiami continúa su viaje y conoce a Yango, un joven que también se convirtió en Xam'd.

Nakiami y Yango continúan su viaje mientras el ejército del sur comienza a realizar experimentos con la hermana menor de Haru, y una criatura misteriosa convence a una amable anciana para que compre Akiyuki a los traficantes de esclavos.

Haru tiene la oportunidad de escapar del encierro mientras Nakiami finalmente llega a su pueblo natal, solo para ser recibida por el nuevo jefe, su hermana menor Kujireka.

Después de huir del ejército, Haru se embarca en un viaje para encontrar a Akiyuki sola. Mientras tanto, Nakiami se entera del dudoso plan de Kujireka para librar una guerra contra el gobierno del norte.

Kujireka pide el apoyo de Nakiami, pero es rechazado por completo y Haru finalmente logra llegar a Akiyuki y ayudarlo a recuperar la memoria.

Nakiami y Yango abandonan el pueblo de Tessik solo para verlo atacado por una flota de aeronaves. Mientras tanto, Akiyuki y Haru buscan la entrada a la Cámara Quickening.

Ryuuzou y el padre de Haru partieron para rescatar a Midori de las instalaciones militares de East Autonomy. Akiyuki y Haru se adentran más en la Cámara de aceleración.

Raigyo e Ishuu continúan su asalto a la torre. Ryuuzou se enfrenta al comandante Kakisu. Akiyuki y Haru descubren la verdad sobre el Quickening.

Raigyo e Ishuu dan su último paso hacia la cámara del Emperador Hiruken. Nakiami y Yango abandonan la aeronave Tessik para detener la batalla por la Cámara Quickening.

El Emperador Hiruken es gratis. Haru, Nakiami y Akiyuki se encuentran con Midori transformada y unen sus fuerzas para detenerla.

Akiyuki se enfrenta solo al Emperador Hiruken mientras Nakiami completa su entrenamiento con Lady Sannova.

Nakiami se encierra en la Cámara Quickening y el enfrentamiento con el Emperador Hiruken llega a su fin. Sin embargo, Akiyuki se convierte en piedra y nueve años después, sus amigos y familiares aún esperan su despertar.