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Babbo se está resquebrajando y hay que llevarlo a Caldia para que lo reparen. Belle, Alviss, Dorothy y Ginta deciden llevar a Andarta para llegar allí. Pinocchion aparece y ataca a Dorothy, destruyendo su Andarta. Kouga aparece para luchar contra Alviss, y Giromu ataca a Ginta, casi matándolo. El equipo MÄR derrota a su enemigo y continúa su camino hacia Caldea en la alfombra mágica de Ed.

Girom, Kouga y Pinnochion atacan a Caldia en planes para capturar al Gran Anciano de Caldia. Dorothy y Ginta, sin embargo, aparecen y derrotan a los tres.

Ian persigue a Chimera con la esperanza de derrotarla y revertir la transformación de Gido. Quimera es más que un rival para Ian al principio, aunque Ian gana ventaja al usar inteligentemente su Moon Fall. Finalmente, mostrando humanidad, Chimera, antes de morir, rompe la maldición sobre Gido y desea que los dos tengan una vida feliz juntos. Quimera es vista por última vez con los ojos de vuelta a sus propios ojos normales y compasivos.

Con la ayuda de Andarta de Pozun, Ginta y el resto del equipo MÄR asaltan el castillo de Lestava para rescatar a Snow. Para llegar a Snow, primero deben atravesar una barrera de Piezas de Ajedrez y entre ellas, el responsable del secuestro de Snow, el Caballero Magical Roe. Magical Roe, una vez derrotado por Ginta y Alan, se da cuenta de sus fechorías y elige morir para salvar a la princesa, para gran sorpresa de los dos.

En su camino para desterrar a Phantom de la existencia de una vez por todas, Dorothy y Alviss son atacados por los secuaces más devotos de su objetivo, Candice y Rolan.

Phantom revela sus esfuerzos finales para derrotar al equipo MÄR, el Ghost Chess, un poderoso grupo de usuarios de Ghost ÄRM más leales a Phantom. Su líder, Kapel Meister usa un ÄRM fantasma para acelerar el proceso de Zombie Tatoo de Alviss.

MÄR logra reunirse, y Nanashi encuentra un mapa. En el mapa está la isla de Barugain. El grupo deduce que esta es la guarida del Ajedrez Fantasma. Nanashi usa algunas extrañas habilidades de ladrón para llevar al equipo a la isla, pero su balsa se destruye en el camino hacia allí, y Allan tiene que lanzar al equipo usando a su guardián. Mientras tanto, Kapellmiester le roba a Alviss a Belle y Snow. Con ese éxito, el ajedrez fantasma es llamado a retirarse, pero antes de irse, las hermanas planas se fusionan con un guardián fantasma y atacan al equipo.

MÄR se entera de que Poko ha encontrado una entrada subterránea a la isla y se llevan a su ballena para entrar sin ser detectados. Mientras tanto, Alviss se dirige a ver a Phantom. Rolan no confía en el cambio de opinión de Alviss y trató de evitar que se encontrara con Phantom. Una vez que Alviss se encuentra con Phantom, Alviss comienza a sentirse atraído hacia el lado oscuro. Rápidamente ataca a Phantom e intenta insertar la llave en el pecho de Phantom, pero Phantom es demasiado poderoso y lo detiene fácilmente. El episodio termina con Alviss con una correa de cadena que sostiene Phantom.

Con Zombie Tatoo de Alviss hace que caiga bajo el control de Phantom, los demás terminan luchando contra Alviss.

Ginta, Dorothy y Belle se acercan al coliseo. Son recibidos adentro por los Misty Knights y Misty Hadju. Cuando se niegan a irse, los Misty Knights prometen matarlos. Mientras tanto, Loco intercambia cuerpos con el General para que Chaton pueda ser arrastrado a la prisión para estar con Allan. Allan y Nanashi se han convertido en ratas de prueba para un experimento Ghost ÄRM destinado a eliminar la necesidad de emociones humanas de Phantom.

El equipo MÄR termina capturado por Ghost Chess junto a Loco y Chaton. Justo antes de que los Caballeros Misty vuelvan a atacar a Ginta y Dorothy, el barco fantasma de Vestry llega y les avisa a los Caballeros que han sido engañados por el Ajedrez Fantasma. Ginta y Dorothy se enteran de que el propio Alviss tendrá que llegar antes de que se abra el camino hacia Klavier.

El equipo MÄR se dirige al coliseo con Alviss. Allí se encuentran con el ajedrez Fantasma, luchan para dejar que Alviss pase al Clavier. Loco sacrifica lo último de su poder mágico para salvar a Chaton y termina siendo un bebé. Alviss llega a Clavier, donde me encuentro con un niño pequeño que quiere salvar MÄR Heaven. Alviss deja que el chico tome el ÄRM. (Recibimos indicios de que el niño es en realidad un Alviss más joven).

El equipo MÄR impide que Kapellmeister y el Ghost Chess sigan a Alviss hacia Clavier. Durante la batalla, el uso de Sara de su Ghost ÄRM termina destruyéndola. Al ver que sus miembros de Ghost Chess no pueden derrotar a MÄR, Kapell los absorbe en su cuerpo para activar su último Ghost ÄRM. MÄR rápidamente lo derrota.

Alviss, Ginta y Dorothy regresan al castillo para matar a Phantom. Fueron detenidos por Rolan, quien dijo que solo Alviss podía seguir adelante con él. Cuando ambos llegaron a la sala del trono, Phantom, junto con Candice, habían desaparecido. Enfurecido, Rolan intentó matar a Alviss, pero se detuvo cuando escuchó al adolescente gritar de dolor.

La verdad de Snow finalmente se revela, que está conectada con Koyuki de la Tierra a través de la maldad de Diana, quien plantó una Piedra Mágica en la madre de Snow para que todo sucediera. Usando su conexión, Diana planea abrir un portal entre ambos mundos.

El Rey de las Piezas de Ajedrez finalmente se revela en un intento final de poner el mundo bajo su control. Para comenzar su plan, King mata a Alan con facilidad. Antes de morir, Alan le da sus últimas palabras al Equipo MÄR y le da a Chaton su pendiente.

Ginta y Dorothy se dirigen a Kaldea y terminan liberando al Gran Anciano de Kaldea después del ataque de Diana. Mientras tanto, Alviss, Jack, Snow y Nanashi se reencuentran con Pano que estaba robando comida. Cuando Garon y Leno terminan con el mismo destino que Alan, son atacados por King. Nanashi y Snow terminan convirtiéndose en sus próximas víctimas.

Después de la muerte de Nanashi y Snow, Ginta, Alviss, Dorothy, Ian y Ash descubren el plan de King para apoderarse de la Tierra. Cuando King ataca, Ash se convierte en su próxima víctima. Deja atrás un misterioso ÄRM.

Alviss se enfrenta a King y descubre que su identidad es Danna Toramizu, el padre de Ginta y quien ayudó a salvar a MÄR-Heaven hace seis años. Cuando Alviss estaba a punto de morir en manos de King, vio a Rolan y Phantom, quienes lo alentaron a levantarse y luchar, y también Bell (aunque ella no sabía que estaban allí).

Después de la muerte de Alviss, Ginta, Babbo y Dorothy se dirigen hacia el castillo flotante de Kaldean robado donde King se esconde. Una vez allí, Dorothy se enfrenta a Diana. Una vez que Diana es derrotada y asesinada, el Rey Danna-Orb llega y la mata.

Después de la muerte de Dorothy después de la muerte de Diana, Ginta se enfrenta al Rey Danna-Orb de la pieza de ajedrez. Durante la batalla, Ginta descubre que el alma de su padre estuvo dentro de Babbo todo el tiempo mientras el Orbe de Kaldea estaba en el cuerpo de Danna. Después de que el Orbe de Kaldea se retira de Danna, el Orbe de Kaldea toma su verdadera forma e invade la Tierra.

Con el Orbe de Kaldea en la Tierra, Ginta lleva la Gárgola de Babbo a la Tierra para la batalla final. Los dos terminan en Tokio, donde su batalla erradica la ciudad y destruye a gran parte de la población.