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Suite à leur dispute, Masters et Johnson doivent apprendre à se débrouiller l'un sans l'autre tandis que leurs vies personnelles se trouvent complètement chamboulées. Libby, seule pour la première fois depuis son mariage, se découvre un soutien inattendu...

Masters et Johnson se tournent vers de nouveaux associés dans une volonté de mettre le passé derrière eux et se focaliser sur l'expansion de leur clinique. Leur triangle amoureux n'étant plus, Libby est amenée à réfléchir à sa relation avec Bill et Virginia.

Masters et Johnson s'adaptent à leurs nouveaux associés bien que leurs patients respectifs les amènent à douter de leur choix de rester séparés. Une nouvelle rencontre pousse Libby à profiter de sa vie de jeune femme célibataire dans cette période de révolution sexuelle.

Johnson, Masters, Libby et Keller se retrouvent ensemble à une fête organisée par Art et Nancy. Au fil de la soirée, les affinités et les perspectives de chacun se modifient. Au petit matin, tout le monde doit affronter les conséquences de ce qui s'est passé au cours de cette soirée particulière.

Alors que le procès débute, Keller menant la charge, les ennuis de Masters et Johnson apparaissent au grand jour. Virginia fait de son mieux pour apporter le souffle nécessaire à leur vie professionnelle, tandis que Bill prend progressivement conscience des conséquences dramatiques que les charges qui pèsent sur lui pourraient avoir sur sa vie, mais aussi sur celle de Virginia, et sur le cabinet...

Alors que Johnson essaie de renouer des liens avec Masters, celui-ci est plutôt tenté de tourner la page. De leur côté, Art et Nancy évoquent les conséquences de tout ce qui s'est passé au cours de la fête qu'ils ont organisée. Betty et Helen se préparent quant à elles à accueillir leur bébé.

Masters fait d'Art son protégé et conduit avec lui des recherches dans un nouveau domaine. De son côté, Johnson rappelle à Nancy quelle place elle occupe dans leur partenariat. Elle est intriguée par un couple venu consulter et qui semble connaître parfaitement son livre. Par ailleurs, Betty cherche de l'aide pour essayer d'obtenir des droits sur le bébé d'Helen.

William Masters et Virginia Johnson mettent au point une opération audacieuse. Ils se font passer pour un couple et partent sur les routes afin d'enquêter sur les techniques utilisées par une clinique concurrente. Pendant leur absence, Art, Nancy et Langham en profitent pour se concentrer sur les projets qui leur tiennent à coeur.

A leur retour de Topeka, Virginia et Bill se débattent avec les multiples conséquences de leur séjour. Alors qu'Art et Nancy tentent un nouveau départ, Libby reconsidère ses choix de vie lors d'un voyage avec Bram.

Libby apprend à Bill que le professeur Phillips l'a convaincue de s'inscrire à l'université de Berkeley, pour y étudier le droit. Elle a l'intention d'emmener les enfants avec elle. Alors que les siens s'apprêtent à partir à l'autre bout du pays, Masters doit tenter de sauver la clinique. Par ailleurs, l'annonce de son mariage avec Virginia ne soulève pas l'enthousiasme espéré.