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Décadas después de que el Gran Grial fuera robado de Fuyuki, la Asociación de Magos recluta al nigromante Kairi Sisigou para participar en la inminente Gran Guerra por el Santo Grial.

A pesar de sus dudas respecto a las extrañas circunstancias de su invocación, Ruler se dirige al campo de batalla en Trifas, Rumania, para arbitrar la Gran Guerra por el Santo Grial.

Un joven homúnculo intenta escapar tras despertar dentro de un tanque de incubación. Justo cuando sus fuerzas se agotan, Rider de Negro aparece para socorrerlo.

Berserker de Rojo se aproxima a la fortaleza de la Facción Negra, momento que el clan Yggdmillennia y sus Servants aprovechan para ponerse en marcha.

Saber de Negro desaparece tras entregar su corazón al joven homúnculo. Conmovida por el sacrificio, Ruler jura hacer todo lo que esté a su alcance para garantizar la libertad del joven.

Ante la sospecha de que un Servant podría estar detrás de una serie de espantosos asesinatos que aterrorizan a Rumania, la Asociación de Magos envía a Kairi Sisigou a investigar.

Fiore viaja a Sighisoara para cazar a Assassin de Negro y se enfrenta a Sisigou en combate. En medio del peligro, una figura familiar acude en su ayuda.

La Gran Guerra por el Santo Grial entra en una nueva fase cuando las facciones Roja y Negra se enfrascan en un enfrentamiento directo. Tanto Ruler como Sieg se dirigen al campo de batalla.

En medio del fragor de la batalla, Rider de Rojo descubre la verdadera identidad de Archer de Negro, lo que lo obliga a enfrentarse a su antiguo maestro.

Sieg decide hacer frente a un temible enemigo para proteger a su salvador, Rider de Negro. Aunque se encuentra débil, pronto se le une una frenética Berserker de Negro.

La batalla entre los Lancers de Rojo y Negro se intensifica sin que ninguno ceda terreno. Observando el combate, Darnic trama un plan para conseguir lo que desea.

Ruler y la Facción Negra se precipitan hacia los Jardines Colgantes en persecución de la Facción Roja, quienes ahora tienen en su poder el Gran Grial.

Sieg admite que no puede abandonar su deseo de ayudar a sus hermanos homúnculos, por lo que Rider de Negro le brinda su apoyo incondicional justo antes de que aparezca Celenike.

A pesar de la ciega admiración que Roche siente por Avicebron, Caster de Negro le revela sus verdaderas razones para traicionar a la Facción Negra.

Para detener a Shiro, Fiore —como líder interina del clan Yggdmillennia— propone un ataque conjunto a los Jardines Colgantes junto a Sisigou y los demás.

Cuando la misteriosa Jack el Destripador reaparece para masacrar a más magos, Fiore diseña una estrategia para acorralar a la asesina.

Mientras caminan por la ciudad con la esperanza de atrapar a Jack el Destripador, Sieg y Jeanne observan a los lugareños y reflexionan sobre lo que significa ser humano.

Atrapada en la pesadilla de Jack el Destripador llena de niños perdidos y abandonados, Jeanne toma una trascendental decisión para dar descanso a sus almas.

Los Jardines Colgantes se alejan rápidamente y la oportunidad para la batalla final se agota. Caules presiona a Fiore para que tome una decisión crucial.

La alianza del clan Yggdmillennia realiza sus preparativos finales antes de marchar hacia los Jardines Colgantes. Jeanne le recuerda a Sieg el poder que reside en su interior.

Chiron se enfrenta a su antiguo discípulo Aquiles en un combate a puño limpio. Mientras Astolfo y Sieg atacan los Jardines Colgantes, Sieg toma una decisión determinante.

Consumida por la furia e incapaz de perdonar a Ruler por lo sucedido con los niños de Jack el Destripador, Atalanta la desafía a un duelo a muerte.

Un despiadado ataque de Semíramis deja gravemente heridos a Kairi y Mordred. Mientras tanto, Shakespeare arrastra a Jeanne a un doloroso viaje por su pasado.

Shiro declara haber alcanzado la Tercera Magia para "salvar al mundo", pero Jeanne se opone firmemente al considerar que sus creencias son erróneas.

Shiro y Semíramis se reconcilian consigo mismos mientras su mundo se derrumba a su alrededor. En un último intento por cambiar el destino, el joven Sieg toma una decisión trascendental.