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Kairi Sisigou, un nécromancien, est recruté par l'Association des Mages pour participer en tant que Master de la faction Rouge dans la Grande Guerre du Saint Graal contre la famille Yggdmillennia, représentant la faction Noire. Pendant ce temps, Darnic Prestone Yggdmillennia et sa famille préparent leur propre équipe de Servants pour la guerre imminente.

Jeanne d'Arc est invoquée en tant que Servant de classe Ruler pour superviser la Grande Guerre du Saint Graal. Elle prend possession du corps d'une jeune fille nommée Leticia et se dirige vers la Roumanie. Pendant ce temps, les Servants de la faction Noire sont identifiés, et Sisigou rencontre son propre Servant, Mordred.

Un homunculus sans nom s'échappe de son tube au château Yggdmillennia et est aidé par Astolfo. Jeanne est attaquée par Karna en route vers la Roumanie, mais le combat est interrompu par l'intervention de Siegfried.

Spartacus continue d'avancer vers le château Yggdmillennia, tandis qu'Achille et Atalanta l'observent. Le homunculus s'interroge sur le but de son existence. Vlad III et les autres Servants de la faction Noire élaborent une stratégie pour gérer les menaces imminentes.

Le conflit entre les factions Rouge et Noire s'intensifie. Les Servants des deux camps s'affrontent dans des batailles féroces, tandis que Jeanne d'Arc tente de maintenir l'ordre en tant que Ruler.​

Mordred, Servant de la faction Rouge, confronte son passé et ses motivations. Pendant ce temps, les plans des deux factions évoluent, menant à des alliances inattendues et des trahisons.​

Le homunculus, désormais nommé Sieg, cherche à comprendre sa place dans le monde. Aidé par Astolfo et Jeanne, il décide de se battre pour sa propre liberté et celle des autres homunculi.

Les deux factions se préparent pour une bataille décisive. Les Masters et leurs Servants élaborent des stratégies complexes, tandis que le champ de bataille est prêt à s'embraser.

Les combats atteignent un point culminant avec des affrontements spectaculaires entre Servants. Les véritables pouvoirs et intentions de chacun commencent à se révéler.​

Les conséquences des batailles précédentes se font sentir. Des pertes sont subies, et les survivants doivent faire face aux répercussions de leurs actions.

Alors que la guerre continue, des liens se forment entre certains personnages, apportant un éclair d'espoir au milieu du chaos.

Ruler et la Faction Noire se précipitent à la poursuite de la Faction Rouge qui est désormais en possession du Graal Supérieur.

Les Masters restants sont confrontés à des choix difficiles alors que la guerre approche de sa conclusion. Les vérités cachées émergent, bouleversant les alliances.

Les personnages cherchent la rédemption et le pardon pour leurs actions passées. Les thèmes de sacrifice et de salut sont explorés en profondeur.

Alors que certains choisissent de continuer le combat, d'autres décident de suivre une voie différente, menant à des séparations émotionnelles.

L'identité et les motivations du Servant Assassin de la faction Noire, Jack l'Éventreur, sont explorées, révélant une histoire troublante.

Les rêves et aspirations des personnages sont mis en lumière, contrastant avec la dure réalité de la guerre.

Les ténèbres du passé rattrapent certains personnages, les confrontant à leurs pires cauchemars.

Alors que l'aube se lève, les combattants se préparent pour la bataille finale, conscients que tout pourrait se terminer bientôt.

Les affrontements atteignent des sommets vertigineux, avec des combats aériens et des démonstrations de pouvoirs impressionnantes.

Une attaque précise et dévastatrice change le cours de la bataille, mettant en péril les plans de l'une des factions.​

Des retrouvailles émouvantes ont lieu, mais sont rapidement suivies de séparations douloureuses

Alors que la bataille atteint son paroxysme, Sieg et Jeanne d'Arc affrontent Shirou Kotomine dans une confrontation décisive. Shirou révèle ses véritables intentions et le souhait qu'il désire exaucer avec le Saint Graal. Pendant ce temps, Mordred et son maître, Kairi Sisigou, poursuivent leur propre mission, se dirigeant vers la salle du Graal pour affronter Semiramis.

La confrontation entre Shirou Kotomine et les défenseurs du Saint Graal atteint son apogée. Jeanne d'Arc et Sieg unissent leurs forces pour empêcher Shirou d'exaucer son souhait controversé. Semiramis, la reine de Saba, dévoile toute l'étendue de ses pouvoirs pour protéger Shirou, menant à des affrontements intenses et des sacrifices déchirants.

Dans le dénouement de la Grande Guerre du Saint Graal, les survivants font face aux conséquences de leurs choix et aux pertes subies. Sieg prend une décision cruciale concernant le Saint Graal, déterminant le destin de nombreux personnages. La guerre se termine, laissant place à un nouvel avenir façonné par les actions de chacun.