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Sakko Ôtori, un chico algo rebelde, entierra a su amiga de la infancia, Sayo Ichiki, de quien se rumorea que se suicidó. Aunque fue rechazada por los demás estudiantes, Sayo alimentó la creencia de que en una vida anterior ella tenía alas, al igual que sus pocos amigos.

Las Máquinas Vectores se combinan para formar el Tenba Mecánico Aquarion. Después de hacer retroceder a las Bestias Míticas, Sakko y sus amigos descubren que su enemigo son los Ángeles Caídos, que están atacando desde el Universo Mítico, y que los Elementos son estudiantes que han sido elegidos para pilotear Aquarion, el arma definitiva que puede luchar contra los Ángeles caídos. Pueden ser. Aunque Sakko se rebela contra las imposiciones de los adultos, recuerda la época en la que era niña y fabricó un robot junto a Sayo y Momohime en las cuevas de Enoshima...

La capacidad del universo para autocorregirse hizo que el funeral de Sayo ocurriera antes de su muerte. Parece que solo los Elementales saben que Sayo estaba en su clase, pero cuando Momohime pregunta al respecto, los estudiantes comparten una visión de una supercivilización con seres alados.

After piloting Aquarion together, Momohime and Rimiya sense a special connection to each other. They go on a date to try to understand their feelings.

The Elements battle another Mythic Beast and make a strange new friend while pondering their school's legends.

Hana keeps trying to attack Momohime and Sun makes mysterious comments about the beasts to the other Elements.

Hana starts questioning the nature of the Beasts while Sun draws mesmerized students to a mysterious activity.

Momohime urges Sakko to explore his feelings for Sun before another Beast attack threatens the whole universe.

Sakko and friends find themselves trapped in a hellish landscape where they start to feel unfamiliar emotions.

As Sakko and friends learn more about their past, they ponder ways to prevent the destructive union of worlds.

With Momohime's fate in doubt, the Elements recall past experiences and face a potentially devastating battle.

The World Awakening Council reveals its agenda while past and present overlap as the universes begin to unite.