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La amenaza del gigantesco monstruo invocado por Caster en el río Mion pone en riesgo el secreto de la magia ante el mundo entero. Tokiomi Tohsaka intenta convencer a Archer de usar su Noble Phantasm para destruirlo, mientras Kiritsugu Emiya planea eliminar la fuente de poder de la criatura cortando el suministro mágico.

Rider atrapa al monstruo dentro de su Reality Marble para ganar tiempo valioso. Mientras los demás Espíritus Heroicos idean un plan definitivo, una llamada táctica de Kiritsugu fuerza a Lancer a tomar una trágica y desgarradora decisión para permitir que Saber desate su verdadero poder.

Lancer y Saber se reencuentran para concluir su duelo de honor suspendido. Sin embargo, los métodos fríos e implacables de Kiritsugu interfieren de manera cruel en el combate, provocando un desenlace sangriento que destruye los ideales de la caballería y horroriza a Saber.

Se formaliza un acuerdo entre las familias Tohsaka y Einzbern para hacer frente a las amenazas restantes: Rider y Berserker. Mientras tanto, se revela la verdadera naturaleza biológica de Irisviel como recipiente del Grial y Kirei Kotomine comienza a trazar su propio camino al margen de la Iglesia.

Un viaje al pasado explora la infancia de Kiritsugu Emiya en la isla Alimango. Su padre, Noritaka Emiya, realiza investigaciones místicas prohibidas para lograr la inmortalidad, desencadenando un trágico incidente que cambiará la vida de Kiritsugu para siempre.

Acompañado por la mercenaria Natalia Kaminski, Kiritsugu aprende las técnicas del asesinato y el uso de armas de fuego. A medida que su relación se fortalece como la de una madre e hijo, una peligrosa misión a bordo de un avión de pasajeros lo enfrenta a una dura lección sobre el sacrificio y su ideal de justicia.

La salud de Irisviel se deteriora rápidamente a medida que el recipiente del Grial acumula las almas de los Servants caídos. Mientras Kiritsugu prepara sus armas para el asalto final, un ataque por sorpresa en su refugio culmina con el secuestro de Irisviel, sumiendo la misión en el caos.

Creyendo que Rider es el responsable del secuestro de Irisviel, Saber lo persigue a gran velocidad por las calles nocturnas de Fuyuki a bordo de su motocicleta. Mientras tanto, Kirei Kotomine manipula los acontecimientos desde las sombras con la ayuda de un nuevo e imprevisto aliado.

Kiritsugu y Saber intensifican la búsqueda desesperada de Irisviel. Mientras el recipiente del Grial empieza a manifestarse, Kirei Kotomine descubre su auténtico y oscuro propósito en la vida, dejando todo listo para el enfrentamiento decisivo en el centro civil de Fuyuki.

La fase final de la guerra desata combates simultáneos: Saber se enfrenta a la furia indomable de Berserker —revelando la trágica identidad del caballero negro—, mientras Rider desafía a Archer en un último y majestuoso duelo de reyes.

Kiritsugu Emiya y Kirei Kotomine se enfrascan en un brutal combate a muerte mano a mano. Mientras sus ideales colisionan, el Santo Grial se desborda, llevando a Kiritsugu a una visión reveladora donde debe tomar la decisión más difícil de su vida y dar una orden desgarradora a Saber.

El Santo Grial demuestra ser una masa corrupta de destrucción que devasta el centro de la ciudad de Fuyuki. En medio de las cenizas y el dolor, Kiritsugu busca desesperadamente a algún superviviente de la tragedia, encontrando un pequeño rayo de esperanza que conectará el pasado con el futuro.