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En el episodio piloto de Agente Butterfly, David Jung, un coreano-estadounidense que fingió su muerte nueve años atrás, confronta su pasado cuando su hija Rebecca va tras él para matarlo, siguiendo las órdenes de la agencia de inteligencia privada Caddis para la cual trabaja.

David y Rebecca están escapando de Caddis después de un tenso enfrentamiento en un control policial, pero su inesperada reunión se complica porque Rebecca aún resiente el abandono de su padre.

Rebecca, David y su familia llegan a una casa de seguridad en la ciudad costera de Busan. La tensión familiar aumenta cuando Rebecca tiene problemas con la nueva familia de su padre. Además, se revela un hecho impactante sobre el pasado de David y Juno durante una confrontación violenta en un puerto.

Después de secuestrar a Oliver, David y Rebecca usan la información que obtuvieron de él para concebir un plan contra Juno, el cual los lleva de vuelta a Seúl, donde Gun y Caddis los esperan.

Juno interroga a Oliver y descubre que la traicionó mientras David lo tenía cautivo. Mientras tanto, David y Rebecca lanzan una campaña de guerra psicológica contra Juno para generar división entre ella y Oliver, y acabar con Caddis de una vez por todas.

David va tras Rebecca después de que agentes de Juno y Caddis la capturan, lo que resulta en una persecución a gran velocidad y una emboscada brutal en una fábrica abandonada.