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Shirou Emiya lleva una vida tranquila en la ciudad de Fuyuki mientras practica magia básica. Al quedarse hasta tarde en la escuela, presenciar un combate sobrenatural lo convierte en el objetivo de un asesino implacable.

Acorralado en su propio hogar por un enemigo sobrehumano, el instinto de supervivencia de Shirou desencadena un círculo de invocación, trayendo ante él a una enigmática guerrera vestida con armadura: Saber.

Saber repele al atacante y guía a Shirou ante Kirei Kotomine, el supervisor de la Guerra del Santo Grial. Allí, Shirou descubre las sangrientas reglas del torneo y las razones por las cuales no puede retirarse.

Shirou intenta adaptar su rutina a la presencia de Saber, aunque se opone firmemente a dejarla luchar en su lugar. Un encuentro nocturno en la ciudad los pone frente a frente contra la temible combinación de Rin Tohsaka y Archer.

Rin decide formar una tregua temporal con Shirou para guiarlo en los fundamentos de la magia de combate. Sin embargo, la calma dura poco al detectarse la presencia de un nuevo Master dentro de la escuela.

Una barrera mágica atrapa a los estudiantes en el instituto. Shirou y Rin unen fuerzas para neutralizar la amenaza antes de que la energía vital de sus compañeros sea consumida por completo.

Shirou es llevado al templo Ryuudou por el enemigo, donde se enfrenta a la peligrosa habilidad de Caster. Saber acude al rescate, pero se topa con un guardián con una técnica de espada letal en las escaleras del templo.

Tras los combates en el templo, Shirou busca recuperarse del desgaste mágico. Rin le advierte sobre el verdadero peligro que representa Illyasviel von Einzbern y su colosal Servant, Berserker.

Un ataque sorpresa de Illyasviel en un bosque desolado acorrala a Shirou y Saber. La descomunal fuerza de Berserker pone a prueba la determinación de Saber y fuerza a Shirou a tomar una decisión límite.

Para salvar la vida de Saber tras el devastador combate, Shirou debe someterse a un arriesgado procedimiento de transferencia de energía mágica con la ayuda de Rin.

Rider despliega la barrera mágica en la escuela para absorber la fuerza vital de los estudiantes. Shirou intenta detener al Master de Rider mientras la situación en el edificio se vuelve crítica.

Saber sostiene un duelo a muerte contra Rider en la azotea de la escuela. Para superar a su oponente, Saber se ve obligada a liberar el verdadero poder de su Fantasma Noble.

Shinji busca refugio desesperadamente tras perder a su Servant. Mientras tanto, Illyasviel lanza una ofensiva abierta, capturando a Shirou para intentar convertirlo en su marioneta.

Rin y Saber irrumpen en el castillo de Einzbern para rescatar a Shirou. Rin se ve obligada a enfrentarse cara a cara contra el imparable Berserker en un duelo táctico desorganizado.

Acercándose al límite de sus fuerzas, Shirou proyecta una espada legendaria que le permite pelear al lado de Saber. Juntos desatan un ataque coordinado contra el monstruoso Berserker.

Con un respiro en la guerra, Shirou intenta comprender las motivaciones y el trágico pasado de Saber. Mientras explora la ciudad con ella, un secreto largamente oculto sobre el incendio de hace diez años comienza a salir a la luz.

Caster toma la iniciativa apoderándose de la mansión Emiya mediante artimañas. Su objetivo se concentra en arrebatarle el control de Saber a Shirou usando una daga encantada.

Sin la protección de Saber, Shirou y Rin se dirigen al templo Ryuudou para encarar a Caster y liberar a sus aliados antes de que el Santo Grial sea invocado de forma prematura.

Un misterioso Servant de vestiduras doradas reaparece en escena. Sus intenciones y su abrumador arsenal de armas legendarias amenazan con destruir el equilibrio de toda la guerra.

Shirou descubre la verdadera identidad de Saber y las razones profundas que la impulsan a buscar el Santo Grial. Las convicciones de ambos chocan, poniendo en duda sus verdaderos deseos.

Kirei Kotomine revela su papel definitivo en la guerra y la verdad detrás del incidente que destruyó la ciudad en el pasado. Shirou se enfrenta a la prueba moral más dura de su vida.

Gilgamesh desata su poder absoluto para reclamar a Saber. Mientras Rin intenta contener la corrupción del Grial en la sombra, Shirou busca la forma de proyectar la vaina sagrada Avalon.

La batalla final da inicio en el templo Ryuudou. Shirou y Saber enfrentan a Kotomine y a Gilgamesh respectivamente en un combate donde un solo error significa la muerte.

Liberando el máximo potencial de Avalon y Excalibur, Shirou y Saber logran la victoria. Con el Santo Grial destruido y el deber cumplido, ambos se despiden aceptando sus respectivos destinos.