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Megumi déteste vivre dans le petit village de Sotoba. Elle rêve de finir le lycée et de partir en ville. Deux seules choses l'intéressent encore ici : l'immense manoir européen récemment construit sur la colline, et le garçon Yuuki Natsuno. Les propriétaires du manoir, les Kirishiki, arrivent sous le couvert de la nuit. Megumi se rend jusqu’à leur demeure, fantasmant qu’ils pourraient l’adopter. Plus tard, Megumi ne rentre pas. Quand le soleil se couche, les villageois partent la chercher dans la forêt. Ils la trouvent pâle et affaiblie. Le docteur soupçonne une anémie. Le lendemain, elle meurt.

Megumi est morte, et on organise son enterrement. Le Dr Ozaki, choqué, demande une autopsie, mais son père refuse. Peu après, deux autres villageois meurent brusquement. Inquiet, Ozaki contacte le moine Seishin. Ils découvrent que dix personnes sont mortes rien qu'en août. Ozaki redoute une épidémie.

Le Dr Ozaki pense que Nao Yasumori souffre de la même maladie mystérieuse que Megumi et les autres. Les tests sont contradictoires et ne correspondent à aucune maladie connue. Nao meurt également. Pendant ce temps, Natsuno poursuit sa vie avec son ami Tooru, mais reste troublé par l'idée que Megumi pourrait « revenir » le hanter. Seishin reçoit la visite d’une jeune fille, Sunako, qui apprécie ses romans.

Ozaki informe son équipe qu’une épidémie inconnue a tué 19 personnes et leur demande de rester vigilants, sans alerter la population. Natsuno fait des cauchemars où Megumi le fixe depuis sa fenêtre. Effrayé, il va dormir chez Tooru, mais le rêve devient encore plus réaliste : Megumi est dans la pièce.

Seishin interroge les familles endeuillées et remarque un schéma : les victimes deviennent faibles quelques jours avant leur mort, quittent souvent leur travail, et certaines familles disparaissent du village la nuit. Tooru meurt subitement. À l’enterrement, Natsuno se dispute avec Masao, qui rentre en pleurant... et aperçoit une silhouette blanche dans son jardin.

Natsuno enquête sur des histoires de « revenants » après avoir retrouvé la lettre de Megumi éparpillée. Masao tombe malade avec d'étranges marques de morsure ; son frère meurt. Ozaki remarque que tous les malades ont des marques ressemblant à des piqûres d’insecte. Une transfusion semble aider une patiente, mais elle meurt ensuite. Natsuno demande si Megumi aurait pu ne pas être vraiment morte. Ozaki plaisante sur les zombies… avant de commencer à y réfléchir sérieusement.

Masao se réveille enterré sous terre, sur un lit de fleurs. Natsuno, Kaori et Akira déterrent la tombe de Megumi pour savoir si elle est vraiment morte. Ozaki, convaincu par l’idée des vampires, surveille un patient pour tester sa théorie.

Les trois jeunes déterrent le cercueil de Megumi — il est vide. Kaori est attaquée par un homme glacé comme un cadavre. Pendant ce temps, une mystérieuse fillette visite les parents de Natsuno et demande à entrer.

Ozaki et Seishin essaient en vain de sauver une vieille femme. Une transfusion semble fonctionner, mais Ozaki découvre finalement la preuve irréfutable que les morts-vivants sont derrière tout ça. Il doit les rejoindre… ou mourir.

Une étrange fillette exige d’être invitée chez Natsuno. Après son départ, Natsuno comprend que ses parents lui ont donné accès à la maison. Il se prépare à leur venue… convaincu que ce sera Megumi. Mais celui qui arrive le choque profondément.

Les habitants débattent des causes des morts, et la chamane du village accuse les résidents du manoir Kanemasa.

Natsuno en apprend davantage sur les Shiki et avertit Kaori et Akira : ils doivent quitter le village avant qu’il ne soit trop tard.

Natsuno pourrait être mort… mais va-t-il revenir ? Ozaki découvre que sa femme se vide de son sang. Elle meurt pendant la nuit. Il annonce qu'il va « s’en occuper » — mais comment gérer un mort revenu à la vie ?

Le père de Kaori s’effondre soudainement. À la clinique, Ozaki étudie le corps de sa femme pour comprendre comment vaincre les Shiki.

Ozaki tente d’avertir les villageois, mais ils se moquent de lui. Il cherche à contacter l’extérieur : les Shiki ont falsifié les registres pour effacer toute trace des morts. Désespéré, Ozaki fume dehors… et Natsuno apparaît, lui disant qu’il n’est pas seul.

Kaori et Akira trouvent leur mère mourante. Akira va au temple chercher des talismans, Kaori prépare des pieux. Tooru prend le thé avec Sunako, qui lui révèle l’origine des Shiki.

Le père de Seishin disparaît. Kaori, couverte de terre et hystérique, supplie Seishin de lui donner les derniers sacrements avant que Megumi vienne la tuer. Ozaki prépare des pieux. L’infirmière Ritsuko appelle : une collègue aurait été enlevée. Ozaki tente de la protéger.

Tatsumi annonce à Natsuno qu’il fait partie des rares Shiki-loups-garous, capables de marcher au soleil. Tooru découvre Ritsuko transformée, refusant de boire du sang. Ozaki attire Chizuru au festival en prétendant être sous son contrôle, pour la piéger publiquement.

Le village croit enfin Ozaki et prépare l’extermination des Shiki. Apprenant la mort de Chizuru, Sunako ordonne à Tatsumi de lancer l'assaut final sur les survivants.

La première journée de chasse a éliminé de nombreux Shiki, mais pas assez selon Ozaki. Tooru doit choisir le sort de Ritsuko, toujours refusant de se nourrir. À l’aube, une nouvelle tactique Shiki apparaît.

Les villageois découvrent la dernière cachette du Shiki, et la guerre sanglante touche à sa fin - mais il reste encore deux Kirishiki. Seishin pourra-t-il sauver Sunako de la colère vengeresse des humains?

Les derniers Shiki tentent de s’échapper du village, mais l’un des leurs se tient sur le chemin de Tatsumi. Quel sort reste-t-il aux vampires et à Sotoba - le village entouré par la mort?