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Deux semaines après s'être embrassés, Jane et Lisbon sont de retour au FBI, en couple, mais décident de cacher leur relation aux membres de leur équipe ainsi qu'à Abbot. Ils enquêtent sur le meurtre d'un agent sous couverture, qui les mène sur la piste d'un trafic d'armes. Parallèlement, un nouvel agent venant de Quantico fait son apparition, Michelle Vega. Elle intègre rapidement l'équipe.

Lisbon va en prison pour se faire passer pour une détenue sous couverture dans le but de convaincre une condamnée à s'en prendre à son petit ami, qui est le chef d'un réseau de voleurs de voiture haut de gamme.

Jane et Lisbon s'envolent pour Beyrouth où ils doivent travailler avec une adversaire familière à Jane, Erica Flynn, qui a accepté d'aider le FBI à appréhender son petit ami, messager pour des organisations terroristes, en échange d'une amnistie pour ses crimes.

Un coup de froid force Jane à aider ses collègues depuis le bureau, pendant que Lisbon, Cho, Vega et Wylie enquêtent sur un meurtre lié à une opération de diamants contrefaits. Pendant ce temps-là, Patrick discute avec Térésa sur la possibilité de quitter un jour le FBI.

Une rencontre fortuite avec un colonel militaire fait croire à Jane que le soldat cache des choses, ce qui le conduit à déterrer l'affaire close sur le meurtre de la femme de ce dernier.

Jane, Lisbon et l'équipe du FBI sont amenés à enquêter sur un raid bâclé de la DEA, mais lorsque l'ancien patron d'Abbot, Bill Peterson essaie de le faire chanter sur l'affaire à la Station Rio Bravo en lui demandant de ne pas parler des erreurs de son agence, ce dernier est contraint de choisir entre sa carrière et sa morale.

Une enquête pour meurtre devient personnelle pour Lisbon lorsqu'elle apprend que son jeune frère, Jimmy, joueur invétéré, est recherché en tant que témoin clé. Pendant que Lisbon essaie de retrouver son frère, elle en profite par la même occasion pour présenter ses frères à Patrick.

Alors qu’un témoin clé est assassiné, ainsi que trois autres personnes dont deux agents du FBI, Patrick s’inquiète pour la sécurité de Térésa lorsque l’équipe se met sur la ligne de feu pour protéger le dernier témoin d’un assassin très habile, un tueur à gages dans une enquête pour meurtre, prêt à tout pour arriver à ses fins.

L'agent Peterson veut faire tomber Abbot, pour ce faire il part à Rio Bravo récupérer une preuve compromettante, Patrick promet alors à Abbot de faire tout ce qui est possible pour empêcher Peterson d'arriver à ses fins.

Jane prend une décision extrême tandis que l'équipe essaie d'appréhender un dangereux gang de voleurs de voitures blindées avant que leur désespoir de demeurer libres ne coûtent la vie à d'autres innocents.

Un jeune homme prétendant avoir des dons de médium propose son aide au FBI pour résoudre deux meurtres, mais lorsqu'il les guide vers de nouvelles victimes, Jane et l'équipe commencent à se demander s'il n'est pas finalement le tueur qu'ils recherchent.

Jane accepte une fois de plus de faire semblant d'être un médium de renom, et d'être utilisé comme appât pour tenter d'attirer un tueur en série, et donner au FBI une chance de l'arrêter.

Lisbon accepte la demande en mariage surprise de Jane, mais la quête de vengeance d'un tueur en série pourrait leur coûter la fin heureuse qu'ils ont eu tant de mal à atteindre.