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Dans l'épisode pilote de "Papillon", David Jung, un Coréen-Américain qui a simulé sa mort il y a neuf ans, affronte son passé lorsque sa fille Rebecca, qui travaille désormais comme tueuse pour l'agence de renseignement privée Caddis, est envoyée pour le tuer.

David et Rebecca doivent fuir après un moment tendu à un barrage policier. Mais leurs retrouvailles inattendues sont compliquées par le ressentiment de Rebecca envers son père qui l'a abandonnée.

Rebecca, David et sa famille se cachent dans la ville côtière de Busan. Les tensions familiales s'intensifient tandis que Rebecca doit accepter la nouvelle famille de son père. Une révélation surprenante sur le passé de David et de Juno est dévoilée lors d'une violente confrontation dans une marina.

Après avoir enlevé Oliver, David et Rebecca utilisent les informations qu'ils recueillent auprès de lui pour élaborer un plan afin de traquer Juno, ce qui les ramène à Séoul, où Gun et Caddis les attendent.

Juno interroge Oliver et découvre qu'il l'a trahie alors qu'il était retenu captif par David. Pendant ce temps, David et Rebecca mènent une mission de manipulation psychologique contre Juno, visant à les diviser, elle et Oliver, et à faire tomber Caddis une fois pour toutes.

David poursuit Rebecca après qu'elle a été capturée par les agents de Juno et Caddis, ce qui conduit à une poursuite à grande vitesse et à une embuscade sur le site d'une usine abandonnée.