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A finales del siglo XXII, los lagartos jovianos atacan la Tierra. La compañía Nergal construye su propio acorazado, el Nadesico, al mando de Yurika Misumaru y una peculiar tripulación. Su primera misión será enfrentarse a los invasores.

Preocupado por el poder de una nave militar en manos de civiles, el ejército terrestre envía una flota para tomar el control del Nadesico. Yurika deberá enfrentarse a su propio padre para proteger la nave.

El Nadesico se dirige a Marte, pero primero debe atravesar las defensas terrestres, incluida una enorme barrera. Ante la negativa del ejército a permitirles el paso, la tripulación tendrá que encontrar una manera de continuar su viaje.

El Nadesico viaja a una colonia espacial para recoger nuevos pilotos de Aestivalis, pero un ataque sorpresa destruye la colonia y obliga a la tripulación a emprender una peligrosa misión de rescate.

Durante el largo viaje a Marte, Prospector insiste en que Yurika organice funerales para las víctimas de la guerra. La tarea consume tanto tiempo que apenas puede dedicarle atención a Akito.

Al llegar a Marte, el Nadesico repele un ataque y descubre una colonia subterránea de supervivientes. Sin embargo, sus habitantes se niegan a ser rescatados, convencidos de que la nave no conseguirá regresar a la Tierra.

Mientras Yurika e Inez preparan una transmisión para contar las aventuras del Nadesico en Marte, la tripulación busca reparar la nave. Por su parte, Akito descubre quién fue responsable de la destrucción de su hogar.

El Nadesico regresa a la Tierra atravesando un tulipán marciano, pero descubre que han transcurrido ocho meses. Además, Akito vuelve a experimentar el miedo paralizante que lo había atormentado en combate.

Mientras el Nadesico participa en una misión de rescate, Megumi aprovecha una simulación de realidad virtual para acercarse a Akito. Sin embargo, los recuerdos de Yurika siguen interfiriendo en su relación.

La tripulación debe investigar un enorme tulipán en una isla tropical, pero primero decide disfrutar de la playa. Mientras tanto, Akito conoce a una chica que parece encarnar a la mujer perfecta que siempre ha imaginado.

Un cañón joviano atrapa al Nadesico dentro de un microagujero negro. Los pilotos de Aestivalis deberán destruir el arma antes de que vuelva a disparar, pero primero tendrán que aprender a trabajar en equipo.

Cuando la inteligencia artificial del Nadesico comienza a atacar naves terrestres, el ejército ordena borrar sus datos. Ruri y Akito se adentran en una realidad virtual para salvar a Omoikane antes de que sea demasiado tarde.

Mientras el Nadesico se prepara para incorporarse al ejército, la tripulación enfrenta la posibilidad de ser reclutada. Akito, por su parte, recibe una propuesta de Erina para investigar una nueva forma de teletransportación.

En un giro inesperado, los protagonistas de Gekiganger 3 se convierten en espectadores de las aventuras del Nadesico. Sin embargo, ante la falta de material nuevo, la tripulación presenta un recopilatorio de sus experiencias.

Mientras el Nadesico espera en la Luna, Munetake sospecha que los pilotos del robot joviano recuperado se esconden a bordo. La investigación de Uribatake podría revelar un secreto que cambiará la forma en que todos ven al enemigo.

Mientras el Nadesico espera la llegada de su nave hermana, Megumi y Minato terminan a bordo de una nave joviana. Allí, la tripulación descubre la verdadera identidad y el origen de sus enemigos.

Cuando Nergal descubre que Uribatake ha estado desviando fondos, Yurika arrastra a Akito a investigar sus actividades. Mientras tanto, Munetake busca desesperadamente recuperar el favor del ejército para evitar su degradación.

Ruri descubre que es la hija biológica de los gobernantes de un país neutral, de quienes fue separada al nacer. Acompañada por Akito, emprende un viaje para descubrir los secretos de su pasado.

Nergal organiza un concurso de talentos para elegir a una nueva capitana del Nadesico. Mientras la tripulación se prepara para demostrar sus habilidades, Ryoko comienza a cuestionarse si es capaz de hacer algo más que combatir.

Los jovianos atacan el Nadesico con un cañón capaz de teletransportar ojivas directamente al interior de la nave. Yurika deberá demostrar sus habilidades tácticas para neutralizar esta nueva amenaza.

Un fallo en el sistema del cañón de transición de fase deja al Nadesico indefenso. Mientras los pilotos buscan reparar el equipo, sus mentes quedan atrapadas en un extraño juego de recuerdos que revela aspectos ocultos de sus personalidades.

Los jovianos envían a Yukina Shiratori, hermana menor de Tsukumo, como emisaria de paz. Sin embargo, su verdadero objetivo es asesinar a Minato, a quien culpa de haber corrompido a su hermano.

Tras abandonar el Nadesico, la tripulación intenta retomar su antigua vida en la Tierra. Sin embargo, la vigilancia de Nergal y los acontecimientos recientes les hacen cuestionar si realmente pueden dejar atrás su misión.

Con la esperanza de acercar a terrestres y jovianos, Yurika organiza un festival dedicado a Gekiganger 3. La tripulación espera que los ideales de justicia y paz del anime ayuden a ambos bandos a comprenderse.

Las antiguas ruinas de Marte y sus secretos sobre el salto bosónico se convierten en el objetivo de Nergal y los jovianos. Ante la ofensiva enemiga, la tripulación del Nadesico une fuerzas con su nave hermana para proteger sus intereses.

Con la flota joviana acercándose, el Nadesico debe impedir que las ruinas marcianas caigan en manos enemigas, aunque eso signifique destruirlas. Mientras tanto, alguien del pasado espera a Akito entre las ruinas.