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Il dottor Theo Yedlin si sveglia dalla sospensione nella cittadina di Wayward Pines nel bel mezzo della ribellione contro la dittatura della Prima Generazione.

Theo viene a conoscenza della verità su Wayward Pines e sul perché si trova lì. Intanto, CJ guida un progetto potenzialmente letale fuori dalla città.

L'infermiera Pam torna a farsi viva in città, apparentemente per farsi accettare dalla comunità. Ma le sue reali intenzioni sono ben altre.

Abbrutito dalla sua vita fuori dalla recinzione e visitato da continue allucinazioni, Xander fa il suo ritorno a Wayward Pines, insieme ad un 'ospite' inaspettato.

Un lungo flashback mostra la verità sul passato di Rebecca Yedlin. Intanto viene catturato il primo esemplare abbie di sesso femminile.

Gli abbie aggrediscono CJ e i coltivatori: come conseguenza le provviste di cibo della città diminuiscono drasticamente. Intanto Theo cerca di organizzare un triage ospedaliero.

Insieme a CJ percorriamo i secoli, scoprendo quale è stato il suo ruolo cruciale nell'evoluzione della specie umana.

Mentre Theo decide di chiedere l'aiuto di Hassler per catturare Margaret, Xander si confronta con Rebecca sull'argomento della sua salute.

Mentre Jason prende una decisione completamente folle, Theo e Xander devono mettere da parte le divergenze per salvare la città e la razza umana.

Theo è costretto a prendere una decisione terribile per poter preservare il futuro stesso della specie umana.