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数马是生活在失落国度的原住民阿尔特能力者。他用飞机袭击绑架者并完成委托后，被霍尔德的警察组织与神圣部队视为危险罪犯。数马击败叛变头目比夫、救下同伴，也表现出对神圣部队强烈的敌意。

神圣部队的组织结构和刘凤的信念逐渐展开，同时也回顾刘凤与桐生水守初次相遇的经过。刘凤和水守都开始在意被称为原住民能力者的数马，后者也成为神圣部队关注的目标。

数马被神圣部队捕获后，被迫在加入 HOLY 与继续监禁之间作出选择。同情他的水守擅自放走他，数马必须在神圣部队总部内突破封锁，避开库卡等人的追击并翻越通往原住民居住区的围墙。

听说数马逃出神圣部队后，新委托人寺田绫濑雇佣数马与君岛，营救她生病的弟弟和遭霍尔德扣押的村民。他们必须击败控制营地的辰波，并带村民安全逃离。

数马和君岛完成任务回家后，发现佳奈美病倒在地。两人没有足够医疗知识，只能冒险前往神圣部队寻找医生，并在敌军戒备中护送医生返回。

一些原住民能力者计划袭击神圣部队的运输车，数马与君岛也参与其中。神圣部队早已知情并设下陷阱，原住民不得不面对库卡、乌里赞和艾里安，而数马与刘凤也再次交锋。

数马与橘飞鸟被困地下，只能暂时休战寻找出口。两人发现通道时又遭巨大怪物袭击，数马主张直接攻击，飞鸟却担心引发坍塌。数马落入绝境后，飞鸟必须在救人与否之间作出选择。

为了救回绫濑等被抓的同伴，数马直接冲进神圣部队总部，却落入云庆的阿尔特“疯狂剧本”。云庆能控制数马和周围事件的发展，数马必须摆脱剧本安排并及时救出被困者。

数马为了彻底对抗神圣部队，进入危险的阿尔特森林寻找更强力量，并挑战阿尔特水晶。与此同时，水守开始追查神圣部队的数据库，发现了关于阿尔特能力者的黑暗秘密。

数马和君岛来到一座崇拜神圣部队的城镇，幕后操纵者是艾默吉·麦克斯菲尔。数马拒绝他的陷阱并揭穿真相，却意外让艾默吉进入其阿尔特真正发动的“绝境状态”。水守也正面质问吉克马尔。

水守向吉克马尔司令坦白自己已经知道阿尔特与神圣部队的真相，因此被关进牢房。她回顾过去十集中发生的事件，并解释大隆起与失落国度诞生的原因；数马则在另一边前去接佳奈美。

霍尔德决定处置上一集中被俘的城镇。君岛回家后发现佳奈美并未被抓走，连忙带她逃跑，却被霍尔德拦截并送往营地。数马被村民指责造成灾难，君岛挺身辩护，随后与佳奈美逃离。

为了替死去的朋友复仇，数马袭击霍尔德营地。刘凤得知后前去寻找他，两人最终相遇并展开决战。水守、飞鸟、乌里赞与雪莉也陆续赶到，而两人的力量将再次引发失落国度的地壳异变。

数马与刘凤在决战后失踪已经八个月。水守、飞鸟与库卡继续在失落国度寻找答案；佳奈美则被俘并在劳改营强制劳动。神秘人物无常矜侍开始行动，他与所有阿尔特能力者的关系也逐渐浮现。

数马失去记忆，被迫在阿尔特斗技场战斗。水守和飞鸟找到他并试图唤醒记忆，却始终没有成功。另一边，佳奈美与刘凤在营地中逐渐拉近关系，霍尔德运输车又逼近众人栖身的小村。

无常矜侍与云庆联合常夏三姊妹设计对付刘凤，想测试他从“另一侧世界”归来后得到的力量。刘凤一旦被云庆的剧本控制，就可能丧失自我，却必须设法救出佳奈美。

寺田绫濑被迫与数马交战，她说明自己被神圣部队俘获后遭人体实验，阿尔特能力被大幅强化。为了让垂死的弟弟获救，她只能杀死数马。数马必须面对强化后的绫濑，而矜侍也即将现身。

佳奈美为寻找数马独自出发，刘凤陪同保护，雪莉则留在村中。库卡告诉水守和飞鸟自己知道刘凤的位置，两人追踪途中却先遇上比夫。飞鸟必须证明能否击败比夫，库卡也终于与数马会面。

雪莉遭吉月率领的“暗灵”与常夏三姊妹阿尔特袭击。危急时刻，刘凤等人赶来，但村民的性命受制于敌人，刘凤无法全力战斗。吉月企图逼迫他打开阿尔特之门，数马与库卡也正赶往现场。

数马与佳奈美久别重逢，一同回忆过去。刘凤、飞鸟、雪莉、水守和库卡则商议下一步行动；比夫突然现身并绑架佳奈美，数马必须决定是否与刘凤等人联手反抗神圣部队。

无常矜侍抓走佳奈美后，数马与刘凤都想独自营救，库卡却阻止他们，强调必须全员协力。矜侍仍执意让两人打开异世界之门，并以卫星“神圣之眼”威胁摧毁村庄。

数马与刘凤潜入矜侍的堡垒后分头行动，各自遭遇旧日对手。马汀·吉克马尔向刘凤揭示关于神圣部队与阿尔特力量的全部真相，并展现自己的强大能力；数马则再次面对比夫。

水守和库卡遭遇矜侍，库卡让水守去破坏主发电机以削弱敌人，自己留下与实力大增的矜侍交战。数马的右手逐渐失去知觉，却仍要继续战斗；刘凤也终于遇见结晶化的强敌。

数马和刘凤终于抵达无常矜侍面前。数马负责拖住矜侍，刘凤则迎战结晶化形态的敌人，两人必须把各自的力量与信念发挥到极限，才能阻止异世界之门打开。

矜侍被击败后，大陆势力立即介入接管失落国度，并把数马与刘凤视为新的威胁。两人向重要的人告别，决定主动迎战大陆；这场战斗可能让他们再也无法回来。

失落国度与城市开始重建，数马与刘凤终于能在没有敌人干扰的情况下进行真正的决斗。两人都走到了力量与意志的尽头，这场战斗将决定他们各自的未来，也见证重新获得自由的土地。