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ウォーゲームが終わり、レスターヴァ城に戻ったチェスの兵隊たちは、今後について迷っていた。中には直接メルのところに向かい、倒してやると意気込む者も。ギンタたちは、戦いで傷ついたバッボを修理するため、カルディアへ向かうことにするが、ドロシーがアンダータを使おうとした瞬間、何者かが襲ってきた！

バッボが割れて動かない！ギンタたちは修理のためカルディアに向かい、長老に修理を依頼するが、修復の可能性は五分と五分だという。だが、やるしかない！バッボに多くの魔力を注ぎ、修復が始まった。しばらくして、何者かが東の塔に侵入したとの連絡が入った。侵入者はギロム、コウガ、ピノキオンⅡの３人だった！

ウォーゲーム最終戦でドロシーに敗れ、姿を消したキメラを追うイアン。キメラの目的は、「究極のゴーストアーム」を手に入れることだった。亡霊たちが姿を現す火山には魔法陣があった。その中央に突き出たアーム、それが「究極のゴーストアーム」だった。それを手に入れようとキメラは手を伸ばすが…。

連れ去られたスノウを助けるため、レスターヴァ城に着いたギンタたち。ナナシとジャックが入り口の敵を引き付けている間に、ギンタは別の入り口から城内に侵入する。液体のカプセルの中に入れられ、眠り続ける囚われのスノウのもとへ、警備用のガーディアンを退けながらギンタたちは走る！

先を行くギンタたちを追う、アルヴィスとドロシー。アルヴィスにはファントムとの決着、ドロシーにはディアナを倒すという目的があった。それは、異世界から来たギンタを元の世界に戻すためにも成し遂げなくてはならないことだった。巨大な鉄扉の前に来たアルヴィスたちは、ファントムの気配を扉の向こうに感じるが…。

開かれた鉄扉の中へ踏み込んだギンタたちは何者かの急襲を受け、何処かへ飛ばされてしまった！気付くとそこは砂漠で、アルヴィスの様子がおかしい。どうやらゾンビタトゥが影響して、凶暴化してしまったのだ。次々とギンタたちを襲うアルヴィス。スノウはホーリーアーム「癒しの天使」をアルヴィスに使うが…。

眼前の沖合に浮かぶパルトガイン島。そして中央にそびえる石造りの城、それがファントム城だ。そこにファントムが、ゴーストチェス達がいるのだ！ギンタたちは、ナナシのアイデアで、イカダに乗り、海からパルトガインに上陸すること。だが、イカダは砲撃され、一同は深夜の海上に投げ出されてしまった！

ドロシーがポコを連れてギンタたちの前に再び姿を現した。どうやら、パルトガイン島の水中にある物資搬入用ドックから中に入れるというのだ。ギンタたちは、再び島へ向かう。一方島では、カペルに連れられ、アルヴィスがファントムのもとへ向かっていた。ファントムもアルヴィスの接近を察し、待ち受けるが…。

アルヴィスを探し、ゴーストアーム研究所へ入るギンタたち。中にはアーム用に作り出され、葬り去られた物体の成れの果てが不気味に並ぶ。その中でギンタたちは、ゴーストアームを作っていたカペルに出くわす。アルヴィスを救うためには、まずこのカペルを倒さないと始まらない！ギンタたちは、カペルに戦いを挑むのだった。

巨大なコロッセウムに行けば、ミスティ・キャッスル・クラヴィーアへ行くことができると知ったギンタたち。アルヴィスを救える「願いが叶うアーム」を求め、急いでコロッセウムに向かうが、気が付くといつの間にか濃霧の中に。ドロシーが霧を吹き飛ばすと、そこには甲冑を着けた守護騎士が立ちはだかっていた！

ギンタたちの危機をアルマが救った。アルマの正体は、ファントムの昔の恋人…。ファントムは、そんなアルマの乗る船に撃墜命令を出した。一方、幽霊船の方は、城塞を砲撃し、ギンタたちの突入口を開いた。その様子を見ていたファントムは、アルヴィスのゾンビタトゥの進行を一気に早めることをロランに打ち明ける。

ミスティ・アイドゥがいなくなり、闘技場を包む霧が晴れた。ギンタたちは、胸の「時間のロンド」を凍らせたことで混沌に落ちたアルヴィスを一時的に開放したが、凍らせた魔力が消えると、再び混沌に陥ってしまう。一刻も早く、「望みが叶うアーム」を手に入れ、アルヴィスを救い出さなければ！

アルヴィスがクラヴィーアへ行ける光の階段を登る。それを阻止せんとするカペルの前に立ちふさがるはギンタとドロシー。カペルも天空への光の階段の先にあるアームを手にしようとしていたのだ。カペルたちゴーストチェスとギンタたちの戦いが始まった。だが、サラの放ったヤクトルーフがギンタたちの生命力を蒸発させ…！

アルヴィスを背負い、ファントムの城へ向かうギンタとドロシー。ジャック、アランたちもファントムのもとへ向かっていた。城内へ進むギンタたちを待ち受けていたのはロランだった。アルヴィスは、一人でファントムのところに行くことをギンタに願い出て、玉座を目指すが、たどり着いた先にファントムの姿はなかった…！

謎の眠りに落ちたスノウを目覚めさせるため、彼女の精神世界をさまようギンタ。一方、凍り漬けのバッボを救出したジャックたち。自分が何をされていたのか覚えていないバッボ。実はバッボは、スノウによって凍り漬けにされたのだ。だが、それには何か深い理由があるに違いない、原因を探ろうとするギンタたちだったが…。

レスターヴァ王と再会したスノウ。王が救出された時、すでにクィーンとキングの姿は見えず、どうやらファントムの死後に城を離れたらしい。王はスノウとともに民衆の前でメルヘヴンの平和を宣言したが、キングとクィーンの打倒なくして、真の平和は訪れない。そんな状況をよそに、城内は祝賀ムードに包まれていたが…。

メルヘヴンで起こる異常事態を把握するため、ギンタたちは二手に分かれ情報を集めることに。ギンタとドロシーは、カルディアへ。残りのジャックたちは、ナナシのアンダータで、世界各地の情報を収集する。ドロシーのアンダータが発動しないため、ギンタとドロシーは、宮殿ではなくカルディアの村に行き先を変更するが…。

アッシュの依頼で、ギンタたちの前に現れたイアン。レスターヴァ国境近くのエデルマイン村で異常が発生し、ギンタたちの協力が必要だと言う。村に向かったギンタたちが目にしたのは、別の次元に繋がるという空間の歪みだった。数日後には歪みはより大きくなるという。その時に、ギンタの魔力が必要になるというのだが…。

イアンとギドの前にジャックが現れた。だがギンタたちは一足早く、メルヘヴンの平和を取り戻すべく、北の果てへと出発していた。一方、アッシュのアームが自分たちの居場所を突き止める可能性があると感じたディアナ。仮面の男は、その可能性を潰すべく、ギンタたちが向かった「結界の洞窟」へ向かうのだった。

ディアナたちがいるカルディア宮殿に着いたギンタたち。ドロシーは城内で２つの巨石を見つけた。そこはかつて、姉のディアナとともに、魔法修行をした思い出の場所。メルヘヴンの人々の笑顔を守ることが夢だったディアナ。だが、ドロシーがゼピュロスブルームを使いこなせるようになった日、彼女はカルデアを去った…。

自分の父親、そして仲間を次々に倒した張本人がキングと呼ばれるダンナだった…。ダンナはギンタに自分と共に世界を浄化しようと誘う。だがギンタは、いくら外見が父親であっても、心が違うとして、ダンナ打倒を決意する。では、今ギンタの目の前にいるダンナの中にいるのは何者なのか？その驚くべき正体とは！？

次元を越え、東京上空に現れた邪悪な意思の本体を追って、ギンタは東京へ戻ってきた。邪悪な気から放たれた攻撃が、あらゆる建物をなぎ倒し地上を壊滅状態にする。ギンタもガーゴイルで応戦するが、容赦ない攻撃に限界が近づく。と、その時、目の前に飛来する光を掴んだギンタ。捕まえたその光を見るとそれは…！