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Takeru Kusanagi es capitán del 35º Pelotón de Pruebas de la Academia Antimágica, al cual van a parar los cadetes más inútiles. En seis meses han sido incapaces de conseguir ningún punto. Sin embargo a ellos se une Ouka Ohtori, una agente consagrada que, por algún motivo que desconocen, ha sido degradada. ¿Cambiará la actitud del pelotón su llegada?

Kusanagi sigue buscando la forma de acercarse más a Ouka, pero esta no parece ceder, y menos cuando descubre que uno de los miembros del Pelotón de Perdedores está destinado a algo grande. Mientras tanto, un Einherjar ataca la academia con intención de liberar a los dignatarios de Valhalla capturados en ella, y lo hace con una invocación demasiado poderosa como para que puedan detenerla.

Una bruja llega a la Academia Antimágica como estudiante. Pese a su gran poder mágico, ha perdido la memoria y ahora quiere formar parte de la Inquisición. El director la coloca en el Pelotón de perdedores, pero la chica tiene una personalidad que choca directamente con la de Ohtori. ¿Qué hay detrás de todo esto? Mientras tanto, comienza el torneo de la Academia.

Haunted ataca la academia cuando los protagonistas están en pleno combate del torneo de la Academia. Mientras tanto, Ohtori ha descubierto que Mari es en realidad una bruja, sin embargo, al analizar los crímenes de los que se le acusan encuentra algunas contradicciones...

El nuevo presidente del comité estudiantil anuncia que la academia retomará el festival de la cacería de brujas, en el cual los alumnos podrán obtener tanto puntos como dinero, dos cosas que interesan mucho a Takeru. Sin embargo, los problemas de Usagi podrían apartarla para siempre del pelotón.

Los planes de Tenmyouji con el festival parecen tener un motivo oculto tras ellos, y las pruebas apuntan a que no es quien dice ser, al menos no completamente. Usagi es la primera en sufrir ante sus desmanes, y la academia entrará nuevamente en pie de guerra.

El director habla con Suginami sobre la Matriz Perdida, algo que podría utilizarse para crear elfos y que desapareció cuatro años atrás, aunque ella dice no saber nada. Sin embargo, abandona la academia con un destino incierto. ¿Qué oculta Suginami? ¿Cuál es su pasado?

Mientras Suginami ha marchado con su hermana, Takeru y el resto de sus compañeros acuden en su ayuda. La verdad sobre Suginami sale a la luz.

Dos pequeñas historias más amenas y relajadas. En la primera, el pelotón protagonista se enfrenta a un peculiar artefacto mágico que tendrá efectos inesperados. En la segunda, una misión en una playa en la que el verano parece ser eterno.

Kiseki, la hermana de Takeru, vive recluida en unas instalaciones debido a que es una amenaza de clase SS. Su poder se descontrola y podría llegar a consumir el mundo, pero quiere poder ver a su hermano de nuevo y eso traerá problemas.

Takeru se niega a cumplir la petición de su hermana y matarla. Pese a su maldición, su objetivo es protegerla y crear un lugar para ella en el mundo. Sin embargo, la Inquisición se la arrebatará de las manos, y no son los únicos interesados en ella...

Takeru ha caído luchando por salvar a su hermana de las garras de quienes quieren utilizar su maldición para acabar con el mundo. La ayuda llega, pero por desgracia, tampoco es suficiente. ¿Qué decisiones tomarán en esta situación desesperada?