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Un Alter Nativo llamado Kazuma usa un avión para atacar a los secuestradores y terminar un trabajo. Ahora las organizaciones policiales llamadas Hold y Holy están tras él, pensando que es un criminal peligroso solo porque es un Alter Nativo. Pero, Kazuma demuestra que no es malo cuando se enfrenta a un líder de grupo renegado, Biff, y salva a los Alteres Nativos. Kazuma parece tener un rencor contra Holy.

La organización de Holy se explica más claramente y es cómo se conocieron Ryuhou y Mimori. Tanto Ryuhou como Mimori ganan un mayor interés en el Native Alter, Kazuma. ¿Kazuma se convertirá en un hombre buscado con Holy?

Después de ser capturado por Holy, Kazuma es encarcelado y se le ofrecen dos opciones; unirse a SANTO o ser encarcelado. Cuando un simpático Mimori libera a Kazuma, él debe encontrar una manera de escapar de los confines de la Sede de HOLY. ¿Puede pasar por encima del muro donde viven los otros nativos? ¿O el Puma rápido lo alcanzará primero?

Después de enterarse de la escapada de Kazuma de Holy, un nuevo cliente, Ayase Terada, contrata a Kazuma y Kimishima para rescatar a su hermano enfermo y a los aldeanos de un campo de detención. ¿Puede Kazuma lograr vencer al malvado Tatsunami? ¿Y pueden escapar con los aldeanos?

Después de regresar de una misión, Kazuma y Kimishima encuentran a Kanami tendido en el suelo enfermo. Sin el conocimiento médico adecuado, Kazuma y Kimishima se ven obligados a encontrar un doctor de Holy. ¿Pueden conseguir con éxito un médico de Holy para ayudarlos? Y si es así, ¿escaparán con sus vidas?

Con mucho resentimiento hacia Hold y Holy, algunos Native Alters, entre ellos Kazuma y Kimishima, planean un ataque contra una camioneta de carga Holy. Sabiendo esto, Holy plats una trampa. ¿Tendrán los Native Alters una oportunidad contra Cougar, Urizane y Eelian? ¿Y qué pasará cuando Kazuma y Ryuhou se encuentren una vez más en la batalla?

Atrapados bajo tierra, Kazuma y Tachibana llaman a una tregua temporal para encontrar una salida. Cuando encuentran una salida, aparece un monstruo gigante. Kazuma instantáneamente recurre a atacarlo, lo cual Tachibana desaprueba. Cuando Kazuma está atrapado y se encuentra a pocos minutos de la muerte, ¿Tachibana lo ayudará o dejará que Kazuma muera?

Después de que le dijeran que debe volver a entrar en Holy para rescatar a los demás, Kazuma carga contra la puerta principal. Desafortunadamente, un miembro Santo, Unkei usa su alter, el Script Loco, para controlar Kazuma y los eventos que lo rodean. ¿Puede Kazuma salir del guión? ¿O va a ser parte de Mad Script de Unkei para siempre? ¿Y puede él rescatar a Ayase y los demás a tiempo?

Con el deseo de detener a Holy de una vez por todas, Kazuma se aventura en el bosque de Alter con la esperanza de obtener más poder. ¿Puede sobrevivir a través del bosque y enfrentarse al Alter Crystal? Y cuando Mimori actúa, ¿qué secreto oscuro descubrirá en la base de datos de Holy?

Kazuma y Kimishima llegan a una ciudad de habitantes que aman a Holy debido a un hombre llamado Emergy Maxfell. Sin caer en su trampa, Kazuma y Kimishima golpearon a Emergy y lo obligaron a mostrar sus verdaderos colores. Desafortunadamente, el alter de Emergy solo aparece cuando está en apuros, y debido a que Kazuma lo golpea, eso es exactamente en lo que está. ¿Puede Kazuma vencer a Emergy y su Super Pinch Crisis? ¿Y qué sucederá cuando Mimori confronte a Jigmar acerca de la verdad?

Después de revelar que ella sabe la verdad sobre las alteraciones y Holy to Commander Sigmar, Mimori es arrojada a una celda. Allí, ella recuerda los eventos de los últimos 10 episodios de la serie. También explica los eventos del terrible terremoto y el nacimiento de Lost Ground hace muchos años. Pero, ¿puede Mimori escapar de su cárcel y contar su historia? Y, con Holy cerca, ¿qué encontrará Kazuma cuando vaya a recoger a Kanami?

Hold sigue decidiendo qué hacer con la ciudad que capturó del final del episodio anterior. Kimishima se va a casa y encuentra a Kanami, ¡quien no fue secuestrada después de todo! Él le dice a ella que huya, pero antes de que salgan de la casa, Hold los intercepta y los arrastra al campamento con el resto de la gente del pueblo. En el campamento se acusa a Kazuma de ser responsable de la destrucción. Kimishima defiende a su amigo frente a la gente del pueblo y huye de la escena, junto con Kanami.

Queriendo venganza por la muerte de su amigo, Kazuma ataca un campo de detención. Al oír las noticias, Ryuhou se dispone a encontrarlo. Los dos finalmente se encuentran y pelean. Mimori y Tachibana logran alcanzarlos, al igual que Urizane y Sherrice. ¿Cuál será el resultado de su batalla mortal? Y, ¿qué efecto tendrán sus combates en Lost Ground?

Ocho meses después de la pelea y desaparición de Kazima y Ryuhou, Mimori, Tachibana y Cougar buscan en el Lost Ground, buscando respuestas y el paradero de sus amigos. En otros lugares, Kanami es capturado y obligado a trabajar en un campo de trabajo. ¿Será salvada de la labor agotadora? ¿Y quién es exactamente Kyouji Mujyo y qué conexión tiene él para cambiar a todos los usuarios?

Sin recordar nada, Kazuma se ve obligado a luchar en un campo de lucha de Alter. Mimori y Tachibana aparecen e intentan que Kazuma recuerde, pero sin éxito. ¿Kazuma recordará alguna vez? ¿Y si lo hace, qué parte de su pasado se lo permitirá? En otros lugares, Kanami y Ryuhou se acercan. Pero, ¿qué sucederá cuando aparezca una camioneta de carga en el campamento pequeño y amenace la libertad de todas las personas allí?

Sou Kigetsuki y Unkei, junto con las Tres Hermanas Tokonatsu, idean una llanura contra Ryuhou. Quieren ver qué tan poderoso se ha vuelto desde que vio el "otro lado". ¿Ryuhou caerá bajo el alter de Unkei y se convertirá en parte de su guión? ¿Y puede Ryuhou recuperar su memoria y salvar a Kanami?

Ayase y Kazuma se ven obligados a luchar entre sí. Ayase explica que después de ser capturados por Holy, experimentaron con ella y la hicieron más poderosa. Ahora, si ella quiere que su hermano moribundo se mejore, tiene que matar a Kazuma. ¿Puede Kazuma superar el nuevo alter de Ayase? ¿O cederá Kazuma y decidirá que está mejor muerto? ¿Y qué pasará cuando aparezca Kyouji?

Queriendo encontrar a Kazuma, Kanami se pone en marcha. Ryuhou la acompaña para protegerla, mientras Sherrice se queda atrás y mira el pueblo. Mientras tanto, Cougar informa a Mimori y Tachibana que él sabe dónde está Ryuhou. Los dos se pusieron en marcha para encontrarlo, pero en su lugar se encontraron con Biff. ¿Tachibana será lo suficientemente fuerte como para enfrentarse y derrotar a Biff? ¿Y qué pasará cuando Cougar se encuentre con Kazuma?

Sherrice es atacada por los dardos liderados por Kigetsuki y su alter, Tokonatsu Three Sisters. Justo cuando parece sombrío para Sherrice, Ryuhou y los demás aparecen. Pero, ¿puede Ryuhou contraatacar sabiendo que las vidas de los aldeanos están en peligro? ¿Y logrará Kigetsuki que Ryuhou abra una puerta trasera? Mientras tanto, Cougar y Kazuma se dirigen a la escena. ¿Pueden llegar a tiempo?

Después de reunirse después de tanto tiempo, Kazuma y Kanami rememoran el pasado. En otros lugares, Ryuhou, Tachibana, Sherrice, Mimori y Cougar discuten su próximo plan de acción. Pero, ¿qué sucede cuando Biff aparece repentinamente y toma a Kanami como rehén? ¿Y Kazuma se unirá a Ryuhou y los demás para detener a Holy?

Después de que Kyouji Mujyo tome como rehén a Kanami, tanto Kazuma como Ryuhou deciden salir solos y rescatarla. El puma los detiene, diciéndoles que deben trabajar juntos e ir con todos los demás como grupo. Mientras tanto, Mujyo todavía está empeñado en que Kazuma y Ryuhou abran la otra dimensión. ¿Lo harán sin saberlo cuando el satélite Holy Eye amenace con destruir el pueblo? ¿Y pueden los dos trabajar juntos para salvar a Kanami?

Kazuma y Ryuhou irrumpen en la fortaleza de Kyouji Mujyo. Se separan por el momento y cada uno se encuentra con un antiguo aliado. ¡Martin Jigmar se enfrenta a Ryuhou, revelando toda la verdad y su cambio! ¿Puede Ryuhou encontrar su poder oculto y la poderosa alteración de la remolacha Jigmar? ¿Y puede Kazuma vencer a Biff, un antiguo aliado?

Mimori y Cougar se encuentran con Kyouji Mujyo. Cougar le dice a Mimori que siga adelante y encuentre el generador de energía principal para poder debilitar a Mujyo. Pero, ¿puede Cougar ganar contra el nuevo y poderoso Mujyo? En otros lugares, Kazuma está teniendo algunos problemas propios cuando su mano derecha pierde todo sentimiento. ¿Puede seguir luchando? Mientras tanto, Ryuhou finalmente se encuentra con la Forma Cristalizada. ¿Es lo suficientemente fuerte como para vencerlo, o Ryuhou morirá?

Kazuma y Ryuhou finalmente se encuentran con Kyouji Mujyo. Kazuma lo toma mientras Ryuhou lucha contra la Forma Cristalizada. ¿Son los dos lo suficientemente poderosos para ganar?

Después de la derrota de Mujyo, el continente interviene para limpiar todo. Pero, estas son malas noticias para Kazuma y Ryuhou, ya que el continente todavía no ha terminado con ellas. Kazuma y Ryuhou se despiden de sus seres queridos y se dispusieron a luchar en el continente. ¿Será su último adiós, o vencerán el continente y volverán?

Con la reconstrucción de Lost Ground e Inners, Kazuma y Ryuhou pueden finalmente luchar, sin distracciones. Pero, ¿hasta dónde llegarán? ¿Pueden sobrevivir a su batalla?