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Los residentes de Wayward Pines luchan contra el gobierno opresivo de la primera generación. El Dr. Theo Yedlin, un nuevo residente de Wayward Pines, despierta de un coma y se encuentra en medio de esta rebelión, mientras trata de entender lo que es realmente Wayward Pines y ayudar así a preservar la raza humana en peligro de extinción.

Theo descubre la verdad y su propósito para estar en Wayward Pines. CJ lanza un proyecto vital y potencialmente mortal fuera de la valla.

La enfermera Pam vuelve a surgir como una amenaza letal para la ciudad; el pasado de Jason es revelado.

Xander regresa a Wayward Pines con un invitado inesperado; CJ lleva a un valiente grupo en una expedición más allá de la valla.

La creación de Wayward Pines es revelada; Megan experimenta con la primea mujer; Abby y Frank luchan con sus problemas personales.

Los Abbies atacan a CJ y a los segadores, dejando a Teresa en grave peligro y a la ciudad con niveles alarmantes de suministros. Entonces, Theo construye una unidad de evaluación improvisada, pero puede que no sea capaz de arreglar su matrimonio con Rebecca. Además, Xander todavía tiene asuntos pendientes que le conciernen cuando Jason cuestiona sus capacidades para liderar.

CJ reflexiona sobre su vida y las grandes responsabilidades que ha tenido durante tantos años; Theo y Megan discrepan sobre la inteligencia de los Abbies.

Jason y sus soldados organizan una búsqueda para capturar a Margaret y Wayward Pines comienza deshacerse de las grietas creadas por las presiones tanto de dentro como de fuera.

Pilcher vuelve en busca de su Elegido. Por otro lado, mientras los Abbies se acercan Jason toma una decisión fatal y Theo y Xander deben dejar a un lado sus diferencias para detenerlo antes de que la raza humana desaparezca.

Theo se ve obligado a tomar una decisión que podría sellar el destino de la humanidad.