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Nos héros s'installent dans une maison typiquement américaine, construite par Russell pour Simone en souvenir de son enfance dans la ferme de ses parents. Se pose la question de Murphy et Emori. Sont-ils acceptés ou non ? Peut-être que leur statut de Princeps peut s'avérer utile ? Indra veut sauvegarder les apparences, Madi toujours commandante et présente. Elle est très inquiète sur l'avenir. Dorénavant sur Sanctum, des gens très divers cohabitent et ce sont les anciens de l'Arche qui doivent maintenir la paix. Et puis, il y a la question de Russell. Clarke ne veut plus que les gens soient brûlés vifs, elle veut instaurer un système plus juste et bienveillant.

Octavia arrive de l'autre côté de l'Anomalie trois mois plus tard, au moment où Diyoza est en train d'accoucher. Clairement, le temps ne s'écoule pas à la même vitesse sur Skyring que sur Sanctum.

Russell est sur le point d’être envoyé sur le bûcher mais Jordan a vent d’une attaque de la part des fidèles des princeps qui souhaitent stopper l’exécution. De son côté, Raven doit s’occuper d’un gros problème dans le réacteur nucléaire de Sanctum afin d’éviter l’explosion de celui-ci.

Pendant que Raven essaye de percer le mystère de la combinaison des Disciples, Clarke les approche et propose de se rendre en échange de Bellamy, Echo et Octavia. Sur Skyring, Hope convainc Gabriel et Echo de patienter jusqu'à ce qu'Orlando daigne se rapprocher d'eux, ayant maintenant cinq ans à attendre avant que l'Anomalie ne s'ouvre à nouveau...

A Bardo, Hope, Octavia et Gabriel retrouvent Diyoza mais leur échappée sera plus compliquée que prévue…

Pendant que Raven et son équipe cherchent un chemin vers la pierre d'Anomalie de la planète Nakara, Indra apprend que les fusils de l'armurerie de Sanctum ont été dérobés.

Anders propose à Gabriel de se joindre à l'équipe qui cherche à activer la puissance de la Pierre, fort de ses connaissances de la Flamme, qu'Anders appelle la clé et qu'il s'imagine encore détenue par Clarke. Sur Sanctum, Emori veut organiser une fête pour réunir les familles qui avaient été séparées.

Après avoir appris la terrible nouvelle, Clarke et ses amis découvrent que Bill Cadogan, le gourou du Second avènement, est toujours vivant.

Pris au milieu de la prise d'otages, Murphy et Indra doivent calmer la situation. Nikki veut venger la mort de son mari et demande qu'on lui amène Raven, Murphy et Emori. Mais Raven n'est pas là. Indra va devoir s'associer à Sheidheda pour mettre un terme à la prise d'otages. Sur Bardo, Echo, Octavia et Dyioza suivent l'entraînement de l'armée d'Anders et apprennent à se fondre dans la masse.

Echo refuse de suivre Clarke et ses amis, mais ceux-ci comprennent rapidement que si elle fait cela, ce n'est pas pour suivre les Disciples mais pour se venger de la mort de Bellamy. Jordan se dit qu'il a pu y avoir un problème de traduction et que la Dernière des Guerres de Cadogan n'est peut-être tout simplement pas une guerre... A Sanctum, Sheidheda prend le pouvoir et met Indra à terre.

Bellamy n'est pas mort, il se réveille sur Etherea, la planète où le grand Berger aurait fait son pèlerinage, qui est raconté dans la bible de ses adeptes «Le Passage du grand Berger». Bellamy et son compagnon de route, Doucette, un disciple, vont s'apprivoiser et suivre le même chemin que le grand Berger avant eux, pour atteindre la Pierre qui leur permettra de quitter la planète

Russheda prend son rôle de dictateur à coeur sur Sanctum. Il fait mettre à genoux tout le monde. Murphy et Emori conseillent aux opposants de faire semblant et les recueillent dans l'atelier du réacteur, leur nouveau domicile depuis qu'ils ont été éjectés du palais. Sur Bardo, Bellamy surprend ses amis en étant vivant, mais les déçoit en leur prouvant qu'il a changé de camp.

Cadogan met Sheidheda à terre et somme Clarke de lui apporter la flamme. Mais une éclipse de soleil rouge va bouleverser tous les plans. Gabriel tente de fabriquer de l'antitoxine malgré les visions de Joséphine et une attaque d'insectes pousse tous les autres à se réfugier dans le réacteur où Nikki se retrouve de nouveau face à Raven...

Après avoir traversé le pont, tout le monde se retrouve sur Terre, dans le bunker du second avènement. Clarke annonce aux autres qu'elle a tué Bellamy.

Suite à l'explosion du bunker, Clarke avale une pilule et attend que Levitt la fasse revenir à Bardo dans l'espoir de retrouver Madi avant que Cadogan ne la torture. Murphy, Raven et Jackson retrouvent Emori gravement blessée sous les décombres et tentent le tout pour le tout pour trouver la pierre d'Anomalie qui les fera repartir pour Sanctum...

Avec l'aide d'Octavia, Clarke atteint la salle de la Pierre sur Bardo et empêche Cadogan de passer le test. Elle se retrouve face à son ancien amour pour le test ultime... Pendant ce temps, Raven parvient à sortir ses amis des décombres du bunker avec l'aide de Nikki. Jordan parvient à créer une diversion face aux Disciples pour que Raven et Echo pénètrent sur Bardo et éliminent Cadogan. Mais les Disciples croient réellement à une offensive et se mettent en position de combat.