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Saber, Lancer et Rider combattent côte à côte pour unir leurs forces héroïques contre Caster, mais le monstre se régénère sans cesse à un rythme prodigieux.

Saber et Rider réévaluent leur stratégie d'attaque contre Caster, forçant Lancer à faire un choix difficile. Pendant ce temps, Kariya se bat contre Tokiomi.

Alors que les héros récupèrent de leur victoire contre Caster, deux chevaliers commencent à s'affronter, dans les règles de l'honneur et du respect.

Alors que les combattants sont éjectés les uns après les autres de la compétition, Saber reçoit une invitation à former une alliance, et Iri avoue un secret à Maiya.

Sur une île des Philippines, le jeune Kiritsugu découvre l'horrible vérité sur les expériences menées dans le laboratoire de son père.

Le jeune Kiritsugu se forme auprès de la mercenaire Natalia, laquelle voyage autour du monde pour répondre aux diverses missions qui lui sont confiées.

Iri s'affaiblit à mesure que la guerre approche de son apogée. Quand il apprend que Saber et Rider se préparent à se battre, Kiritsugu décide de tuer Tokiomi.

Saber et Kiritsugu essaient de suivre la piste du kidnappeur d'Iri. Une tragédie se déroule dans l'église où Kariya compte affronter Tokiomi.

Kirei interroge Iri sur Kiritsugu, pendant que Waver se résout à donner son pouvoir à Rider, invoqué à se battre en duel contre Archer.

Alors que les équipes se précipitent vers le champ de bataille, Berserker révèle son identité à Saber. Rider et Waver sont interceptés avant d'arriver sur les lieux.

Kiritsugu découvre un aspect inattendu du Saint-Graal qui le force à revoir ses motifs d'un autre œil. Il se trouve enfin face à Kirei.

Kiritsugu exige la destruction du Saint-Graal, mais les dommages vont plus loin que prévu et cette élimination fait resurgir un visage familier.