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Fraîchement diplômée de l'Académie du FBI, Simone Clark débarque à Los Angeles et intègre la nouvelle unité spéciale de Matthew Garza comme agent stagiaire. Composée des agents Carter Hope, Laura Stensen et Brendon Acres, l’équipe enquête sur le meurtre d'un ingénieur fédéral. Parallèlement, la relation entre Simone et son père Cutty, lui-même ancien agent du FBI, est mise à l’épreuve à cause de leurs divergences sur la justice…

Simone sollicite son informateur pour mettre la main sur un trafiquant d'armes activement recherché par le FBI. Alors que Brendon poursuit une piste dangereuse concernant un membre du Congrès, malgré les mises en garde de Laura, les tensions internes s’exacerbent. Par ailleurs, Simone et son père s'affrontent sur la meilleure façon d'aider la communauté.

L’équipe orchestre une opération de surveillance sur un trafiquant de drogue et se retrouve mêlée à une affaire complexe d'enlèvement. Par ailleurs, Laura apprend que son amie s’est fiancée à son ex, et Carter tente de renouer le lien avec sa femme.

L’équipe traque le complice de la tueuse en série Rosalind Dyer, un psychopathe responsable de plusieurs meurtres. Laura retrouve son ancien partenaire, Mark Atlas, appelé en renfort sur l’enquête. Pour mieux cerner le profil du tueur, Simone et Laura interrogent le proviseur de son ancien lycée et découvrent un lien entre la relation abusive qu’il a connue avec son père, Josh Reynolds, et les crimes qu’il commet.

Après avoir supervisé l’extradition d’un témoin aux Bahamas, Simone et Carter sont trahis par la police locale et se retrouvent piégés dans une embuscade. Laura et Brendon enquêtent sur un vol de diamants ayant tourné au meurtre, reposant sur une vieille affaire non résolue. Par ailleurs, la relation inattendue entre Simone et Dina met à mal la vie amoureuse de Cutty.

Simone et Carter sont en mission sous couverture dans une prison pour enquêter sur un sniper surnommé « le faucheur ». Simone entre dans la peau d’une détenue pour gagner la confiance de la petite amie du tueur, tandis que Carter se fait passer pour un gardien. Brendon doit régler ses problèmes relationnels avec son père, Miles Butkus, qui s’est introduit à son domicile.

Alors qu'ils recherchent un scientifique disparu en forêt, Simone et Carter découvrent les plans d'un éco-terroriste pour faire exploser des bombes sales à travers Los Angeles. Brendon se sert de ses compétences en profilage pour trouver le cadeau d'anniversaire parfait pour Laura...

Lorsqu’un père et sa fille sont enlevés le jour de Thanksgiving, la traque des ravisseurs mène l’équipe au bureau du procureur où se tient une prise d’otage. Alors que son mari Wesley Evers, assistant du procureur, fait partie des otages, Angela Lopez, agent du LAPD, vient seconder l’unité spéciale en tant que consultante. Lorsque les preneurs d'otages exigent l’envoi d’un médecin, Matt accepte la proposition de Simone de l’envoyer sous couverture.

Accusé d’espionnage, Matt Garza est arrêté à Washington. Simone et le reste de l’équipe décident alors de monter une opération clandestine pour l’innocenter. Leurs investigations les mènent à une opération menée par Matt cinq ans plus tôt au Panama…

Après une intrusion dans l’ordinateur central du FBI et le vol d’une liste d’agents sous couverture, un homme menace de divulguer chaque jour le nom d’un infiltré si un prisonnier colombien dont l’identité reste inconnue n’est pas libéré. L’unité fait équipe avec les agents du LAPD, dont John Nolan à qui Simone va demander un service pour son père Cutty.

Après une tentative d'assassinat contre lui, le membre du Congrès Damien Roberts, ancienne conquête de Simone, demande à l'équipe de Garza d'assurer sa protection. L’unité spéciale recherche des suspects potentiels, pouvant s’opposer au projet de loi du député, et se concentre sur un militant d’extrême droite, Teddy Booker.

Le meurtre d’un acteur raté, dont le corps a été vidé de son sang, mène Simone et ses collègues à enquêter sur une affaire qui devient le sujet d'une émission sur des faits divers. Les agents fédéraux témoignent, devant les caméras, des investigations menées pour résoudre le meurtre. Ancien rôle principal de la série « Vampire Cop », Brendon partage son expertise sur le sujet des vampires…

Une mission de routine dans le bar d’un hôtel se transforme en véritable opération d’infiltration pour l’équipe, notamment pour Brendon et Antoinette, sur le point de vivre leur premier rendez-vous galant. Sous la supervision de l’agent spécial Louis Cronin, les agents vont devoir récupérer les plans d’une technologie militaire ultra-secrète sur le point d’être vendue au plus offrant.

La fille du milliardaire Pierce Langham disparaît et ce dernier annonce dans une vidéo publique qu'il offrira une récompense de dix millions de dollars à celui ou celle qui l'aidera à la retrouver saine et sauve. L’unité récupère l’affaire tandis que Candice Thurlow, agent spécial de Washington et ex-femme de Matt, est envoyée pour évaluer l’équipe en action.

Le FBI récupère l’enquête sur l’homicide récent d’un banquier d’affaires, alors que son épouse a été condamnée pour ce meurtre six ans plus tôt en l’absence du cadavre. L’équipe enquête pour déterminer la culpabilité de l’épouse et en savoir davantage sur la vie du banquier, qui avait changé d’identité, pendant ces six années…

C'est la Saint-Valentin et il y a de l'amour dans l'air. L’équipe poursuit son enquête sur le trafiquant de drogue Tobias Kazan via son épouse, victime parmi d’autres d’une arnaque amoureuse. Associée à l’officier de police Naomi Voss qui enquêtait sur l’homme, l’équipe va se servir de ce faux Casanova pour se rapprocher du criminel.

Après l’arrestation du chef de gang Elijah Stone, les agents fédéraux collaborent avec la DEA pour exfiltrer son fournisseur, Abril Rodas, du Guatemala. Matt, Simone et Carter se rendent sur place tandis que Laura et Mark Atlas tentent d’identifier la personne qui deviendra le nouveau chef du trafic de drogue.

Une valise diplomatique du consul général de Biélorussie a été dérobée mais ni lui, ni sa secrétaire Rada Rybak, ancienne espionne et connaissance de Matt, ne coopèrent pour en dévoiler son contenu. Lorsque le FBI découvre qu’elle contenait des plaques d’impression de faux billets américains, Matt et son équipe doivent tout faire pour les récupérer sans générer de crise diplomatique…

Matt confie à son équipe des missions banales qui vont s’avérer plus compliquées que prévu. Brendon et Laura escortent un camion d’affaires classées jusqu’à un site d’incinération, où le dossier d’un comptable qui a dérobé 30 millions de dollars à ses clients est volé. Chargée d’inventaire, Simone intercepte l’appel paniqué d’une informatrice et doit faire équipe avec Oliver Bailor lorsque celle-ci est retrouvée morte.

Une course contre la montre s'engage pour le FBI lorsque Foster Mills, un condamné à mort, orchestre à distance un attentat au gaz toxique dans les bureaux d’un fond spéculatif la veille de son exécution. Simone est chargée de l’interroger pour savoir comment il a pu planifier cette attaque depuis la prison et déjouer la prochaine. Un nouvel attentat est alors commis avec la signature « je suis pluriel »…

Le FBI récupère une affaire de la police de Los Angeles impliquant un tueur en série qui sème des membres découpés dans plusieurs états. L’équipe découvre, une fois les victimes identifiées, qu’elles avaient toutes le même père biologique, géniteur anonyme de sept enfants qui purge une peine de prison à vie…

Quand l’agent fédéral Neal Wizaro se réveille enterré vivant dans le désert de Las Vegas après avoir été drogué, et avec pour seul souvenir les mots « Red One », l’équipe se voit confier l’enquête en toute discrétion. Simone et Carter sont envoyés sur place pour reconstituer le parcours de Neal et découvrir ce qu’il a pu dévoiler, obligeant Simone à suspendre ses projets pour son 49e anniversaire…