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Akiyuki vive una vita tranquilla con i propri amici e famiglia sull'Isola Sentan. La pace viene interrotta quando improvvisamente scoppia la guerra e a seguito di un'esplosione una strana forza prende il controllo del suo corpo.

Trasformato in Xam'd, Akiyuki affronta l'invasione nemica per proteggere la sua amica Haru. Viene poi trovato dalla misteriosa Nakiami, che lo porta sulla nave volante postale Zanbani.

Nakiami esegue un trattamento speciale per contenere il potere di Xam'd all'interno del braccio di Akiyuki, che è oggetto di un attacco e per la seconda volta viene salvato dalla ragazza. Intanto famigliari e amici non si rassegnano all'idea che il ragazzo sia morto.

Mentre incomincia ad ambientarsi alla nuova situazione, Akiyuki inizia un allenamento speciale per controllare i suoi nuovi poteri.

Nakiami incontra delle vecchie conoscenze, e il resto dell'equipaggio si chiede se lascerà la nave per andare con loro. Nel frattempo una compagna di Haru e Furuichi, che ha perso l'intera famiglia, si abbandona alla disperazione e si offre volontaria per degli esperimenti umani.

Haru riceve finalmente notizie da Akiyuki; appena dopo che lei e Furuichi si sono uniti all'esercito ber combattere gli Umanoidi, durante l'esame di ammissione, vengono coinvolti in uno scontro con un Xam'd che è fuggito dal laboratorio di ricerca.

Akiyuki riceve le lettere di Haru e dopo aver saputo che l'aspetta al Passo di Tsumebara, parte con Roppa per incontrarla. Comunque, durante il viaggio, incontra delle persone che si stanno trasformando in Umanoidi.

Akiyuki e Haru si incontrano al Passo di Tsumebara ma vengono interrotti da Furuichi che si inferocisce a scoprire che l'amico è diventato uno Xam'd.

Raigyo, uno Xam'd come Akiyuki, ritorna sulla Zanbani dopo due anni di assenza. Tutti i membri della ciurma sembrano felici di rivederlo, ma Akiyuki non condivide l'euforia.

Raigyo chiede alla ciurma dai fare una foto tutti insieme, mentre Haru decide di seguire la carriera militare.

L'equipaggio della Zanbani deve fronteggiare l'assalto di alcuni Umanoidi delle forze del Nord.

Dopo l'incidente sulla Zanbani, Nakiami decide di tornare nella propria città natale e Akiyuki le chiede di accompagnarla. Nel frattempo Haru va a far visita a Furuichi, che non ha fatto ritorno alla caserma.

Akiyuki fa sapere a Haru del proprio ritorno all'Isola Sentan ma facendo ciò avvisa anche i militari della propria presenza. Dopo una veloce visita a suo padre, Akiyuki incontra Haru ma il loro incontro è interrotto da Furuichi che è impaziente di usare il suo nuovo potere.

Furuichi perde il controllo dei propri poteri e diventa pazzo ma dopo essere sconfitto da Akiyuki ritorna normale. L'esercito interviene e arresta Haru e Furuichi, mentre Akiyuki copre Nakiami mentre fugge e prende il Comandante Kakisu come ostaggio.

Akiyuki perde coscienza di sé, e con la maschera da Xam'd permanentemente sul volto, è catturato da mercanti di schiavi. Nel fraffempo Nakiami continual il viaggio e incontra Yango, anche lui uno Xam'd.

Nakiami e Yango continuano il loro viaggio, mentre l'esercito del Sud inizia degli esperimenti sulla sorellina di Haru e una misteriosa creatura convince una gentile vecchia ad acquistare Akiyuki dai mercanti di schiavi.

Haru ha un'opportunità per scappare dall'isolamento, mentre Nakiami arriva finalmente al proprio villaggio natale, dove viene accolta dal nuovo capo, sua sorella minore Kujireka.

Dopo essere fuggita dall'esercito, Haru inizia da sola un viaggio per trovare Akiyuki. Allo stesso tempo Nakiami viene a sapere del piano di Kujireka di dichiarare guerra al Governo del Nord.

Kujireka chiede l'aiuto di Nakiami, che però rifiuta categoricamente. Haru infine riesce a raggiungere Akiyuki per aiutarlo a recuperare la memoria.

Nakiami e Yango lasciano il villaggio di Tessik village appena prima fosse attaccato da una flotta di navi volanti. Nel frattempo Akiyuki e Haru cercano l'ingresso della Camera della Reminiscenza.

Ryuuzou e il padre di Haru partono per salvare Midori dalle forze armate della Repubblica del Sole Nascente. Akiyuki e Haru si addentrano ulteriormente nella Camera della Reminiscenza.

Raigyo e Ishuu continuano l'assalto alla Torre di Diamante. Ryuuzou affronta il Comandante Kakisu; Akiyuki e Haru vengono a sapere la verità sulla Reminiscenza.

Raigyo e Ishuu fanno irruzione nella camera dell'Imperatore Hiruken. Nakiami e Yango lasciano l'aeronave di Tessik per fermare la battaglia alla Camera della Reminiscenza.

L'Imperatore Hiruken è libero. Haru, Nakiami e Akiyuki incontrano Midori trasformata e si uniscono alla battaglia per fermarla.

Akiyuki affronta l'imperatore Hiruken da solo mentre Nakiami completa il proprio addestramento con Sannova.

Nakiami si sigilla all'interno della Camera della Reminiscenza e il confronto con l'Imperatore Hiruken volge alla conclusione. Comunque Akiyuki si trasforma in pietra e nove anni dopo i suoi amici e la sua famiglia aspettano ancora il suo risveglio.